В скором времени он вступил в Вавилон, где один из лучших военачальников Дария, Мазей, блестяще сражавшийся при Гавгамелах, перешел на его сторону и был за это пожалован на должность сатрапа Вавилонии, правда вместе с македонским командующим и македонским распорядителем финансов. Александр продемонстрировал тем самым свое желание открыть доступ прежним слугам Дария к руководящим постам в новой администрации, которая сменила старую, поскольку отныне он считал себя «царем Азии». Затем в течение нескольких недель была завоевана столица ахеменидских владык — Сузы. Александр оставил в своей должности сатрапа, сдавшего ему город.
Завоевание Суз было не только ярким свидетельством краха персидской монархии: оно дало Александру сказочные богатства в драгоценных металлах, которые здесь скопили предки Дария. Царь, не медля, пустил их на финансирование своих следующих походов, не забыв отослать часть Антипатру, чтобы помочь ему поддерживать царскую власть в Греции и эгейском мире. Наемники, оплачиваемые за счет казны, принадлежавшей теперь правителю Македонии, не колеблясь, предложили ему свои услуги. Этот источник пополнения, необходимого эллинистической армии, оказался исключительно полезен для Александра в его долгих восточных походах.
Из Суз царь направился в Персеполь, город пышных дворцов, выстроенных Ахеменидами. Отправив Пармениона с большой армией прямой дорогой, сам он возглавил немногочисленную колонну и, в разгар зимы, ценой невероятных усилий и яростных стычек с варварскими племенами уксиев, перешел через горы, обойдя проход, называемый «Персидскими вратами» и имевший крепкую оборону. Взятие Персеполя завершило эту зимнюю кампанию, во время которой Александр продемонстрировал, что, стремясь, несмотря на уже одержанные блестящие победы, к новым целям, для себя самого он выбирал самую трудную задачу. По его приказу большой дворец Персеполя был предан огню, но не так, как об этом рассказывает римское предание — под действием пьяной фантазии и в дионисийском исступлении, — а чтобы этим показательным актом отомстить за разрушения, которым подверг Грецию Ксеркс во время Второй Греко-персидской войны: ничто другое не могло бы лучше продемонстрировать грекам, что признанный ими предводитель полностью достиг цели, ради которой они призвали его, и что обещания Филиппа выполнены. Помимо этого пожар Персеполя после взятия Суз возвестил для Азии о конце Ахеменидской империи и о приходе новой власти на место потомков великого Кира. Из Экбатан Дарий III бросился искать убежища в Гиркании, на юго-востоке от Каспийского моря, за ущельями, которые на востоке Тегерана называются воротами Каспия. Его спутниками были сатрапы восточных провинций империи, в том числе и Бесс — сатрап Бактрии, командовавший левым флангом персидской армии при Гавгамелах. Наведя порядок в новых захваченных регионах, Александр весной 330 года до н. э. продолжил преследование. Достигнув Экбатан, он решил задержаться, чтобы удостовериться в своих силах: он распустил контингенты греческих полисов, которые сопровождали его как полководца Коринфского союза с начала его похода в Азию. Официально это знаменовало окончание общей кампании против Ахеменидской империи, победоносным завершением которой стала битва при Гавгамелах и падение столиц старой Персии. Отныне великий замысел, ради которого армия устремилась на такой далекий и такой загадочный Восток, стал делом одного только Александра и тех, кто был лично к нему привязан: греческие солдаты, которые предпочли остаться с ним, сделали это по собственной воле как наемники, а уже не как контингент, предоставленный их городами. Многих из них влекла слава завоевателя и перспективы грядущих побед.
Оставив в Экбатанах половину армии под началом Пармениона, Александр форсированным маршем с немногочисленным войском устремился в Гирканию. В пути он узнал, что Дарий был низложен Бессом и сатрапами, которые собирались дать отпор захватчику. Чуть позже разведчики обнаружат тело Дария, которого сатрапы убили и бросили при отступлении. Александр окажет ему царские почести и объявит себя его наследником и мстителем за него. С тех пор наряду с традиционным македонским церемониалом, очень простым и непомпезным, для своих новых азиатских подданных Александр ввел пышный ритуал и сложные правила ахеменидского придворного этикета. Он считал себя одновременно и правителем Македонии, и наследником Великого царя. Азиаты охотнее подчинились этим требованиям, чем македоняне и греки, которых такая двойная позиция оскорбляла. Мы вскоре увидим, к чему это привело.
Бесс, укрывшийся в своей сатрапии Бактрии, в свою очередь провозгласил себя Великим царем под именем Артаксеркса. Александр выступил против него, но измена сатрапа Арейи (западного региона Афганистана), притворявшегося его союзником, заставила царя изменить свои планы: отложив на некоторое время захват Бактрии, Александр повернул на юг и занял Дрангиану в районе реки Гельманд и ее озер. Тут он принял твердое решение, казавшееся ему необходимым для продолжения кампании: Парменион, старый, заслуженный военачальник, которому Александр долгое время безоговорочно доверял и под командованием которого в Экбатанах находилась половина армии, выступал против продолжения походов и продвижения еще дальше вглубь Азии. Царь решил избавиться от него, сделав назидание другим. Он воспользовался неосмотрительностью Филота, сына Пармениона, который командовал элитным корпусом гетайров и сопровождал Александра. Против царя был раскрыт заговор — вымышленный или действительно существовавший, — и было доказано, что Филот знал о нем и не предупредил царя. Представший перед собравшимся войском, согласно старому македонскому обычаю, он был объявлен виновным, предан пыткам и казнен. От него добились признаний о причастности его отца к заговору. Александр тут же отправил в Экбатаны приказ расправиться с Парменионом. Когда войска, бывшие в подчинении Пармениона, воссоединились с корпусом Александра в Дрангиане, командование над ними принял македонянин Кратер. Два близких друга царя, Гефестион и Клит Черный, разделили командование над гетайрами после гибели Филота. Среди офицеров, назначенных на ключевые должности в этой критической ситуации, были также Птолемей и Пердикка, игравшие отныне важные роли.
Реорганизовав и усилив таким образом свою армию, Александр, несмотря на начавшуюся зиму, выступил в поход на восток, вторгся в Арахосию (центральный регион Афганистана) и заложил там город — Александрию Арахосию (Кандагар). До этого он уже основал одну Александрию в Дрангиане и множил их по Центральной Азии, отмечая этапы своего похода. В каждой из них после разработки плана и совершения необходимых религиозных ритуалов он оставлял контингент греков или македонян, которые были одновременно и поселенцами, и солдатами, и купцами. Продолжив свой путь на север, зимой он достиг горной цепи Гиндукуша и основал там Александрию Кавказскую — как ошибочно называли греки гималайский массив. Повсюду он назначал македонских или персидских наместников, успешно укрепляя таким образом ахеменидскую администрацию в восточных провинциях империи, подчинявшихся ему одна за другой.
Главной целью оставались провинции севера, лежащие за Гиндукушем, — Бактрия и Согдиана. Первая, богатая сельскохозяйственная равнина, протянулась до реки Оке (Амударья), рядом с которой находилась ее столица Бактры (Балх). Согдиана, расположенная за Оксом, с севера ограничивалась рекой Яксарт (Сырдарья), текущей, как и Оке, с запада на северо-запад и впадающей в Аральское море: в этой провинции было два крупных центра — Мараканда (Самарканд) и Бухара. Дальше лежал неизведанный край кочевников-скифов — массагетов (к северо-западу и Аральскому морю) и центрально-азиатских саков. Завоевание этих северных провинций длилось три года, с весны 329 по весну 326 года до н. э., и сопровождалось жестокими сражениями, в которых Александр опять рисковал собой, был неоднократно ранен и вынужден был проявить стратегическую изобретательность и постоянно менять тактику. Нет ничего более захватывающего, чем подробная история этого значительного эпизода великих походов, с его постоянным перевесом сил, драматическими оборотами и триумфами. Оторванному от своих основных сил, находящемуся слишком далеко, чтобы ожидать подкрепления с родной земли, Александру предстояло покорить регион, равный по площади всей Малой Азии, окруженный суровыми безлюдными пустынями или неприступными горами, где обитали дикие племена, искусно боровшиеся с конницей при помощи засад в труднопроходимой местности. Александр проявил свою гениальность на всех этапах этой кампании.