Под этой поверхностью скрывались и другие различия, которые постороннему заметить было очень непросто — различия в родословной и происхождении, различия, которые должны были исчезнуть после становления космическим десантником, но во многом с Сынами Хоруса этого не случилось, что позже принесло горькие плоды. Звание капитана легиона также имело едва заметные вариации и рамки полномочий. Обычно тот, кто командовал ротой с низшим цифровым обозначением, превосходил того, у кого номер роты был более высоким. На вершине этой неофициальной, но вполне реальной иерархии находились капитаны, которые входили в число ближайших советников Хоруса, и особенно капитан 1-й роты, который был главным полевым офицером примарха.
Скрепленная личной харизмой Хоруса и его командирскими талантами структура командования Сынов Хоруса доказала свою высокую эффективность, адаптивность и гибкость. В сочетании с умением проводить молниеносные кампании, это позволило легиону одерживать одну победу за другой, всякий раз по-новому реформируясь для выполнения конкретной задачи. Каждый из Сынов Хоруса знал свои возможности и возможности тех, кто сражался рядом с ним, как благодаря званию, так и по личной славе, что закреплялось в иерархии, определявшейся умениями бойца, а не требованиями официальности. Какой бы эффективной ни была структура, в ней сложно было не заметить важность личной славы воина, а также погоней за властью, что служило отличительным признаком легиона, а временами даже становилось источником конфликтов и вендетты — семя грядущих распрей в легионе. Поскольку характер Сынов Хоруса был отражением характера их примарха, в гордыне сыновей мы можем увидеть изъян в душе их отца. Поэтому, когда Хорус предал Империум, легионеры последовали за ним, и давно дремлющие в их душах пороки проявили себя в полную силу: гордыня, амбиции, стремление стать лучше других, а также жестокость и беспощадность позволят их темным мечтам стать явью.
Таинственные воинские ложи, существовавшие в некоторых легионах Космического Десанта, представляли собой закрытые братства вне командной структуры легиона. Похоже, воинские ложи появились у Сынов Хоруса после первого контакта с Давином и ложами давинитских племен, на основании которых, как многие считают, они и были созданы. Вполне вероятно, что этот темный и трижды проклятый мир стал источником раковой опухоли, которая разрослась в самом сердце лучших воинов Империума. Известно также, что ложи были представлены во многих других легионах, скорее всего, эта практика распространилась от Сынов Хоруса, словно болезнь. Возможно, в усилении лож свою роль сыграло также влияние Несущих Слово Лоргара. Обычаи воинских лож сильно разнились не только между легионами, но и в отдельно взятом легионе также, во многом подражая секретным культам и тайным обществам, которые во множестве возникали за минувшие века.
Судя по тому немногому, что нам известно, за закрытыми дверьми члены ложи отбрасывали все различия в званиях и почестях. Между членами не существовало иных званий, кроме рангов и различий самой ложи. Старший капитан вполне мог считаться ровней человеку, находившемуся под его командованием. Простой сержант мог быть магистром ложи, ротный капитан — одним из его аколитов, а старший офицер — неофитом. Подобное нивелирование субординации и воинской дисциплины были возможны потому, что ложи связывали своих членов ритуалами и секретностью. Местом встреч ложи служили тайные комнаты, куда войти можно было только через одну дверь. Дверь охранялась, и внутрь мог попасть только тот, кто знал пароль или имел символ членства. Члены узнавали друг друга по использованию определенных предметов, отметок, жестов или зашифрованных фраз. Инициация в ложу была окутана символизмом и ритуальным значением. В некоторых ложах инициату завязывали глаза и снимали повязку только после окончания церемонии. В других ложах ему требовалось выпить чашу с кровью и чашу с прокисшим вином. В некоторых существовала запутанная система рангов, другие же ограничивались лишь несколькими основными.