К тому времени, когда он вернулся на родину, отец женился вторично. В новой семье дети от первого брака чувствовали себя неуютно, и Минх взял племянника к себе в Киев. Здесь Петр Подъяпольский прослушал полный университетский курс на естественном отделении, но к выпускным экзаменам его не допустили, так как у него не было аттестата зрелости.
Вернувшись в Саратов, Петр Павлович поступил на службу, причем получил высокий пост чиновника особых поручений при генерал-губернаторе Андрее Ивановиче Косиче.
Генерал-лейтенант Косич в молодости участвовал в защите Севастополя, в зрелые годы отличился в войне на Балканах. Став генерал-губернатором обширного края, Косич оказался неплохим администратором. Он много сделал для благоустройства Саратова, Царицына, других городов Поволжья. Он заботился о расширении сети школ, помогал развитию санитарного и врачебного дела, научному изучению и хозяйственному освоению края. При нем проводилась картография и статистическое обследование губернии, активно работала ученая археологическая комиссия, налаживалось городское и земское хозяйство, расширялась благотворительность. Когда из-за неурожая 1891 года начался голод, Косич создал Комитет по продовольственному вопросу, открыл бесплатные столовые для голодающих; хлеб, выпекаемый городскими пекарнями, распорядился продавать по доступной для бедняков цене. Его активные действия были замечены, потекли пожертвования не только от саратовских богатеев, но из Петербурга и других городов России, даже из-за границы. Поскольку всего этого было недостаточно, генерал-губернатор приказал помещикам открыть свои закрома для голодающих крестьян. Такая неслыханная мера вызвала волну протестов, жалобы посыпались в Петербург. Государь удалил Косича из Саратова.
В начинаниях генерал-губернатора Косича участвовали его сотрудники, в их числе Петр Подъяпольский. Новому губернатору он пришелся не ко двору.
К тому времени Петр Павлович уже был женат – на дочери мукомола из поволжских немцев Варваре Андреевне Шмидт; у них подрастала дочь.
Унаследованное им небольшое имение приносило скромный доход. Жена его тоже была из состоятельной семьи: ее отец владел сетью мельниц – прибыльный по тем временам бизнес. Но с родней Варвара Андреевна была в ссоре: выйдя замуж за русского, она нарушила родительский запрет. Родители были так возмущены ее своеволием, что дом от них она получила не в собственность, как одаривали при замужестве ее сестер, а только… в пожизненное пользование. Судя по «суровости» этого наказания, семейная ссора была не смертельной.
Петр Павлович мог позволить себе не искать нового места, а засесть за школьные учебники, чтобы сдать-таки экзамены на аттестат зрелости. Аттестат он получил, когда ему уже было около тридцати, но он поехал в Москву и поступил на естественное отделение университета. В числе его учителей крупнейшие ученые: физику читал профессор А.Г.Столетов, физиологию И.М.Сеченов, ботанику К.А.Тимирязев. Но больше всего его привлекали занятия у приват-доцента А.А.Токарского – психолога и психиатра, который был всего на три года старше ученика. Петр Павлович знал его по Саратову: они учились в одной гимназии, Токарский тремя классами старше.
Ардалион Ардалионович Токарский был теоретиком и практиком гипнологии и гипнотерапии, интерес к чему Подъяпольский привез из Франции. Словесное внушение и гипноз Токарский считал могучим средством лечения многих болезней. В то же время он разоблачал шарлатанов, «умевших» читать мысли на расстоянии, вызывать духов, устраивать телепатические и гипнотические сеансы на потеху публике. Труд Токарского «Гипноз и внушение» стал классическим. Увы, годы талантливого ученого были сочтены: злая чахотка в 1901 году свела его в могилу в возрасте 42 лет.
Но в годы учебы Подъяпольского Токарский был еще полон сил. Тесное общение с ним во многом определило судьбу Петра Павловича.
В 1898 году, вернувшись с университетским дипломом в Саратов, он был избран вице-председателем Общества естествоиспытателей – фактически его главой, так как председателем был богатый меценат князь А.А.Прозоровский-Голицын.
При обществе была создана Волжская биологическая станция, на ней Подъяпольский вел научные исследования. Он часто выступал с публичными лекциями о гипнозе. Доказывал, что гипноз может и должен применяться в медицине, ничего сверхъестественного в нем нет. Он разоблачал шарлатанов, боролся с предрассудками, смело интерпретировал библейские сказания об исцелениях Иисуса Христа, объясняя, что ничего чудесного в них не было: Иисус был талантливым гипнотерапевтом.