Такова была обстановка в университете Упсалы, когда 15 июня 1699 года имя Эмануэля было вписано в регистрационную книгу университета. Напротив него значилось: «Primari Pastoris et Professoris filius optimae indolis» («Сын пастора и профессора, превосходных способностей»).
В тот же день Эмануэль стал членом Вестманландского студенческого братства, или «нации». Каждый студент принадлежал к одному из таких клубов, которые подлинно демократически представляли несколько провинций страны. То, что эти так называемые студенты университета — а некоторым из них едва исполнилось одиннадцать — были еще во многом детьми, можно видеть из объявления, вывешенного ректором: в нем студентам под страхом наказания запрещалось взбираться на окружавшие университет стены ограды.
В университете было четыре факультета: богословский, юридический, медицинский и философский, причем на последнем изучали естественные науки и математику. Сведенборг учился на философском факультете. Возможно, он также посещал занятия на юридическом, поскольку принимал участие в дискуссиях по правовым вопросам. Главной его задачей было, конечно, совершенствование в латыни, основы которой он усвоил с домашним учителем, ибо обучение в то время проходило на этом древнем языке. По-видимому, спустя год к латыни добавился греческий, а позднее еще и древнееврейский. Сосредоточившись на изучении классических языков, Эмануэль в то же время постигал естественные науки и математику. Тогда же у него зародился интерес к поэзии. Первое известное поэтическое сочинение Сведенборга — написанное по-шведски стихотворение по случаю свадьбы «почтенного и ученого господина Йоханнеса Колмодина и благонравной девицы Беаты Хесселии».
В ночь на 17 мая 1702 года в Упсале случился пожар, который за несколько часов обратил в пепел три четверти города. Студенты изо всех сил старались спасти горящий дом настоятеля Сведберга. Крыша, окна и двери сгорели дотла, но начертанное золотыми буквами библейское изречение, висевшее в главной зале, удалось спасти — для Еспера это было лучшим доказательством того, что слово Божие не прейдет вовек. Изречение гласило: «Страшись Бога и блюди заповеди Его». Сразу же после того, как пожар был потушен, возникли планы восстановления города, и оставшиеся годы жизни Эмануэля в Упсале были временем созидания — как материального, так и духовного.
Следующей весной Еспер Сведберг был назначен епископом Скарским в центральной Швеции. Он покинул Упсалу и студентов и поселился в епископской резиденции в Брунсбо в области Вестроготия. Еспер был еще и куратором Вестманланд-ского братства, в котором состояли его сыновья. На прощание студенты подарили ему два больших серебряных подсвечника, стоивших приличную сумму — 327 талеров. Подарок был принят «с явной благосклонностью». Еспер пригласил гостей в дом и на прощание дал им добрые советы:
— Я прошу вас со всей серьезностью бояться и любить Бога превыше всего на свете, ибо без этого страха Божия всякое обучение и всякий навык будут не в прок и даже навредят вам.
Трем принципам, сказал он, нужно следовать в жизни, чтобы быть счастливым: во-первых, благочестию, которое следует взращивать в себе ежедневным чтением Библии; во-вторых, выбору своего призвания и, в-третьих, устремленности к единству воли. (Было бы интересно сравнить эти принципы с так называемыми «Правилами жизни», которые постоянно встречаются в рукописях Сведенборга.)
Епископ и его жена взяли в Брунсбо двух младших дочерей, оставив четырнадцатилетнего Эмануэля, его сестру Хе-двиг и двух других братьев на попечение семнадцатилетней Анны, которая в том году вышла замуж за университетского библиотекаря Эрика Бензелиуса. Оставшиеся студенческие годы Эмануэль прожил в доме сестры, при этом он относился к Бензелиусу как к родному отцу. Это был, наверное, весьма шумный дом, тем более что у молодой жены, помимо четырех братьев и сестры, были еще и собственные дети.
Эрик Бензелиус, в доме которого Сведенборг провел шесть лет, оказал глубокое влияние на его жизнь. Ревностный картезианец, убежденный в том, что будущее принадлежит точным наукам, Бензелиус вел переписку с самыми известными людьми своего времени и постоянно интересовался новейшими течениями мысли. Прежде чем Эмануэль покинул Упсалу, в нем пробудилась неутолимая жажда учения, и, по его собственным словам, шурин посоветовал ему посвятить себя изучению ма-тезиса, как в то время называли точные науки.