Столыпин свел дело к «неправильным» поступкам отдельных людей, действовавших якобы только по собственной инициативе, отрицал факт оборудования Департаментом полиции «преступной типографии» и утверждал, что последствиями действий департамента «не могла быть масса убитых» во время погромов.[11] В Александровске погром произошел 14 декабря 1905 г. Столыпин снисходительно говорил о Будагоском, внесшим значительную лепту в его организацию, Комиссарове и других. Одним из основных доводов в попытке смягчить резонанс от разоблачений Столыпин считал нераспостранение в Александровске «после 14 декабря новых воззваний против революционеров и евреев». В отношении нареканий за неприятие департаментом мер против погромов объяснения министра были совершенно неубедительными. Повторения «неправильных» действий не будет, — утверждал он.[12] Затем Столыпин отвечал на вторую часть запроса — о погроме в Вологде, бесчинствах в Царицыне и убийствах в Калязине.[13] Необходимо указать, что в запросе, в выступлении министра и последующем обсуждении не говорилось именно о еврейском погроме в Вологде, хотя по данным советского историка А. А. Черновского еврейские погромы 1 мая были не только в Вологде, но и в Муроме и Симбирске.[14] Объяснения министра были путанными. Вообще он считал действия властей, если и не вполне правильными, то и не беззаконными, меры правительства — не реакцией, а порядком, необходимым «для развития самых широких реформ».[15] На эти слова Дума ответила шумом.
Член думы князь С. Д. Урусов, выступавший первым после Столыпина, был уверен в его искренности. При таком министре никто не осмелится «воспользоваться зданием министерства и министерскими суммами, чтобы устраивать подпольные типографии» и организовать погром. Но, — как заявил далее Урусов, — главные вдохновители находятся вне сферы действия министерства внутренних дел, поэтому его обещания не имеют твердого основания; никакое правительство не сможет обеспечить порядок и спокойствие, пока «на судьбы страны будут оказывать влияние люди, по воспитанию вахмистры и городовые, а по убеждению погромщики».[16] Р. Ш. Ганелин полагает, что под такими людьми Урусов, в частности, подразумевал бывшего товарища министра внутренних дел, петербургского генерал-губернатора, а во время работы I Думы — дворцового коменданта, оголтелого антисемита, сторонника самых крайних правых взглядов, обладавшего огромным воздействием на царя, генерала Д. Ф. Трелова.[17] После Урусова в том же ключе выступили еще несколько членов Думы. Основная мысль министра, вновь взявшего слово, заключалась во фразе: «То, что нехорошо, того больше не будет». Но в зале возник сильный шум и крики: «А Белостокский погром?».[18]
В решении Думы, принятом в обычной форме перехода к очередным делам, говорилось, что в проходивших погромах и массовых избиениях мирных граждан есть признаки общей организации и явное соучастие в них должностных лиц, оставшихся безнаказанными, что объяснения министра свидетельствуют о его бессилии прекратить погромы, что создается неизбежность их повторения и что только немедленная отставка правительства и передача власти кабинету, пользующемуся доверием Думы, способны вывести страну из погромного состояния.[19]
Инициатором раскрытия дела о тайной типографии и погромных прокламациях был бывший директор Департамента полиции А. А. Лопухин, получивший сведения от Макарова. Именно после того, как Лопухин в январе 1906 г. дважды беседовал об этом с ничего не подозревавшим председателем Комитета министров С. Ю. Витте, тот приказал уничтожить типографию, но не наказал виновных. Поэтому Лопухин передал копию рапорта Макарова для опубликования в газете «Речь».[20] Кроме того, летом 1906 г., находясь в Мюнхене и прочитав выступление Столыпина 8 июня в Думе, Лопухин увидел в нем существенные искажения событий. 14 июня он написал министру официальное письмо, в котором повторил рассказанное ранее Витте.[21]
В письме Лопухин, не показывая существовавшего у него недоверия к Столыпину,[22] представил свое видение изложения событий министром как следствие извращения обстоятельств дела его подчиненными. В частности, Лопухин указал, что прокламации, призывавшие к избиению евреев, распространялись в Александровске и после погрома 14 декабря 1905 г. Но основная мысль письма заключалась в поддержке мнения Урусова о том, что министр и его центральный аппарат практически бессильны, полиция и жандармерия, а также ряд сотрудников министерства «считают себя вправе вести самостоятельную политику» вследствие поддержки не только некоторых высших чиновников, но и таких фигур как генерал Трепов. «Только осведомленная прессой Государственная дума в силах навсегда прекратить систематическое подготовление властями еврейских и иных погромов» таково было глубокое убеждение Лопухина. Им и объяснял он факт передачи копии рапорта Макарова в газету.[23]