1997 — Москва, посольство Швеции. Вооруженный пистолетом и гранатой террорист захватил в автомобиле шведского торгового представителя Яна-Улофа Нюстрема. В результате переговоров тот был освобожден, а его место занял полковник А. Н. Савельев, предложивший себя в заложники. После того как у него случился острейший сердечный приступ, приведший в итоге к смертельному исходу, было решено незамедлительно начать активную фазу операции. В результате перестрелки преступник был уничтожен. Посмертно начальник штаба группы «Альфа» полковник Анатолий Николаевич Савельев был удостоен звания Героя России.
2000 — Новогрозненский, Чечня. Захват Салмана Радуева, главаря «армии Джохара Дудаева», осуществленный сотрудниками группы «А» в составе сводной оперативно-боевой группы Центра специального назначения ФСБ. Благодаря согласованным действиям разведки и спецназа охранники «террориста № 2» были разоружены, а сам он арестован.
2001 —Алхан-Кала, Чечня. Сотрудники «Альфы» участвовали в полномасштабной специальной операции по уничтожению банды одного из наиболее кровавых полевых командиров — Арби Бараева, отличавшегося маниакальной жестокостью и специализировавшегося на похищении людей и работорговле. В операции были задействованы сотрудники ЦСН, разведчики из 46-й бригады внутренних войск МВД, подразделения Министерства обороны. В результате скоротечного, но жестокого боя бандит и его охранники были уничтожены. При этом погиб рядовой Евгений Золотухин (посмертно удостоен звания Героя России).
11 июля 2001 г. — Майртуп, Чечня. Уничтожение одного из ближайших подручных Хаттаба — полевого командира Абу Умара, руководившего в 1990-х гг. учебным лагерем по подготовке диверсантов-взрывников на окраине Сержень-юрта в так называемом институте «Кавказ». Убитый являлся одним из организаторов взрывов жилых домов в сентябре 1999 г. в Москве и Волгодонске и многих других терактов. Первоначальный досмотр дома, где скрывался террорист, ничего не дал. Бойцы «Альфы» уже были готовы перейти в другой двор, как один из них бросил взгляд на показавшуюся ему подозрительной ступеньку деревянной лестницы. Спецназовцы заняли позиции вокруг дома. Когда один из офицеров отодрал половицу, то из-под лестницы ударили автоматные очереди. Сотрудник «Альфы» был ранен, но его товарищи уничтожили засевшего в укрытии Абу Умара. Большую роль в успехе операции сыграли бойцы отряда «Русь», которые двумя группами десантировались в селе в непосредственной близости от места, где находился бандит, и не дали ему уйти в горы.
2001 — Минеральные Воды. Террористом Султаном Саид Эдиевым, чеченцем по национальности, был захвачен автобус «Икарус», следовавший рейсом Невинно-мысск — Ставрополь. Террорист выдвинул требование об освобождении тридцати с лишним пассажиров в обмен на пятерых преступников, осужденных в 1994 г. за захват пассажирского самолета в Минеральных Водах. В нагрудный карман рубашки террорист поместил стакан с боевой гранатой Ф-1 с выдернутой чекой, вставленной запалом вниз. Кроме того, были замечены провода, идущие к поясу на животе. Как оказалось, там находилось полтора килограмма литого тротила. В результате безупречно проведенной снайперской атаки террорист был уничтожен. В ходе штурма автобуса никто из заложников не пострадал.