После октябрьской революции в России начались гонения на сионистов. В феврале 1918 года в Москве была арестована группа московских сионистов, в том числе и технический секретарь организации, при обыске у которого был обнаружен список жертвователей на покупку земли в Палестине. Шимона Великовского успели предупредить об опасности. Он не вернулся домой, оставил всё своё годами накопленное имущество и с большим трудом выбрался из Москвы вместе с женой и младшим сыном Иммануилом. Три года семья скиталась по России, пытаясь выбраться за границу. И только весной 1921 года они с трудом покинули пределы страны.
Размышляя о будущем еврейского государства, Шимон Великовский мечтал собрать там цвет научного мира и организовать Еврейский университет. Но начать следовало с создания многоотраслевого научного журнала, в котором будут публиковаться работы виднейших учёных-евреев. С этой целью после выезда из России он направил Иммануила в Берлин, а сам вместе с женой поехал в Эрец-Исраэль. Первые годы пребывания Ш. Великовского в Эрец-Исраэль были связаны с огорчениями и неприятностями, вызванными тем, что некоторые московские евреи, внесшие деньги на покупку земли в Негеве, после революции, оказавшись в Эрец-Исраэль, потребовали у Шимона возвратить свой вклад. Они не хотели ждать пока киббуц станет рентабельным и сможет вернуть им деньги.
Помимо поселенческой деятельности Ш. Великовский уделял много сил и энергии работе, проводимой совместно с известным лингвистом профессором Кляйзнером и связанной с совершенствованием и развитием языка иврит, продолжая дело создателя разговорного языка Бен-Игуды, ушедшего из жизни в 1922 году. При этом особое внимание уделялось обоснованию создания новых слов и сопоставлению их с подобными словами, имевшимися в других и, в первую очередь, европейских, языках.
Шимон Великовский скончался в декабре 1937 года. Похоронен он на старом тель-авивском кладбище, где ему установлено скромное надгробье. На этом кладбище, оказавшемся сейчас в самом центре современного города, похоронены Бялик, Дизенгоф и другие знаменитые евреи.
В посвящении, приведённом в книге "Века в хаосе", И. Великовский писал:
"Этот труд посвящается памяти моего покойного отца. Я хочу в нескольких словах рассказать, кто был Шимон Ихиель Великовский. Со дня, когда в тринадцатилетнем возрасте он оставил дом своих родителей и пешком пошёл в один из центров талмудического учения в России, до дня, когда в декабре 1937 года в семидесятивосьмилетнем возрасте он почил в земле Израиль, он посвятил свою жизнь, свою судьбу, своё спокойствие духа, всё, чем он владел, реализации единой цели — возрождению еврейского народа в своей древней стране. Он способствовал возрождению языка Библии, развитию современного иврита, опубликовав (под редакцией доктора И. Клаузнера) коллективный труд по ивритской филологии, и возрождению еврейской научной мысли; публикация основанной им Scripta Universitatis, в чём содействовали учёные многих стран, послужила основанием для Еврейского университета в Иерусалиме. Он первый, выкупивший землю в Негеве, доме патриархов; он организовал там коллективное поселение, названное им Рухама; сейчас это самое большое агрикультурное производство в северном Негеве. Я не знаю, кого мне благодарить за интеллектуальную подготовку к этой реконструкции древней истории, если не моего покойного отца."
По разному сложились судьбы потомков Шимона Великовского. Его старшие сыновья стали известными химиками и проживали в Советском Союзе. Связь с ними потеряна и известно лишь то, что одна из внучек Шимона погибла под Москвой во время войны.
Его младший сын Иммануил стал известнейшим врачом, учёным и писателем. Он унаследовал от отца деловые способности и сионистские увлечения. Прерванное революцией и гражданской войной образование он завершил в 1921 году и сразу же по поручению отца выехал в Европу. В Берлине Иммануил Великовский сумел организовать на деньги отца издание многоотраслевого научного журнала "Scripta", предназначенного помочь созданию Еврейского университета в Иерусалиме, со статьями многих выдающихся учёных мира: Эйнштейна, Бора, Адамара, Ландау, Френкеля, печатавшихся как на языке автора, так и на иврите. Альберт Эйнштейн стал также редактором выпуска " Математика и физика". Уже в конце зимы 1923 года первый выпуск "Scripta" был направлен в адрес 237 университетов и академий. В ответ со всех концов мира в библиотеку ещё несуществующего Еврейского университета в Иерусалиме пришли тысячи томов научной литературы. При этом Иммануил Великовский проявил такие выдающиеся организационные способности, что ему было даже предложено возглавить будущий университет в качестве ректора, но молодой учёный отказался от этой чести.