Наиболее сильно репрессированные участки генома отличаются высокими уровнями метилирования ДНК и чрезвычайной компактностью. ДНК в них становится предельно туго закрученной и практически недостижимой для ферментов, транскрибирующих гены. Но наибольшую важность представляет вопрос о том, как эти области подвергаются жесткой репрессии. Модель этого процесса продемонстрирована на рисунке 11.3.
Рис. 11.3. Схематические изображение того, как различные виды эпигенетических модификаций взаимодействуют друг с другом, постепенно создавая все более жестко репрессированный и туго закрученный участок хромосомы, в результате чего клетке становится чрезвычайно сложно экспрессировать гены с этого участка
На этой модели показана последовательная цепочка событий, приводящих клетку во все более репрессивное состояние. В соответствии с этой моделью, репрессивные гистоновые модификации притягивают метилтрансферазы ДНК, которые осуществляют метилирование ДНК в области этих гистонов. Это метилирование, в свою очередь, притягивает больше модифицирующих репрессивные гистоны ферментов, в результате чего возникает неизменный цикл, что, в свою очередь, приводит к формированию все более неблагоприятного для экспрессии генов участка.
Данные экспериментов подтверждают, что во многих случаях эта модель соответствует действительности. Репрессивные гистоновые модификации могут выступать в роли «наживки» для привлечения метилирования ДНК к промотору гена-супрессора новообразований. Одним из наиболее ярких примеров этого является эпигенетический фермент, который мы уже встречали в предыдущей главе, под названием EZH2. Белок EZH2 добавляет метиловые группы к лизиновой аминокислоте в позиции 27 на гистоне H3. Эта аминокислота известна как H3K27. К — это однобуквенный код лизина (L — код другой аминокислоты, которая называется лейцин).
Метилирование H3K27 само по себе может подавить экспрессию гена. Однако, по меньшей мере в некоторых типах клеток млекопитающих, это гистоновое метилирование привлекает метилтрансферазы ДНК к тому же самому участку хроматина[192][193]. В число метилтрансфераз ДНК входят ДНМТ3А и ДНМТ3Б. Это важно, поскольку ДНМТ3А и ДНМТ3Б способны осуществлять процесс, известный как независимое метилирование ДНК. Иначе говоря, они могут метилировать необработанную ДНК и создавать совершенно новые участки чрезвычайно репрессированного хроматина. В результате, клетка получает возможность превратить относительно непостоянную репрессивную метку (метилирование H3K27) в более стабильное метилирование ДНК.
Не менее важны и другие ферменты. Фермент под названием LSD1 удаляет метиловые группы с гистонов — это «ластик» эпигенетических модификаций[194]. Особенно активно он делает это в позиции 4 на гистоне H3 (H3K4). H3K4 представляет собой противоположность H3K27, так как когда H3K4 свободен от метиловых групп, гены обычно остаются подавленными.
Неметилированный H3K4 может связывать белки, и один из них называется DNMT3L. Пожалуй, не должно вызывать удивления то, что он родственен ДНМТ3А и ДНМТ3Б. DNMT3L сам не метилирует ДНК, но притягивает ДНМТ3А и ДНМТ3Б к неметилированному H3K4. В этом состоит еще один способ наложения стабильного метилирования ДНК на прежде девственный участок[195].
По всей вероятности, многие гистоны, расположенные у промоторов генов-супрессоров новообразований, способны нести на себе обе эти репрессивные гистоновые метки — метилирование H3K27 и неметилирование H3K4, — которые, действуя одновременно, влияют на метилтрансферазы ДНК еще активнее.
И EZH2, и LSD1 способны активировать гены при определенных видах рака, и их экспрессия согласуется с тяжестью заболевания и уровнем смертности пациентов[196][197]. По общему правилу, чем более активны эти ферменты, тем ниже шансы пациентов на благоприятный исход.
Итак, пути воздействия гистоновых модификаций и метилирования ДНК постоянно пересекаются. Это может объяснить, по крайней мере отчасти, одну из загадок современной эпигенетической терапии. Почему такие химические соединения как 5-азацитидин и САГК всего лишь контролируют раковые клетки, а не уничтожают их полностью?
В предложенной нами модели при помощи 5-азацитидина можно подавлять метилирование ДНК, лишь пока пациент принимает этот препарат. К несчастью, многие противораковые лекарственные средства обладают весьма опасными побочными эффектами, и ингибиторы ДНМТ не являются исключением. Постепенно эти побочные эффекты могут превратиться в настолько серьезную проблему, что пациенты оказываются вынужденными прекратить прием лекарств. Однако раковые клетки больных по-прежнему могут сохранить гистоновые модификации у супрессоров новообразований. Как только пациент перестает принимать 5-азацитидин, эти гистоновые модификации практически немедленно снова начинают притягивать ферменты ДНМТ, восстанавливая стабильную репрессию экспрессии генов.