Они были переправлены Марниксу, который через месяц раскрыл испанский шифр. После этого содержание писем через Вильгельма Оранского было доведено до сведения министра Елизаветы Френсиса Уолсингема. Уолсингем сразу же осуществил мероприятия по получению более полной информации и независимости от иностранных криптоаналитиков. С этой целью он направил в Париж талантливого юношу, который быстро расправлялся с шифрованными письмами. Это был Томас Фелипес, первый выдающийся английский криптоаналитик.
В результате проведенных мероприятий вся шифрованная переписка Марии Стюарт, в которой она давала согласие на заговор против Елизаветы и рекомендации относительно ее осуществления, расшифровывалось Фелипесом и поступало к Уолсингему. Эти письма и шифр, которым она пользовалась вместе с другими изменниками, послужили главным материалом для обвинения на заседаниях суда, который признал Марию Стюарт виновной в государственной измене. 8 февраля 1587 года в 8 часов утра она поднялась на эшафот, стала на колени и мужественно приняла от палача три удара топором. Таким образом, криптоанализ ускорил смерть Марии, королевы Шотландии.
В 1589 году королем Франции стал Генрих IV, который сразу же был вынужден вступить в ожесточенную борьбу со Священной лигой. Эта лига во главе с герцогом Майенским контролировала столицу и все другие большие города Франции, получая большие подкрепления в виде живой силы и денег от испанского короля Филиппа ІІ. Генрих был со всех сторон окружен противником. Но именно в это трудное для него время в его руки попала часть переписки Филиппа с испанским военачальником Хуаном Моро.
Письма Филиппа были зашифрованы, но у Генриха секретарем по шифрам в то время служил 49-летний математик Франсуа Виет (1540–1603), основатель современной элементарной алгебры. Его теорему о корне и коэффициентах квадратных уравнений доныне изучают в школе. Он также был членом тайного совета и занимался адвокатской практикой. В 1588 году Виет прочитал зашифрованную испанскую депешу, адресованную Олесандро Фарнезе, герцогу Пармы, который командовал испанскими войсками Священной лиги.
С тех пор Генрих передавал Виету все новые перехваченные депеши, чтобы выяснить, сможет ли тот повторить свой успех. Виет, работая вместе с голландским криптоаналитиком Филиппом ван Марниксом, сумел примерно за год раскрыть шифр короля Испании Филиппа II, который до этого времени считался неуязвимым не только в Испании, но и в Ватикане — одном из серьезных криптологических центров того времени.
Во Франции дешифровальное отделение было создано при Людовике ХІІІ по предложению кардинала Ришелье. Его возглавил Антуан Россиньоль (1600-82), который создал дипломатический шифр, представлявший собой слогово-словарный код на 600 компонентов.
Антуан Россиньоль в первый раз приобрел популярность в 1626 году. Ему передали зашифрованное письмо, захваченное у курьера, который пробирался из осажденного города Реальмон, и до конца дня он дешифровал его. Из письма стало понятно, что армия гугенотов, удерживавшая город, находилась на грани гибели. Французы, которые к этому не подозревали об отчаянном положении гугенотов, вернули им письмо вместе с его расшифровкой. Теперь гугеноты знали, что их противник не отступит, и немедленно сдались. Так победа французов стала результатом дешифровки.
Могущество криптологии стало очевидным, поэтому Антуан Россиньоль и его сын Бонавентур получили высокие должности при дворе. Выдающееся мастерство и накопленный опыт по раскрытию шифров позволил Россиньолям понять, как создать более стойкий шифр, и они придумали так называемый «Великий шифр». Он применялся для шифрования наиболее секретных сообщений короля, скрывая детали его планов, замыслов и политических интриг.
В одном из этих сообщений вспоминалась одна из наиболее загадочных личностей во французской истории, человека в железной маске, но стойкость «Великого шифра» означала, что сообщение останется нерасшифрованным и непрочитанным в течение двух веков.
«Великий шифр» оказался настолько надёжным, что сумел противостоять усилиям всех криптоаналитиков той эпохи, пытавшихся выведать французские тайны, и даже следующих поколений дешифровщиков. К сожалению, после смерти отца и сына «Великий шифр» перестал применяться, а его подробности были быстро утеряны. Это привело к тому, что зашифрованные бумаги во французских архивах стало нечем расшифровывать.