Хронология рассматриваемых памятников базируется на стратиграфических колонках, делающих особенно надежными разработку относительной хронологии и периодизацию археологических материалов. Специфической особенностью среднеазиатских и вообще ближневосточных памятников разных эпох является последовательное расположение друг над другом глинобитных домов, представляющее почти идеальные условия для вертикального членения культурных напластований. По существу, остатки одного дома с содержащимися в нем предметами материальной культуры образуют один слой или, как можно в данном случае говорить, один археологический комплекс, являющийся основной исходной единицей фиксации при раскопочных работах. Такой строительный горизонт заключает остатки одного или нескольких строений, одновременное функционирование которых нашло отражение в стратиграфическом положении между прослойками полов более раннего и более позднего строительных комплексов. Эта особенность связана с практикой разрушения верхних частей сырцовых строений после их предельного ветшания и разравнивания участка, на котором они располагались, под фундамент новых построек. Практически в среднеазиатских памятниках ранних земледельцев такой строительный горизонт в среднем имеет мощность 0,5 м. Однако не всегда в ходе производившихся раскопок, особенно в глубоких и незначительных по площади шурфах, удавалось проследить стратиграфические горизонты. В таких случаях применялась условная фиксация материала по ярусам (один ярус равен 0,5 м). Объединяя керамические находки в ярусы, исследователи, естественно, повышали элемент субъективности в фиксации материала.
История изучения стратиграфии энеолитических памятников юга Средней Азии рисует картину постепенного совершенствования принятой методики фиксации материала и выделения комплексов. Так, при раскопках Анау были выделены три комплекса, содержавших материал, трактуемый сейчас как энеолитический, — Анау IA, Анау IБ и Анау II (Schmidt H., 1908). Фиксация материала велась по высотным отметкам, причем часто в пределах очень большой (до 2 м) амплитуды. Рабочие доставляли добытые объекты находившимся вдали от раскопа исследователям. Неудивительно, что между выделенными американской экспедицией комплексами Анау II и Анау III оказался пропущенным большой период. Это, правда, характерно для уровня раскопок начала XX в. В Сузах, как показали последующие работы в области стратиграфии, между выделенными первоначально комплексами Сузы I и Сузы II лежал «незамеченный» промежуточный слой мощностью 12 м. Анауская лакуна была заполнена в ходе работ 1952 г. на Намазгадепе, проводившихся под руководством Б.А. Куфтина. Тогда были выделены комплексы Намазга I и Намазга II, соответствовавшие комплексам Анау IБ, Анау II, и комплекс Намазга III, не замеченный американской экспедицией, хотя аналогичный ему материал имелся и на северном холме Анау (Куфтин Б.А., 1954). Однако фиксация материала шурфов на Намазгадепе велась исключительно по условным ярусам. В ходе работ 1955–1963 гг. стал шире применяться учет материала по строительным горизонтам наряду с сохранением для шурфов фиксации по ярусам. Семь строительных горизонтов (Кара 1–7) были вскрыты на Карадепе, по десяти строительным горизонтам (1-10) зафиксирована стратиграфия Геоксюра 1, по строительным горизонтам (1-14) велся учет материала и на Алтындепе. Несомненно, следующей ступенью совершенствования методики и подхода к конкретному анализу археологических объектов является более детальное исследование памятника по слоям и прослойкам в пределах одного строительного горизонта.
Следует иметь в виду, что каждая отдельно взятая стратиграфическая колонка отражает, прежде всего, конкретную картину развития материальной культуры на данном памятнике или в данном месте памятника, если последний достаточно обширен. На сравнительно крупном поселении разрушение старых домов и постройка новых зданий, естественно, происходили не одновременно во всем поселке, а постепенно, на разных его участках и в разные сроки. Это, соответственно, сказалось на числе и чередовании строительных горизонтов, вскрываемых в шурфах и стратиграфических раскопах. Так, на Алтындепе на «холме ремесленников» слои с керамикой геоксюрского типа насчитывали пять строительных горизонтов, а на «холме вышки» — шесть, что отражает более интенсивное обживание последнего в то время; соответствующие слои оказались здесь и более мощными. Подобный учет разного характера культурных отложений, выделяемых в качестве самостоятельных горизонтов, особенно важен при сопоставлении нескольких стратиграфических колонок, в которых могут быть представлены и строительные остатки разной степени монументальности, и горизонты с мусором, и просто ямы с хозяйственными отходами. Корреляция и синхронизация отдельных колонок особенно надежны в случае обнаружения в отдельных горизонтах привозных объектов, как это имеет место в Южном Туркменистане при раскопках памятников, весьма удаленных друг от друга. Синхронизация производится и на основании общего сопоставления комплексов, прежде всего, керамических, дающих для культур расписной керамики очень яркую и детальную картину (табл. I).