В других легионах рота являлась составной частью организационных структур, которые зачастую обозначались как батальоны, когорты, ордены, полки или были известны под другими названиями. Но Хорус предпочитал избегать дополнительного уровня установленной организации, и тот постепенно исчез из структуры Легиона, став ко времени переименования легиона в Сынов Хоруса чисто символическим. Вместо официальной структуры примарх объединял роты и отдельные подразделения, как того требовали особенности кампании. Командир подобной формации зачастую именовался старшим капитаном. Если формация была особенно крупной, тогда остальные капитаны становились помощниками главнокомандующего до завершения кампании. В подобных образованиях редко когда существовали официальные звания, но Сыны Хоруса часто называли формации, предназначенные для стремительных наступлений, «остриями». Отбросив формальность и четко определенную структуру выше базового уровня роты, Хорус продемонстрировал свой прагматизм и предпочтение вести боевые действия с расчетливой точностью.
В легионе Сынов Хоруса некоторые отделения вместо обычного численного обозначения пользовались собственными почетными названиями или эпитетами: Иллюминаторы-Прайм, Несущие Смерть, Налетчики Йеррока, Первые Сыны и тому подобные, в то время другие назывались в честь сержанта или вожака, который их возглавлял, если командир обладал достаточной репутацией. Во многих подобных титулах была видна культура почитания хтонийских банд, традиция суждения по репутации и междоусобных войн, из которых они возникли. С течением времени это все отчетливее проявлялось среди новобранцев. Одним из признаков растущего влияния стало появление гравировок хтонийских символов банд на доспехах космических десантников, которые обозначали знаменательные деяния и убийства, а также то, к какой роте воины принадлежали. Этот обычай лишь усилился после того, как легион стал называться Сынами Хоруса. Изменение не только ознаменовало появление ранее невиданной жестокости в легионерах, но вскоре стало тем фактором, который позволил ей раскрыться, стать более видимой, когда легион начал избавляться от влияния Матери-Терры. Белые цвета Лунных Волков обратились морской зеленью, затем померкли до мутного зелено-черного, когда Сыны Хоруса окончательно отбросили терранские боевые традиции и приняли гордыню и злобу, таившихся в темном сердце Хтонии, а также традиции бандитских владений, кровавой гордости и беспощадного, непрерывного конфликта.
В Морниваль входили наиболее доверенные советники и приближенные Хоруса. Он состоял из четырех избранных капитанов и существовал вне пределов остальной командной структуры XVI легиона. Морниваль позиционировал себя как душу Лунных Волков, а позже Сынов Хоруса, поддерживая примарха и управляя волеизъявлением и решениями легиона. Хорус полагался на Морниваль в том, чтобы тот уравновешивал его решения вопросами и различными точками зрения. Таким образом, четыре капитана играли роль советников, приближенных и собеседников. Известно, отношения между братьями Морниваля строились на различных ритуалах: их встречи проходили при лунном свете, на шлеме каждого брата были выгравирована луна в разной фазе, а свои обеты они приносили над отражением луны. Происхождение Морниваля не вполне ясно, хотя можно провести определенные параллели с ритуалами братств ютигранских кланов и генокультами. Независимо от происхождения Морниваля, его истоки явно восходит к ранним десятилетиям после создания легиона, а также известно, что он пережил расправу на Истваане-3.
Как и в случае со всеми легионами, власть Хоруса над своими воинами была абсолютной. Ниже Хоруса по рангу находились капитаны, за ними следовали сержанты подразделений, а в случае, если несколько отделений входили в состав формации для достижения конкретных целей, один из сержантов получал неформальное звание «вожака», а вместе с ним и полевое командование. Это не всегда зависело от старшинства, но скорее представляло собой выбор наилучшего и наиболее подходящего для задания воина. Подобный подход как нельзя лучше соответствовал прагматичному и временами импульсивному подходу легиона к ведению боевых действий. На низшей ступени находились боевые братья Сынов Хоруса. Именно такой простой иерархией и пользовались на практике Сыны Хоруса. Внутри братства космических десантников личные авторитет и слава каждого звания занимала далеко не последнее место. Существовали определенные различия между воинами: по времени, которое они провели, сражаясь в рядах легиона, по кампаниям, в которых принимали участие, по полученным наградам, по отделениям, где они служили — в обычном или же том, что составляло почетную гвардию капитана.