Поскольку знание Библии предполагает знание древнееврейского языка, возможно, что именно в это время Сведенборг взялся за его изучение. В дневнике мы находим немало упоминаний об этом языке, с которым он был немного знаком еще со времен учебы в Упсале. Сведенборг утверждает, что, когда ему «впервые открылись небеса», ему пришлось сначала выучить еврейский язык, а также «соответствия, на которых построена Библия», и ради этого он много раз всю Библию перечитал.
Работая над указателем к Книгам Бытия и Исаии, он сделал одну примечательную запись, которая точно указывает время, когда ему открылось более глубокое понимание Слова Божия, что и побудило отказаться от прежней работы и начать нечто совершенно новое:
«1747, (?) августа по старому стилю. В моем состоянии произошла перемена к Небесному Царствию, в образе».
Принято считать эту запись указанием на то, что сознание Сведенборга было отныне открыто Небесам, что дало ему способность видеть духовное содержание Слова во всей его полноте. В свете этого нового прозрения прежняя работа по толкованию Библии показалась Сведенборгу недостаточной и неудовлетворительной. То, что он написал, не заключало в себе истинного внутреннего смысла. В декабре 1748 года он начал писать «Arcana Coelestia» («Небесные тайны») и закончил первый том в июне следующего года.
«Небесные тайны» — уже четвертый комментарий к Книге Бытия. Теперь он понял, что эта часть Писания требует совершенно нового подхода, который он мог описать этим названием «Небесные тайны». В новой работе Сведенборг поднимается до созерцания внутреннего, или истинно духовного смысла Писания, которое обращено к возрождению разума человека. Речь шла о «Слове, как его видели ангелы». Теперь он получил вдохновение, которое объясняет как необычно быстрые темпы написания работы (восемь месяцев), так и перемену стиля. В нем больше нет колебаний и сомнений относительно значений слов и соответствий; нет и зависимости от привычной богословской терминологии. Более того, у него больше нет сомнений относительно имени, которым следует называть Иисуса Христа:
«В данной работе под именем Господа подразумевается Спаситель мира, Иисус Христос, и единственно Он. Это Он на небесах признается и почитается как Господь, ибо Он имеет всю державную власть на небесах и на земле…»
При чтении этого текста невозможно не заметить, что здесь, в отличие от своих предыдущих работ, Сведенборг говорит голосом того, кто знает истину. Терминология этой работы наилучшим образом выражает перемены, произошедшие в сознании Сведенборга. В предыдущих сочинениях встречаются выражения, а порой и идеи, заимствованные из догматов лютеранской церкви, к которой он принадлежал с рождения (например, вера в триединство Бога или доктрина об искуплении грехов).
В «Поклонении и любви к Богу», например, говорится о двух божественных Лицах, одно из которых, Вседержитель «пылает праведным гневом и, вооруженный молниями, готов был бы уничтожить мир», если бы другой, «Единородный Сын», не «бросился в средоточие гнева и не заключил бы человечество в свои объятья». В «Слове разъясненном» говорится, что «жизнь и душа крови Мессии утолили гнев Отца» и что Мессия Своей кровью «искупил грехи и иудеев, и язычников». Даже позднее Сведенборг упоминал о Святом Духе как о третьей ипостаси Бога. Как раз это он имел в виду, когда писал, что «написанное мною о дьяволе не могло быть написано по-другому постольку, поскольку христианский мир не имеет другой веры». Иными словами, подобные термины использовались им потому, что выражали буквальный смысл Слова Божьего в его обыденном восприятии. Сведенборг считал своей миссией помочь людям подняться над этим восприятием.
В течение нескольких лет Сведенборг ежедневно описывал свой духовный опыт. Сначала он помещал эти записи в тексте «Слова разъясненного», но после изъял их, ибо они не предназначались для публикации. Позднее он записывал свои прозрения в «Духовном дневнике». Первые 148 абзацев появились еще в Швеции и впоследствии были утрачены, но их содержание известно из составленного самим Сведенборгом подробного «Указателя к Духовному дневнику». Они посвящены в основном природе духов.
Есть указания о том, что те бумаги сгорели в камине в доме Сведенборга. Во всяком случае, в письме к своему стокгольмскому доверенному лицу Петеру Гультману в сентябре 1748 года Сведенборг просит его не разжигать огня в камине садового домика, поскольку это грозит гибелью рукописей, которые он там хранил.