В 1530-1531 годах в Ферапонтовом монастыре была сооружена церковь Благовещения с трапезной палатой. Ее постройка связана с посещением монастыря великим князем Василием III, приезжавшим в 1527 году в Кириллов монастырь молиться о даровании наследника. Массивная одностолпная палата и церковь поставлены, как и у обеих кирилловских трапезных, по одной оси и подняты на высокий подклет. Однако келарская палата, теперь разрушенная, примыкала к трапезной не с запада, а с севера, нарушая симметрию. Сейчас от нее остались хорошо читающиеся остатки стен и сводов. С юга к трапезной пристроена перекрытая сводами паперть с большими открытыми арками в верхнем этаже. На паперть вела каменная лестница. Рядом со входом с паперти в трапезную в стену вделана каменная плита с высеченной на ней надписью, сообщающей о строительстве и освящении храма. Внутри церковь выглядит несколько необычно. Она не имеет отдельного помещения для алтаря и перекрыта низким куполом, опирающимся на переброшенные в углах арочки. Над церковью возведен еще один ярус, в который из храма ведет внутристенная лестница. Середину этого яруса занимает высокий цилиндр, переходящий вверху в световой барабан. В него с разных сторон открываются небольшие камеры, расположение которых, на первый взгляд, кажется хаотичным. На южную и восточную стороны камеры выходят большими открытыми арками, в которых прежде висели колокола. Объем церкви завершается тремя ярусами кокошников и барабаном с главой. В целом устройство верха Благовещенской церкви в виде звона очень напоминает завершение кирилловской церкви Архангела Гавриила.
В подклете под церковью, трапезной и келарской располагались хлебня и другие хозяйственные помещения. Теплом от хлебни через жаровые каналы отапливался верхний этаж. Снизу в трапезную приносили пищу по узким лестницам, скрытым в толще стен.
В XIX веке здание подверглось безжалостной перестройке. Тогда сломали келарскую, уничтожили свод трапезной палаты, растесали окна, перестроили паперть. Реставрация здания началась еще в 1908 году, но завершилась только в последние годы. Восстановлены свод трапезной, прежняя форма окон, покрытие по кокошникам.
При перестройках прошлого века церковь была превращена в алтарь, и новый иконостас поставлен в прежней трапезной. Художественной ценности он не представлял и при реставрации был демонтирован.
К XVI веку относится один из лучших памятников монасты
ря - Казенная палата, прежде иногда ошибочно называвшаяся Сушилом. Палата представляет собой массивное двухэтажное здание под двускатной кровлей, расположенное справа от Святых ворот. Фасады здания решены по-разному. Западная стена, включенная в линию монастырской ограды, прорезана узкими маленькими окнами, скорее напоминающими бойницы. Окна южного фасада имеют обычное для этого времени наружное устройство в виде глубоких амбразур. Более богато обработан северный фасад, обращенный к трапезной палате и собору. Его скупая, но выразительная декорация сходна с декорацией трапезной. Окна украшены ступенчато западающими арочками, а вверху выложен карниз из простых кирпичных консолей. Восточное крыло здания было одноэтажным, но оно до наших дней не сохранилось. Внутри оба этажа перекрыты сводами. Сообщаются они лестницей, проходящей в толще стены. Наверху имеется отдельная небольшая камера, в которой хранились важные для монастыря документы - государевы жалованные грамоты и купчие крепости. Казенная палата - одно из лучших дошедших до нас гражданских сооружений XVI века. Предельно скупыми средствами строители придали ему редкую выразительность и монументальность.
От середины XVII века в монастыре сохранились два храма. Один из них церковь Мартиниана, построенная в 1641 году над гробницей прославленного игумена. Церковь завершается большим каменным шатром. Памятник сильно искажен поздними переделками. Некоторые следы его первоначального декора видны на южном фасаде. Из наиболее грубых искажении можно отметить пристройку с западной стороны совершенно новой трапезной (при этом в западной стене храма на месте древнего портала пробит широкий проем), сооружение новой граненой апсиды на месте древней, полукруглой, обвалившейся в конце XVIII века, и растеску окон. При строительстве трапезной на ее западную стену перенесли старую каменную плиту с надписью о строительстве церкви Мартиниана. Памятник в его теперешнем виде страдает известной сухостью деталей.
Иконостас в церкви - первой половины XIX века, довольно простой, с некоторыми характерными ампирными мотивами. Его резьба имеет большие утраты. У северной стены церкви в нише находится захоронение преподобного Мартиниана, который по традиции погребен у южной стены собора, тогда еще деревянного. Захоронение Мартиниана издавна служило местом поклонения и, вероятно, было отмечено деревянным навесом или палаткой. Над могилой стоит резная позолоченная деревянная рака. Вырезанный на ней текст сообщает об изготовлении раки в 1646 году и кратко излагает житие Мартиниана.
В глубине ниши на внешней стене Рождественского собора имеется роспись, выполненная одновременно с росписью его интерьера. Средняя часть этой композиции утрачена. Судя по описи XVIII века, здесь была изображена сидящая на троне Богоматерь с младенцем. Сохранились изображения предстоящих ей в молении: архангела Михаила (слева), архангела Гавриила и св. Николая (справа), а также фрагменты фигур двух коленопреклоненных в монашеских одеждах, в которых есть все основания видеть Ферапонта и Мартиниана. Эта композиция связана с захоронением Мартиниана, а изображение св. Николая напоминает о придельной церкви этого святого, расположенной за стеной. Еще не канонизированные в момент исполнения фрески преподобные молятся св. Николаю и вместе с ним - Богоматери.
В 1649 году сооружено здание Святых ворот, в верхнем этаже которого расположены церкви Богоявления и Ферапонта. Своеобразная и живописная композиция этого небольшого здания, увенчанного двумя стройными шатрами, с примыкающей к нему с юга Казенной палатой, образует главный фасад монастыря.