А как насчет тех участков, которые не скручены туго, в которых находятся активированные гены или же способные к последующей активации? Здесь-то на первые роли и выдвигаются гистоны. Функции их неизмеримо расширяются, теперь они не являются только лишь молекулярными катушками, на которые могла бы наматываться ДНК. Если метилирование ДНК представить как достаточно долговечные дополнительные пометки на нашем сценарии «Ромео и Джульетты», то модификации гистонов будут служить в этой аналогии примечаниями, обреченными на скорое исчезновение. Их можно сравнить со сделанными карандашом записями, которые отобразятся при последовательном копировании несколько раз, а потом станут невидимыми. А может быть, судьба их окажется еще более мимолетной, как у самоклеющихся листочков бумаги для записей, годных лишь на один раз.
Впечатляющее число научных прорывов в этой области было сделано в лаборатории профессора Дэвида Эллиса из Рокфеллеровского университета в Нью-Йорке. Ее руководитель, всегда с иголочки одетый, аккуратный, чисто выбритый американец, выглядящий значительно моложе своих 60 лет, пользуется чрезвычайной популярностью среди коллег. Как и многие эпигенетики, он начинал карьеру в области биологии развития. Подобно Эдриану Бёрду и, еще раньше, Джону Гердону, Дэвид Эллис едва ли не равнодушно относится к своей репутации мирового светила в эпигенетике. В целом цикле выдающихся статей, опубликованных в 1996 году, он вместе с коллегами показал, что гистоновые белки претерпевают в клетках химическую модификацию, и эта модификация повышает экспрессию генов, если они находятся возле специфически измененных нуклеосом[26].
Гистоновая модификация, обнаруженная Дэвидом Эллисом, была названа ацетилированием. Ацетилирование представляет собой присоединение химической ацетил-группы, в данном случае, специфической аминокислоте, которая называется лизин, на свободном отростке одного из гистонов. На рисунке 4.4 показано строение лизина и ацетил-лизина, и мы опять видим, что изменения относительно незначительны. Как и метилирование ДНК, ацетилирование лизина представляет собой эпигенетический механизм для изменения экспрессии генов, не влияющий на исходную последовательность генов.
Рис. 4.4. Химическое строение аминокислоты лизин и ее эпигенетически модифицированной формы ацетил-лизин. С — углерод; Н — водород; N — азот; О — кислород. Для упрощения некоторые атомы углерода намеренно не отмечены, однако они присутствуют там, где изображены две соединительные линии
Тогда, в 1996 году, все казалось ясным и понятным. Метилирование ДНК репрессирует гены, а ацетилирование гистонов активирует их. Но экспрессия генов — это куда более тонкий процесс, не ограничивающийся лишь их включением или выключением. Экспрессию генов нельзя сравнивать с неким рубильником, имеющим два положения, «вкл» и «выкл»; она скорее подобна круглой рукоятке настройки громкости радиоприемника. Поэтому никто особенно не удивился, когда выяснилось, что в этом процессе задействована не только гистоновая модификация. Нужно сказать, что более 50 различных эпигенетических модификаций гистоновых белков были обнаружены с момента опубликования тех самых статей Дэвида Эллиса; и открытия эти были сделаны как самим Эллисом, так и многими другими лабораториями[27]. Все эти модификации меняют экспрессию генов, но не всегда одинаково. Одни модификации гистонов усиливают этот процесс, тогда как другие ослабляют его. Шаблон, по которому происходят модификации, стали называть гистоновым кодом[28]. Но проблема, с которой столкнулись эпигенетики, оказалась в том, что прочесть этот код невероятно сложно.
Представьте себе хромосому в виде ствола огромной новогодней елки. Ее ветви, раскинувшиеся во все стороны по всей высоте дерева, это гистоновые отростки, которые могут быть украшены эпигенетическими модификациями. Мы берем фиолетовые шары и вешаем один, два или три фиолетовых шара на некоторые ветви. У нас также есть зеленые сосульки, и мы можем повесить одну или две из них на разные ветви, на некоторых из которых уже висят фиолетовые шары. Затем мы берем красные звезды, но знающие люди сказали нам, что ими нельзя украшать ветви, по соседству с которыми висит хоть один фиолетовый шар. Золотые снежинки и зеленые сосульки запрещается вешать на одни и те же ветви. И чем дальше, тем сложнее и запутаннее становятся правила, которым мы должны следовать, наряжая нашу елку. В конце концов, мы развесили все наши украшения и обернули елку электрической гирляндой. Лампочки на ней — это отдельные гены. Эта гирлянда оснащена удивительным программным обеспечением, меняющим яркость свечения каждой лампочки в строгой зависимости от того, какие елочные игрушки находятся рядом. И мы будем практически не в состоянии предугадать, с какой яркостью станут гореть все лампочки на нашей гирлянде, потому что схема расположения украшений на елке чрезвычайно сложна.
26
The most important papers from the Allis lab in 1996 were: Brownell et al. (1996), Cell 84: 843–51; Vettese-Dadey et al. (1996), EMBO J. 15: 2508–18; Kuo et al. (1996), Nature 383: 269–72.
27
A useful review by one of the leading researchers in the field is Kouzarides, T. (2007) Cell 128: 693–705.