После воцарения Александра I стал с начала 1801 года санкт-петербургским генерал-губернатором и инспектором войск в Финляндии. С 1802 года попал в опалу за неудовлетворительное состояние столичной полиции. С началом Русско-австро-французской войны 1805 года – главнокомандующий армией России. Формально командовал ею в сражении при Аустерлице, не смея перечить бывшему при армии императору Александру I. С октября 1806 года – киевский военный губернатор.
Во время Русско-турецкой войны 1806–1812 годов управлял квартирмейстерской частью армии, отличился при взятии крепости Браилов. В 1809 году – виленский военный губернатор. С апреля 1811 года – главнокомандующий русской армии на Дунае, нанес туркам поражения при Рущуке и Силистрии. За победу удостоился графского титула и был назначен членом Государственного совета.
В 1812 году 16 июля был избран московским дворянством начальником Московского ополчения. 17 июля столичное дворянство избрало генерала от инфантерии М.И. Голенищева-Кутузова начальником Санкт-Петербургского ополчения. Это было ничто иное, как «вотум доверия общественности» прославленному полководцу. Он и стал с 8 августа единым главнокомандующим русской действующей армии, получившей название Главной армии.
Штаб ее (штаб соединенных 1‑й и 2‑й Западных армий) состоял при М.И. Голенищеве-Кутузове из следующих лиц:
Начальник штаба – генерал от кавалерии Л.Л. Беннигсен.
Начальник артиллерии – генерал-майор граф А.И. Кутайсов, погибший в Бородинском сражении. Его заменил генерал-майор В.Г. Костенецкий.
Генерал-квартирмейстер – генерал-майор М.С. Вистицкий (одновременно генерал-квартирмейстер 2‑й Западной армии).
2‑й генерал-квартирмейстер – полковник К.Ф. Толь (одновременно генерал-квартирмейстер 1‑й Западной армии).
Дежурный генерал – генерал-майор П.С. Кайсаров, которого затем сменил генерал-лейтенант П.П. Коновницын.
…Главнокомандующим 1‑й Западной армией (около 120 тысяч человек) был генерал от инфантерии М.Б. Барклай де Толли, еще некоторое время остававшийся военным министром России.
Начальниками армейского штаба являлись (сменяя друг друга) – генерал-лейтенант Н.И. Лавров, генерал-майор А.П. Ермолов и генерал-майор маркиз Ф.О. Паулуччи. Генерал-квартирмейстерами – генерал-майор С.А. Мухин и полковник К.Ф. Толь. Начальниками артиллерии – генерал-майор граф А.И. Кутайсов и генерал-майор В.Г. Костенецкий.
В подчинении армейского штаба находились: 5 пионерских рот, 2 понтонные роты, 4 подвижные инвалидные команды, 6 подвижных артиллерийских парков, 2 батарейные артиллерийские роты.
В состав 1‑й Западной армии входили:
1‑й пехотный корпус (23 тысячи человек) генерал-лейтенанта графа П.Х. Витгенштейна. Корпус состоял из:
5‑й пехотной дивизии генерал-майора Г.М. Берга: три бригады – 6 полков, в том числе 2 егерских, 2 сводно-гренадерских батальона и полевая артиллерийская бригада (1 батарейная и 2 легкие роты).
14‑я пехотная дивизия генерал-майора И.Т. Сазонова: три бригады – 6 полков, в том числе 2 егерских, и полевая артиллерийская бригада (1 батарейная и 2 легкие роты).
1‑я кавалерийская дивизия генерал-майора П.Д. Каховского: две бригады – 3 полка (два драгунских и один гусарский).
1‑я резервная артиллерийская бригада: 2 батарейные и 2 конные роты.
При штабе корпуса находились 2 понтонерские роты и 3 Донских казачьих полка.
2‑й пехотный корпус (17 тысяч человек) генерал-лейтенанта К.Ф. Багговута, которого затем сменил генерал-лейтенант З.Д. Олсуфьев. Корпус состоял из:
4‑я пехотная дивизия генерал-майора принца Евгения Вюртембергского, которого сменил генерал-майор Д.И. Пышницкий: три бригады – 6 полков, в том числе 2 егерских, и полевая артиллерийская бригада (1 батарейная и 2 легкие роты).
17‑я пехотная дивизия генерал-лейтенанта З.Д. Олсуфьева: три бригады – 6 полков, в том числе 2 егерских, и полевая артиллерийская бригада (1 батарейная и 2 легкие роты).
При корпусном штабе находились Елисаветградский гусарский полк и половина конно-артиллерийской роты.
3‑й пехотный корпус (18,5 тысяч человек) генерал-лейтенанта Н.А. Тучкова 1‑го, которого после гибели при Бородино сменил генерал-лейтенант граф П.А. Строганов, а того – генерал-лейтенант П.П. Коновницын. Корпус состоял из: