К этому времени апостольское происхождение стало считаться важнейшим критерием для принятия в канон. И когда встал вопрос о включении Церковью в канон христианских Писаний этого в высшей степени популярного и получившего широкое распространение Евангелия, было окончательно решено, что оно должно быть написано одним из апостолов.
Но некоторые библеисты полагают, что, хотя автором действительно был Иоанн, это не был апостол, а другой человек с тем же именем, тем более что оно было очень распространенным. Это предположение как будто подтверждается одним из самых древних источников, а именно Папием Иерапольским (II в.), его цитирует Евсевий Кесарийский в своей «Церковной истории». Папий говорит: «Если появлялся кто-нибудь, кто был последователем старейшин, я исследовал слова старейшин, что говорил Андрей, или Петр, или Филипп, или Фома, или Иаков, или Иоанн, или Матфей, или кто другой из учеников Господних и что говорили Аристион и старейшина Иоанн, ученики Господни». Далее Евсевий Кесарийский замечает: «Следует обратить внимание на то, что Папий называет двух людей с именем Иоанн: одного, упомянутого им раньше вместе с Петром, Иаковом, Матфеем и прочими апостолами,.. другого Иоанна помещает в числе людей, стоявших рядом с апостолами». Как известно, Иоанну приписывают авторство трех писем, стилевая и идейная близость которых к Евангелию очевидна, причем автором 2-го и 3-го является человек, который называет себя старейшиной.
Еще в древности некоторые из ранних Отцов Церкви заметили огромную разницу в языке, стиле и идеях между Евангелием и Откровением и не сочли возможным приписать их авторство одному человеку. Кроме того, они также указывали на то, что в Эфесе находились две гробницы с именем Иоанна. Они полагали, что автором Евангелия был апостол Иоанн, а автором Откровения – «другой Иоанн», старейшина. Ряд современных библеистов допускает верность таких предположений, но только ровно наоборот. Они обращают внимание на то, что, судя по Евангелию, его автором должен был быть не галилейский рыбак, но уроженец Иудеи или Иерусалима, причем, вероятно, занимавший довольно высокое положение в иерусалимской элите того времени. Согласно Иринею Лионскому, Иоанн был священником, носившим золотой священнический нагрудник. Это был человек, о котором нельзя было сказать, что он был из числа людей «простых и неученых», как назвали члены Синедриона Петра и Иоанна (Деян 4.13).
Иногда высказывались предположения, что автором 4-го Евангелия является Иоанн Марк, или воскрешенный Иисусом Лазарь, или молодой богач, который полюбился Иисусу, или какой-то иной христианин, пожелавший остаться неизвестным. Причем утверждается, что автор скрыл свое имя из скромности, на что другие возражают, что назвать себя любимым учеником не есть признак скромности. Те, кто признает автором Иоанна Старейшину, убеждены, что он не ставил своей целью скрыть свое имя, ведь в его общине все знали о том, что он автор Евангелия. Но после того, как Евангелие получило широкое распространение вне ее, имя евангелиста забылось и позже было отождествлено с именем апостола Иоанна. Правда, серьезных и подтвержденных фактами доводов у авторов подобных предположений нет. В любом случае авторство не имеет решающей важности для должной оценки Евангелия. Гораздо важнее помнить то, что нет достаточных причин сомневаться в том, что Евангелие написано палестинским евреем, принадлежавшим к кругу учеников Иисуса, достоверность свидетельства которого высоко оценивалась церквами Малой Азии, а затем, когда Евангелие стало известно и в других областях, всей Церковью. Вопрос об авторстве Евангелия остается открытым, но в наше время почти не осталось серьезных ученых, которые считали бы его автором апостола Иоанна.