Арсланов — один из первых башкир, примкнувших к восстанию. Уже 1 октября 1773 г. он через своих односельчан установил связь с Пугачевым, а через несколько дней с отрядом в несколько сот человек влился в повстанческое войско, осаждавшее Оренбург. Здесь «башкирский полковник» развернул активную агитационную деятельность. Он сочиняет и рассылает письма к башкирским старшинам с требованием присоединиться к восставшим и поддержать «государя Петра Федоровича». В качестве агитаторов по всей Башкирии были разосланы десятки преданных делу восстания людей с воззваниями и письмами Кинзи Арсланова. Его сын и племянник были также посланы из Берды с целью «свободно и мирно разъезжать, распространять знания» о ходе восстания, об «императоре Петре III». Деятельность башкирских агитаторов имела огромное значение. Благодаря Кинзе Арсланову и его помощникам Башкирия оказалась вовлеченной в Крестьянскую войну. Это вскоре поняли и представители царской администрации и командования правительственных войск. Генерал Кар, шедший на подавление восстания, в своем рапорте в Петербург вынужден был признать, что местные жители, башкиры, «от бежавшего в толпу с своими подчиненными башкирского старшины Кинзи Арсланова чрез разселение во всю Башкирию злодейских возмутительных писем в великой колебимости находятся».
Агитация Кинзи Арсланова повлияла не только на настроение и отношение башкир к восстанию. Она дала весьма действенные результаты. Так, в самом начале осады Оренбурга губернатор Рейнсдорп неоднократно отдавал приказы о формировании пятитысячного войска башкир для борьбы с восставшими. Однако башкиры под влиянием Кинзи Арсланова уклонялись от несения службы. Когда же отряд был сформирован, то он насчитывал лишь тысячу человек. Вместо того, чтобы идти на выручку Оренбурга, команда остановилась недалеко от Стерлитамакской пристани. Когда же генерал Кар потребовал, чтобы башкирская воинская команда шла к нему на помощь, то башкиры перешли на сторону Пугачева. Произошло это в деревне Биккулова, куда прибыл пугачевский башкирский отряд во главе с племянником Кинзи Арсланова Кутлугильдой Абдарахмановым. Воинская команда, в которой находился и другой герой башкирского народа Салават Юлаев, полностью перешла под знамена «Петра III».
Переход воинской команды вызвал огромный общественный резонанс по всей Башкирии. Уже осенью 1773 г. в этом районе началось восстание. Как отмечал очевидец, «башкирский народ весь генерально взбунтовался». В этот период Кинзя Арсланов рассылал в различные районы края не только агитаторов и пропагандистов, но и будущих командиров местных отрядов. В ноябре в район Сибирской дороги Башкирии с наставлениями Кинзи Арсланова для организации повстанческих отрядов выехал Салават Юлаев. В декабре 1773 г. от Кинзи Арсланова в Уфимский уезд для организации восставших был послан энергичный и храбрый командир Канзафар Усаев, который вскоре поднял восстание в этом районе.
Кинзя Арсланов принимал деятельное участие в осаде Оренбурга, командуя башкирским отрядом, численность которого достигала 5 тысяч человек. «Башкирский полковник» был лично близок «Петру III». Он участвовал наряду с наиболее близкими сподвижниками в совете при Пугачеве.
После весеннего поражения пугачевцев в 1774 г. под Оренбургом и Татищевой крепостью Кинзя Арсланов предложил «Петру III» уйти в район Башкирии. Здесь «башкирский полковник» сумел сформировать новую армию. Пугачев и Кинзя Арсланов, «проходя от места до места, собрали башкирцев множество». Этому способствовала рассылка именных указов. Такие указы по-татарски и по-башкирски писал Кинзя Арсланов. Так, в документе от 13 июня 1774 г., посланном Пугачевым полковнику Бахтияру Канкаеву, читаем: «Поэтому именным указом повелеваем: собирайте русских и башкир с большим старанием и объявляйте о сборе великой армии, чтобы стоять против врагов».
Башкиры вместе со своими предводителями прошли с боями весь путь до Волги. Кинзя Арсланов во главе этих отрядов штурмовал Казань. Он единственный из башкирских предводителей последовал с Пугачевым на правый берег Волги. Остальные вернулись в Башкирию.
Известную роль сыграл Кинзя Арсланов и в заключительной трагедии, когда заговорщики решили путем выдачи Пугачева заслужить искупление своих вин перед «матушкой-государыней» и спасти свои головы. Им удалось разделить на две части отряд Пугачева на правом берегу Волги. Одна, «разночинцы», то есть не казаки, была оставлена в районе Черного Яра, а Пугачев с небольшим отрядом казаков отправился далее вниз по Волге. Пугачев в это время не доверял казакам, и поэтому Кинзю Арсланова, известного своей преданностью «императору», нельзя было отсылать с «разночинцами». Как показали заговорщики на следствии, «Кинзю нельзя было нам никак оставить в рассуждении, что злодей (Пугачев) тотчас взял бы на нас подозрение». Таким образом, преданность Арсланова задержала осуществление намерений заговорщиков. В то же время это последнее достоверное сообщение о пугачевском «башкирском полковнике». Что произошло с ним далее, документы умалчивают. Был ли он убит заговорщиками, погиб ли в волжских солончаках, неизвестно. Но имя талантливого предводителя еще долго тревожило царскую администрацию Башкирии, население которой не верило, что Кинзя Арсланов погиб, и надеялось, что он вернется и вновь возглавит их борьбу за свободу.