Устав от школьной метафизики, Бэкон со страстью отдался математике, естествознанию и филологии. Мы не должны думать о нем как об одиноком оригинале, научном голосе, вопиющем в схоластической пустыне. В каждой области он был обязан своим предшественникам, и его оригинальность была мощным итогом долгого развития. Александр Некхэм, англичанин Бартоломью, Роберт Гроссетесте и Адам Марш заложили в Оксфорде научную традицию; Бэкон унаследовал ее и провозгласил миру. Он признавал свой долг и безмерно хвалил своих предшественников. Он также признал свой долг и долг христианства перед исламской наукой и философией, а через них — перед греками, и предположил, что «языческие» ученые Греции и ислама также, по-своему, были вдохновлены и направлены Богом.98 Он высоко ценил Исаака Израильского, Ибн Габироля и других древнееврейских мыслителей и имел смелость сказать доброе слово в адрес евреев, живших в Палестине во время распятия Христа.99 Он жадно учился не только у ученых, но и у любого человека, чьи практические знания в ремесле или хозяйстве могли пополнить его запас. Он пишет с незаслуженной скромностью:
Несомненно, что никогда, до того как Бог будет увиден лицом к лицу, человек не будет знать ничего с окончательной уверенностью….. Ибо никто не настолько сведущ в природе, чтобы знать всю… природу и свойства одной-единственной мухи….. А так как по сравнению с тем, что человек знает, те вещи, о которых он не знает, бесконечны и, вне всякого сравнения, более велики и более прекрасны, то не в своем уме тот, кто превозносит себя в отношении своих собственных знаний….. Чем мудрее люди, тем смиреннее они принимают наставления другого, не презирают простоту учителя, но ведут себя скромно с крестьянами, старухами и детьми, так как простому и неученому известно многое, что ускользает от внимания мудрого….. Я узнал больше важных истин от людей скромного положения, чем от всех знаменитых докторов. Поэтому пусть никто не кичится своей мудростью.100
Он трудился с таким рвением и поспешностью, что в 1256 году его здоровье подорвалось; он отошел от университетской жизни, и на десять лет мы теряем его след. Вероятно, в этот период он написал некоторые из своих второстепенных работ — «О горящих стеклах», «О чудесной силе искусства и природы» и «Исчисление природных явлений». Также он задумал свой «Главный труд» — Scriptum principale, энциклопедию для одного человека в четырех томах: (1) грамматика и логика; (2) математика, астрономия и музыка; (3) естественные науки — оптика, география, астрология, алхимия, сельское хозяйство, медицина и экспериментальные науки; и (4) метафизика и мораль.
Он успел написать несколько разрозненных фрагментов, когда, казалось, удар удачи прервал его программу. В феврале 1265 года Ги Фульк, архиепископ Нарбонны, стал папой Климентом IV и перенес в папство часть либерального духа, который развился на юге Франции в результате смешения народов и вероисповеданий. В июне он написал Бэкону письмо с просьбой прислать «честную копию» его работ «тайно и без промедления» и «невзирая на запрет любого прелата или любой устав твоего ордена».101 Бэкон принялся лихорадочно (что видно по страстности его стиля) заканчивать свою энциклопедию; затем, в 1267 году, опасаясь, что Климент может умереть или потерять интерес до ее завершения, он отложил ее в сторону и за двенадцать месяцев составил или собрал из своих рукописей предварительный трактат, который мы знаем как Opus maius, или Большую работу. Подозревая, что даже он окажется слишком длинным для занятого Папы, он написал его краткое изложение, Opus minus, или Меньший труд. В начале 1268 года он отправил эти две рукописи Клименту вместе с эссе De multiplicatione specierum («Об умножении видений»). Опасаясь, как бы они не затерялись в пути, он составил еще одно краткое изложение своих идей, Opus tertium, и отправил его Клименту специальным гонцом вместе с линзой, с которой, по его мнению, Папа мог бы сам провести эксперименты. Климент умер в ноябре 1268 года. Насколько нам известно, ни от него, ни от его преемников до жаждущего философа не дошло ни слова признания.