Наконец, Миддлтон опубликовал свой самый значительный труд "Свободное исследование чудесных сил, которые, как предполагается, существовали в христианской церкви в течение последовательных веков" (1748) - книгу, которую Хьюм позже назвал превосходящей его собственное современное эссе "О чудесах" (1748). Он начал с признания авторитета чудес, приписываемых в каноническом Новом Завете Христу или его апостолам; он предложил показать лишь, что чудеса, приписываемые отцам, святым и мученикам Церкви после первого христианского века, не заслуживают веры; достаточно просто рассказать эти истории, чтобы выявить их нелепость. Некоторые отцы Церкви одобряли такие истории, заведомо зная, что они ложны; Миддлтон цитирует Мосхайма, ученого церковного историка, который выражает опасение, что "те, кто внимательно изучит труды величайших и святейших врачей четвертого века, найдут их всех без исключения склонными к обману и лжи, когда этого требуют интересы религии".22
В книге Миддлтона было много недостатков. Он забыл, что и сам рекомендовал массовый обман в поддержку христианства, и игнорировал возможность того, что некоторые странные опыты, такие как изгнание "дьявольской одержимости" или то, как святой Антоний услышал дьявола у своей двери, были вызваны силой внушения или воображения и могли показаться действительно чудесными тем, кто честно о них сообщил. В любом случае, следствием "Свободного исследования" стало возвращение к чудесам Ветхого Завета, а затем и Нового, тех же методов критики, которые Миддлтон применял к патристическому периоду; и его католические оппоненты были совершенно правы , утверждая, что его аргументы ослабят всю сверхъестественную подструктуру христианской веры. Возможно, Миддлтон так и предполагал. Но он до конца сохранил свои церковные преференции.
Обращение Болингброка в деизм было тайным и заразительным для аристократии. В своих работах, тщательно скрываемых от публикации на протяжении всей жизни, он обрушивал свою презрительную инвективу почти на всех философов, кроме Бэкона и Локка. Платона он называл отцом теологической лживости, Святого Павла - фанатичным мечтателем, Лейбница - "химерическим шарлатаном".23 Он называл метафизиков "учеными лунатиками" и называл "пневматическими [ветреными] безумцами" всех, кто считал душу и тело отдельными.24 Он смеялся над Ветхим Заветом, считая его фарраго бессмыслицей и ложью.25 Он исповедовал веру в Бога, но отвергал остальную часть христианского вероучения. Все знания относительны и неопределенны. "Мы всегда должны быть неверующими.... В религии, правительстве и философии мы должны не доверять всему, что установлено".26Он оставил в прошлом последнее утешение скептика - веру в прогресс; все общества проходят через циклы "от поколения к поколению и от поколения к поколению".27
В 1744 году Болингброк унаследовал родовое поместье в Бэттерси и покинул Францию, чтобы провести там последние годы своей борьбы с болезнью и отчаянием. Его бывшие друзья покидали его по мере того, как падало его политическое влияние и поднимался его нрав. Смерть второй жены (1750) положила конец его интересу к человеческим делам: "С каждым годом я становлюсь все более и более изолированным в этом мире".28- заклятый враг эгоизма. В 1751 году он заболел раком, распространившимся по лицу. Он продиктовал благочестивое завещание, но отказался от услуг священнослужителей.29 Он умер 12 декабря после шести месяцев агонии, не имея надежды ни на себя, ни на человечество. Уже упадок религиозной веры порождал пессимизм, который станет тайным недугом современной души.