Несомненно, отношение к христианству, историческому и мистическому, ― одна из центральных проблем романа. Это особенно бросается в глаза потому, что Гофман явно не очень сведущ в проблематике, которая захватывает его, там что он вынужден трактовать ее исключительно как художник. Гофману явно далеко до изощренных религиозно-философских построений Новалиса, Шеллинга или Вакенродера, но именно артистическая пытливость профана, столь родственная жизненной позиции его героев, придает роману крайнюю насыщенность и жизненный интерес.
Исторически эпоха Ренессанса вызвала секуляризацию (обмирщение) искусства. В романе престарелый Леонардо удерживает своего своенравного ученика Франческо в лоне церковной традиции, но как раз гофмановский Франческо-старший привносит в искусство веяния и тенденции, характерные для исторического Леонардо. Живопись Ренессанса отказалась от обратной перспективы и перешла к прямой, создавая оптическую иллюзию трехмерного пространства, зримой дали. Также и цвет теряет свою символическую знаменательность, набирая земную красочность. И наконец, человек перестает быть иконописным образом, превращаясь в изображение, при котором соблюдаются анатомические пропорции человеческого тела. (Кстати, Леонардо был среди тех, кому легенда приписывала интерес к рассечению трупов, похищаемых для этой цели, и необъяснимое исчезновение самозваного Медардуса из монастырской покойницкой также прочитывается как отдаленная аллюзия на времена Ренессанса.) Живопись Леонардо поражала современников своей физиологической точностью. Вариациям на эту тему отдал дань Гоголь в своем «Портрете»: «Это было уже не искусство: это разрушало даже гармонию самого портрета. Это были живые, это были человеческие глаза! Казалось, как будто они были вырезаны из живого человека и вставлены сюда» (Гоголь Н. В. Собр. соч. в 7-ми томах, т. III. М., 1984, с. 70). К такому искусству стремится Франческо-старший после смерти учителя, что не могло не означать разрыва с христианской традицией.
Отталкиваясь от христианства, Франческо обращается к античному язычеству не только в художественном, но и в религиозном плане. Это существенный момент ренессансного мифа. Возрождение в распространенном культурном сознании и означало возрождение языческих верований. Гофман вносит свой вклад в становление подобного мифа, но в этом пункте внутренние перипетии сюжета причудливо перекрещиваются с внешними параметрами романа, вписывающегося в духовную жизнь своего времени.
Гофман точно и тонко улавливает функцию изобразительного искусства в эпоху Ренессанса. Живопись и скульптура не ограничивались тогда решением художественно-ремесленных задач; они образовывали мировоззрение, философию эпохи ― в большей степени, чем собственно тогдашняя философия. Секуляризация искусства не могла не затрагивать религии, хотя вовсе не означала прямого или скрытого разрыва с христианством. Языческие пристрастия не выходили за пределы узких элитарных кружков, что видно и в романе Гофмана, да и внутри этих кружков они не шли дальше стилизованных игр, вовсе не предполагающих серьезную реставрацию языческих верований. Однако секуляризация все-таки посягала на функцию христианства в духовной жизни общества. Христианство оставалось как бы само собой разумеющимся, но оно выводилось за пределы культуры. Религиозные сюжеты трактовались наравне с мирскими в мирском духе, что вызывало негодование воинствующего благочестия, представляемого, к примеру, проповедником Савонаролой (1452 ― 1498).
Вместе с тем само преклонение перед античностью не было чем-то новым для романско-готической культуры. На благоговейном изучении античности основывалась и средневековая схоластика, признанным вдохновителем которой был Аристотель. Как ни странно, и секуляризация культуры имела средневековые, схоластические корни, восходя к учению о так называемой «двойной истине». Согласно этому учению, признавалась истина Откровения и наряду с ней истина знания, причем обе эти истины могли друг с другом не совпадать, на что ссылалась натурфилософия, когда указывали на ее несоответствие Священному писанию. Секуляризация лишь возвела эту двойственность в мировоззренческий принцип, распространив ее на внутренний мир человека. Просветительство же зашло еще дальше, низводя христианство к привычной социально-исторической данности, одновременно вышучивая его и снисходительно защищая при условии полной его нейтрализации, когда христианство приравнивается к простой моральной норме, а его мистическая сущность затушевывается, так что становится дурным тоном говорить о ней. Таков диапазон европейского просветительства от Вольтера до Штрауса и Ренана. В «Эликсирах дьявола» такой точки зрения придерживается лейб-медик, но и Медардус, в бытность свою модным проповедником, склоняется к ней, усматривая в искушениях святого Антония лишь глубокомысленную аллегорию.
При этом культура оставалась христианской по своим истокам и сути. Замалчивая мистическую сердцевину христианства, просветители изымали из культуры ее творческий стержень, выхолащивали ее энергетическую притягательность. За десять лет до «Эликсиров дьявола» в Германии появился роман «Ночные бдения». Его неизвестный автор, укрывшийся под псевдонимом «Бонавентура» (по некоторым предположениям это мог быть тот же Гофман), называл французскую поэзию пресной, имея в виду рационалистическое просветительство. Подобная пресность катастрофически распространялась на всю духовную жизнь, выражаясь в филистерском ханжестве и в пресыщенном сплине. Немецкие романтики, в их числе Гофман, увидели спасение в христианизации культуры. Собственно, попытки вовлечь христианство в сферу новейшего духовного творчества или вернуть культуру в лоно христианства не прекращались никогда. Достаточно в этой связи назвать имена Якоба Бёме, Мальбранша и де Местра. Но вопрос действительно ставился неоднозначно: возвращается ли культура в лоно христианства или, напротив, христианство вовлекается в новейшее культурное творчество. Этот вопрос мучил всех видных представителей романтической школы в Германии. Романтизм развивался под знаком кьеркегоровского «или ― или». «Эликсиры дьявола» всецело обусловлены этой двойственностью и ей посвящены.
Приор Леонардус не имеет себе равных в романе по интеллектуальной силе. Он прежде всего религиозный мыслитель, и для него культура невозможна вне христианства; поэтому сфера его деятельности ― монашеская обитель. Но характерно, что противостоит ему римский папа, вульгарный просветитель в тиаре, цинично пытающийся совместить душевное спасение с мирскими радостями. И этот папа не в ком ином, как в Медардусе, облюбовывает духовника, подходящего для себя.
Личность Медардуса ― сплошное «или ― или». Медардус непрерывно колеблется между Богочеловеком и сверхчеловеком, идеалом которого соблазняет его Евфимия. Гофман не оставляет у читателя сомнений в том, что сверхчеловек ― иллюзия. Дьявол ― не в сверхчеловеке, дьявол ― в уклонении от Богочеловека во имя мнимого сверхчеловека, дьявол ― в самом колебании между истинной и ложной величиной, а эликсир дьявола только усугубляет это пьянящее колебание. Между истинным и мнимым человек теряет себя самого: «Я тот, за кого меня принимают, а принимают меня не за меня самого; непостижимая загадка: я ― уже не я!»
В линии двойника роман Гофмана тесно соприкасается с русской литературой, причем не только с Гоголем и Достоевским. В 1897 г., когда появляется первый русский перевод «Эликсиров дьявола», Д. С. Мережковский работает над историческим романом «Воскресшие боги. Леонардо да Винчи». Выход перевода как раз в это время ― разумеется, простое, хотя и знаменательное совпадение. Мережковский не нуждался в переводе для того, чтобы ознакомиться с романом Гофмана. Следы его воздействия замечаются в русской литературе задолго до Мережковского.