Субстанция души была все еще неведома ему, но ее способ действия уже казался ясным. Он достиг цели своих научных трудов: он знал теперь, как функционирует душа. Он видел, как она действует посредством органов восприятия, воображения, мышления и воли, как воздействует на органы чувств, вливаясь в мельчайшие капилляры и фибры мозга. Кажется, будто органы восприятия воздействуют на душу, но это впечатление обманчиво. Видение существует перед мысленным взором, а не наяву. Тело и душа связаны отношениями гармонии, или соответствия. Когда внешние вещи находятся в гармонии и согласии с вещами внутренними, они действуют как одно целое.
Сведенборг различал в душе два уровня: низший ум, который он называл animus, и высший, или рациональный ум, прозванный им mens. Низший ум — это вместилище ощущений. Ему соответствуют «аффекты» (эмоции), такие как радость, печаль, чувственная любовь, родительская любовь, дружба, робость, презрение, тщеславие, щедрость, гордость, жадность, жалость, стыд, месть, душевный покой, нетерпение, жестокость, несдержанность и т. д. Высший же ум в той же мере представляет собой жизнь мысли, насколько низший ум есть жизнь чувств.
Сведенборг признает также и другую сторону жизни, души — ее отношение к «небесному обществу», к бессмертию. Об этом он знает очень немного и это немногое выражает в смутных ассоциациях. Но жажда познания была как никогда сильна в нем. Он надеется, что через несколько лет будет в состоянии сказать, что происходит с душой, когда она отделяется от тела. И он еще не имеет ясного представления, в какой форме существует душа после смерти.
Сведенборг не опубликовал свою «Рациональную психологию». Возможно, он чувствовал, что душа в каком-то смысле ускользала от его мысли. Он ставил перед собой цели более труднодостижимые, нежели те, которые преследует современная психология. Его совсем не интересовали опыты над разумом и их практическое применение в жизни. Он знал, что ученые его времени не пойдут за ним и отвергнут лучшее из того, что он мог им предложить. Он знал, что анализ — тот самый метод, который завел его в дебри анатомии, — больше не может ему помочь. Он достиг вершины горы, и теперь, чтобы подняться еще выше, должен был взлететь. Он знал, что должен искать путь дальше внутри себя, а это требовало не рациональных доказательств, а прозрения — способности интуитивной.
Чтобы последовать за дальнейшим духовным развитием Сведенборга, необходимо вдуматься в природу этой способности. Интуицию в конечном счете можно определить, только исходя из личного опыта. Однако каждый обращается к интуиции, или внутреннему наставлению, когда для него уже не осталось другого пути. Жертвы кораблекрушения в открытом море или падения самолета на вершине горы могут испытать утешение от таких отношений, которые прежде и потом покажутся невероятными и неразумными. В выборе товарища полагаются на влечения более глубокие, чем простые размышления, прислушиваясь к внутреннему голосу, который говорит: «Мое». Встретив новое понимание религии, разум вновь обращенного — утвердившись в идее его истинности — стремится затем к свету более яркому, чем свет разума. Восприятие, утверждение, убеждение — все говорило Сведенборгу, что он должен смотреть «внутрь себя», для того чтобы убедиться в правильности своих представлений.