Йосеф Добровский сразу заподозрил в одной из рукописей — Зеленогорской — подделку. И высказался несколько раз достаточно определённо по этому поводу. За что один из деятелей чешского Возрождения Юнгман тут же назвал его славянствующим немцем. Добровский действительно писал на немецком языке — языке науки того времени. Йосеф Добровский умер в 1829 г., и надо сказать, что до 1850-х гг. это произведение в Чехии фактически не подвергалось сомнению. Как отмечали исследователи, с 1829 г. до 1850-х гг. единственный, кто мог сомневаться в рукописи, был сам Ганка, все остальные были уверены в её подлинности.
Рукопись сразу получила широкое распространение и известность в России. А. С. Шишков, конечно, обратил на это внимание, был создан перевод. Мнение, что рукопись является подделкой, высказал О. И. Сенковский. Но даже в нашей науке оно распространения не получило. Интересно, что выдающиеся русские учёные, такие как И. И. Срезневский, например, всю свою жизнь считали эти рукописи подлинными и даже искали этому доказательства.
Огромное влияние на то, что эти рукописи в научном мире считались подлинными, оказала книга П. Шафарика и Ф. Палацкого «Славянские древности». В этой книге Краледворская и Зеленогорская рукописи были восприняты как подлинные произведения, свидетельствующие о древности чешской культуры, чешских законов и высоком уровне развития Чехии. Однако в конце 1850-х гг. в Чехии появилось несколько работ, которые начали подвергать их подлинность сомнению. Началось лингвистическое и палеографическое исследование рукописей. Это вызвало волну в прессе. Общественность клеймила тех, кто сомневался, обвиняя их в измене национальным интересам и симпатиях к немцам. Надо сказать, что для культуры эти рукописи имели большое значение, оказав влияние даже на оперное искусство. Как известно, у Б. Сметаны есть опера «Либуша», которая опирается на Зеленогорскую рукопись. Ганка, по-видимому, откликнулся на потребность героизации прошлого своего народа, противостояния немцам, немецкой культуре, немецкому засилью того времени. Он вложил в уста одному из своих героев фразу: «Не хвально нам в немцах правду искати», которая стала лозунгом чешского национального возрождения.
Ганке повезло — при жизни он пользовался почётом. Так и не было окончательно доказано, что рукописи поддельны, и он умер вполне удовлетворённый своими достижениями. Тем более что перед самой смертью ему удалось выиграть судебное дело, затеянное им против одной из газет, в которой было опубликовано несколько статей, доказывающих подложность рукописи. Некоторые из русских исследователей даже обвиняли тех, кто сомневался в подлинности, в том, что они своими нападками приблизили смерть Ганки.
Существовали в Чехии очень серьёзные учёные, лингвисты — в частности, Мартин Гаттала, который доказывал правильность и подлинность рукописей, используя другой источник — латинский словарь Mater Verborum, в который Ганка внёс чешские глоссы. Ганка тоже был человек очень серьёзный, он, изготавливая рукописи, уже в другой источник внёс некоторые изменения, которые подтверждали подлинность этих рукописей лингвистически.
Тем не менее лингвистическая наука развивалась, и, надо сказать, главную роль в научном доказательстве поддельности этих рукописей сыграли лингвисты. Одним из основных, кто доказал их подложность, в Чехии был профессор Ян Гебауэр, а в России очень важную роль в доказательстве поддельности рукописей сыграли работы В. И. Ламанского.
В. И. Ламанский — фигура очень интересная и в советское время, скажем так, не очень популярная. Но до революции его считали отцом, патриархом русского славяноведения. Он в конце 1870-х гг. выпустил статью под характерным названием «Новейшие памятники древнечешского языка». Это был как бы отклик на название книги Ф. Палацкого и П. Шафарика «Древнейшие памятники чешского языка». В своей статье, которая осталась незаконченной, но тем не менее была опубликована, Ламанский обвинил уже покойного Ганку в фальсификации. Он доказал, что Ганка внёс глоссы в словарь Mater Verborum, и особо остановился на этической стороне. Он прямо обвинил Шафарика и Палацкого в том, что их поддержка фальсификата нанесла колоссальный вред науке о славянах. Он оценивал эти рукописи «как предметы веры и обожания нескольких поколений, как памятники учёной доверчивости и слабости критики, неизбежной в жизни каждой науки в период её развития». Он жестко писал, что «из патриотизма люди сознательно терпят ложь и попускают ей держаться и развиваться в науке. Самыми грозными и губительными врагами просвещения, а затем и политической свободы являются вот такие труды».