Между тем перед зимними морозами «Петр III» перенес свою «штаб-квартиру» в пригородную слободу Берду. Здесь он занял большой дом местного казака Ситникова. Дом был окружен стражей, в сенях стояли часовые, выбранные из числа наиболее доверенных яицких казаков. Возглавлял караул тоже казак, «дежурный генерал» Яков Давилин.
Иногда в покоях «императора» устраивали торжественные обеды, куда приглашались наиболее близкие к «Петру III» казаки. Один из них так описывает эти праздники: «яицкие казаки певали песню, нарочно или в честь самозванцу составленную. А исецкого полковника писарь Иван Васильев игрывал на скрипице. Во время же таких веселостей яицкие и все другие казаки напивались допьяна, а самозванец от излишнего питья воздерживался и употреблял редко…» Как видим, «лихой казак» был скромен в «рассуждении горячительных напитков». Очевидцы, описывая Пугачева, подчеркивали его энергию, ум, природную сметку, жизнерадостность, неприхотливость в быту.
Физически сильный, с плотной, крепко сбитой, коренастой фигурой, он тем не менее не производил впечатления грузного человека. Пугачев любил шутку, речь свою пересыпал прибаутками, пословицами. Был красноречив, по замечанию современника «наречие имел чистое», употреблял словесные обороты донских казаков: «Ребяты», «поди-ка сюды», «откель ты?», «погоди трохи». Одевался «император» в яркое казачье платье, носил желтые сафьяновые сапоги. «Самозванец никаких прежде знаков на себе не носил, а отличался от прочих богатым казачьим, донским манером, платьем и убором лошадиным, тож отменными ото всех поступками, как-то: легкостью походки, бодростию, отменным станом и прищуриванием одним глазом».
Пугачев отличался личной смелостью и мужеством. Эти качества отмечали даже его враги, в том числе и «матушка императрица». В письме к Вольтеру от ноября 1774 г. Екатерина писала: «Он, Пугачев, не умеет ни читать, ни писать, но это человек чрезвычайно смелый и решительный». А один из приближенных «Петра III» показал на допросе: «По неустрашимости своей всегда был он (Пугачев — Ю. Л.) на переди и подавал пример прочим». Пугачев знал и любил военное дело. Был превосходным наездником, хорошо знал артиллерию, понимал тактику боя. В своих сражениях применял массированный артиллерийский огонь и минные подкопы при штурме крепостей, умело использовал конницу, бросая ее в бой лавой, применяя тактику рассыпного строя пехоты. Отдавал должное и пропаганде. Сотни и тысячи его сторонников агитировали за «волю» на огромной территории России — на Урале, в Сибири, в Поволжье, в казахских степях. Было составлено большое число манифестов на русском и на татарском, башкирском, киргизском и казахском языках. В них учитывались специфика положения отдельных социальных и национальных групп, их чаяния и стремления.
В Берде была создана пугачевская Государственная военная коллегия. По названию она копировала Государственную коллегию в Петербурге. Но функции ее были значительно шире петербургской. Пугачевская коллегия — орган, направляющий и координирующий деятельность отрядов, входящих в Большое войско. Кроме того, коллегия создавала и рассылала манифесты и указы на территории действий повстанцев и за ее пределы, ведала сбором и распределением денежной казны, провианта, боеприпасов и фуража, назначала и смещала начальников воинских отрядов и гражданской администрации, чинила суд и расправу. Коллегия состояла из четырех членов, секретаря, думного дьяка и повытчиков, а также толмачей. Была создана Походная канцелярия, которая непосредственно ведала текущими делами.
С наступлением зимы войско Пугачева пополнилось тысячами добровольцев. Огромный лагерь расположился под Оренбургом, осада которого продолжалась. Воспользовавшись разгромом карательной экспедиции генерала Кара и полковника Чернышева, Пугачев вместе с частью войска отправился под Яицкий городок. Еще за несколько дней до его прибытия казаки захватили город, но не смогли взять крепость.
С приездом Пугачева осада активизировалась, были сделаны подкопы, минирована крепость. Однако, несмотря на взрыв мин, крепость продолжала упорно сопротивляться.
В Яицком городке Пугачев женился на местной казачке Устинье Кузнецовой. Брак был основан на политическом расчете. «Ты как женишься, — говорили Пугачеву казаки, — так войско яицкое все к тебе прилежно будет». Но свадьба «императора» вызвала среди многих недовольство. «Как-де, — говорили многие, — этому статца, чтобы царь мог жениться на казачке». Один из приближенных Пугачева Творогов показал на следствии: «народ тут весь так как бы руки опустил и роптал: для чего он, не окончив своего дела, то есть не получа престола, женился».