В конце 1938 — начале 1939 гг. франкисты захватили Каталонию. Утрата Каталонии была тяжёлым ударом по республике, но она ещё вполне могла сражаться, поскольку под контролем республиканского правительства оставались многие крупные города и территория площадью в 140 тыс. м2, на которой проживало 9 млн человек. Однако в этот решающий момент группа пораженцев во главе с командующим армии, оборонявшей Мадрид, полковником Касадо низложила 5 марта 1939 г. правительство республики и вступила в переговоры о капитуляции с руководством мятежников. 28 марта 1939 г. предатели сдали республиканскую территорию франкистам. После победы Франко подверг сторонников республики репрессиям: было расстреляно около 200 тыс. человек, примерно столько же защитников республики были брошены в тюрьмы и отправлены на каторгу.
Главной причиной поражения Испанской республики стала наглая масштабная интервенция фашистских государств и открытое пособничество генералу Франко со стороны великих держав, которые лицемерно прикрывали это пособничество политикой «невмешательства». По подсчётам исследователей и некоторым данным самих интервентов, франкистам за время Гражданской войны было предоставлено из Италии 1000 самолетов всех типов, 950 единиц бронетехники — танков и бронеавтомобилей, 1930 артиллерийских орудий, 1426 минометов, 3436 пулеметов, 240747 винтовок, 9 млн штук патронов, 7,7 млн штук артиллерийских снарядов, 17000 автомобилей, 8 подводных лодок. Из Германии в Испанию поступили 593 самолета, 250 танков и бронеавтомобилей, 700 артиллерийских орудий, 6174 миномета, 31000 пулеметов, 157306 винтовок, 250 млн патронов, 1,1 млн артиллерийских снарядов.
На 1 января 1941 года франкистская Испания была должна Италии пять миллиардов лир, денежная помощь Германии составила около 0,5 миллиарда марок.
Война причинила Испании огромный ущерб. Страна потеряла свыше 1 млн человек убитыми и ранеными. Примерно столько же эмигрировало из страны после захвата власти фашистами. Учитывая степень экономической разрухи и внутриполитическую ситуацию, Франко не решился вступить во Вторую мировую войну. Несмотря на все уговоры и даже настоятельные требования Гитлера и Муссолини, Испания формально соблюдала нейтралитет. Однако на деле она не оставалась безучастной к величайшему конфликту XX столетия. Франко позволил германским подлодкам заходить в порты Испании, а немецким шпионам — свободно действовать в Мадриде. Испания поставляла Германии вольфрам, столь необходимый для танковой брони. В испанских госпиталях и санаториях лечились и восстанавливали здоровье раненые германские солдаты и офицеры. В 1941 году Франко направил на Восточный фронт — “на борьбу с коммунизмом” — так называемую добровольческую “голубую дивизию”. Дивизия, насчитывавшая 16 тыс. человек, находилась на Ленинградском и Волховском фронтах до осени 1943 года, когда была окончательно отозвана на родину, потеряв в России до пяти тысяч убитыми, восьми тысяч ранеными и несколько сот пленными.
К этому времени Франко «разочаровался» в Гитлере. Факторами, которые убедили его в ненужности отношений с Германией, стала высадка союзников в Северной Африке, их успехи в боевых действиях с немецкими войсками и, разумеется, поражение Германии в Сталинградской битве.
Важно отметить, что на протяжении всей войны Франко не порывал дипломатических отношений ни с США, ни с Великобританией. Поддерживая тесные отношения с Германией и Италией, он одновременно заигрывал с союзниками по антигитлеровской коалиции и специально для них выдумал свою собственную концепцию происходящих в мире событий. Он утверждал, что поддерживает Германию лишь в конфликте с СССР, а в противостоянии Гитлера с западными державами — у него полный нейтралитет. Кроме того, Испания была даже готова поддержать западные демократии в их конфликте с Японией, которую Франко всегда недолюбливал.
Отношения с Германией постепенно портились, и Франко все более опасался германского нападения с целью оккупации испанской территории. Как выяснилось впоследствии, подобный план под кодовым названием «Илона» в Германии действительно существовал. Так что к 1944 году практически вся испанская армия была сосредоточена на границе с Францией. Здесь же для отражения возможного германского вторжения поспешно строилась оборонительная линия.