Некоторые исследователи считают, что в сложении среднеднепровской культуры участвовало несколько местных культур: древнеямная и позднетрипольская (Березанская, 1975, с. 81–82), среднестоговская, позднетрипольская и поздненеолитическая (днепро-донецкая) культуры (Бондарь, 1975, с. 82–84). И.И. Артеменко предполагает, что среднеднепровская культура сложилась на правобережье Среднего Поднепровья на местной основе в результате сложного процесса, в котором могли участвовать не только древнеямная (как он считал ранее), но также среднестоговская и позднетрипольская (этапа С 1) культуры. Степень участия каждой из них пока трудно определить, так как ранний этап среднеднепровской культуры в настоящее время представлен только погребальными памятниками.
Об участии среднеднепровского (лесостепного) варианта древнеямной культуры в сложении среднеднепровской культуры свидетельствует сходство их погребального обряда. Для древнеямной и среднеднепровской культур характерны захоронения под курганными насыпями, в могильных ямах, перекрытых деревом, наличие красной краски (охры), золы и углей в могилах, обычай окружать первоначальную насыпь кургана ровиком. В конце первой и начале второй половины III тыс. до н. э. вышеперечисленные черты погребального обряда в Поднепровье были характерны только для древнеямной культуры. В позднетрипольской, среднестоговской (кроме красной краски) и других соседних культурах они отсутствовали.
Близость древнеямной и среднеднепровской культур прослеживается и в орнаментации керамики. Орнаментальный мотив на керамике среднеднепровской культуры состоит из отпечатков шнура, образующих горизонтальные ряды и треугольники с опущенной вниз вершиной, что находит аналогии прежде всего в керамике древнеямной культуры. Что же касается формы сосудов раннего этапа среднеднепровской культуры — широкогорлых круглодонных сосудов типа Бурты-Зеленки, возможно, прав Д.Я. Телегин, который считает, что прототипом их послужили высокогорные остродонные сосуды дериевского типа среднестоговской культуры. Переживание среднестоговских традиций прослеживается и в керамике среднего этапа среднеднепровской культуры. Это прежде всего относится к высокошейным круглодонным сосудам и круглодонным кубкам с почти прямыми стенками и перехватом (углубленным пояском) в верхней трети или посередине высоты сосуда, аналогии которым имеются в остродонных сосудах среднестоговской культуры.
Об участии позднетрипольской культуры (этапа С1) правобережья Среднего Поднепровья в сложении — среднеднепровской культуры свидетельствует положение погребенных раннего этапа среднеднепровской культуры на спине в вытянутом положении, характерное для позднетрипольской культуры этапа С1 (Чапаевский могильник). В некоторых формах и орнаментации керамики раннего и среднего этапов среднеднепровской культуры также прослеживается сходство с позднетрипольской керамикой этапа С1. В частности, система орнаментации среднеднепровской керамики из групп вертикальных и горизонтальных нарезных линий, окаймленных мелкими углублениями или насечками, близка к орнаментации сосудов этапа С1 трипольской культуры (Коломийщина I, Чапаевка и др.) Однако для окончательного решения вопроса о происхождении среднеднепровской культуры данных еще недостаточно.
Многие исследователи отмечают значительную роль племен среднеднепровской культуры в древней истории лесной полосы Восточной Европы. Существует мнение, что среднеднепровская культура принимала участие в формировании прибалтийских (висло-неманской, эстонской) и фатьяновской культур. В частности, Х.А. Моора предполагает, что с верховьев Днепра среднеднепровская культура распространилась на запад и северо-запад в Прибалтику, на север, вплоть до Приильменья, и, вероятно, также на восток, в Волго-Клязьминское междуречье (Моора, 1963, с. 15). Л. Килиан, отмечая наличие в висло-неманской (жуцевской) культуре приднепровских элементов, объясняет появление их результатом меновых сношений. И.И. Артеменко отмечает, что в висло-неманской культуре имеются сосуды, близкие по форме и особенно характеру орнамента к сосудам конца среднего и позднего этапов среднеднепровской культуры. Однако, степень участия среднеднепровской культуры в сложении висло-неманской культуры и культуры ладьевидных топоров Восточной Прибалтики еще предстоит выяснить, так как памятники этого времени в междуречье Верхнего Днепра и Немана, а также в Прибалтике еще недостаточно исследованы и связующие звенья между этими культурами пока отсутствуют.