Для осуществления государственного финансового контроля за отдельными специфическими сферами деятельности созданы дополнительные органы контроля.
Так, государственный финансовый контроль в области кредитования, проведения расчетов, организации и регулирования денежного обращения, валютных операций осуществляет Центральный Банк Российской Федерации (Банк России). Для осуществления контроля за исполнением федерального бюджета Федеральное Собрание Российской Федерации в соответствии со ст. 101 Конституции РФ создало Счетную палату.
Указом Президента Российской Федерации от 14 августа 1996 г. № 11772 функции ранее существовавших специальных органов финансового контроля – Федеральной службы России по валютному и экспортному контролю и Федеральной службы России по надзору за страховой деятельностью – переданы Министерству финансов России.
Муниципальный финансовый контроль осуществляют органы местного самоуправления, которые в соответствии со ст. 12 Конституции РФ не входят в систему органов государственной власти. Большое значение для развития местного самоуправления имеет Федеральный закон от 28 августа 1995 г. «Об общих принципах организации местного самоуправления в Российской Федерации».
Выборные и другие органы местного самоуправления осуществляют муниципальный финансовый контроль при утверждении местного бюджета, его исполнении и при утверждении отчета о его исполнении; установлении местных налогов и сборов на основе принципов, определенных законодательством России. Главы местной администрации, являющиеся высшими должностными лицами местного самоуправления, осуществляют муниципальный финансовый контроль при: исполнении местного бюджета, управлении объектами муниципальной собственности, реализации государственных программ приватизации муниципальных предприятий, объектов социально-культурного и бытового назначения, торговых и иных объектов (имущества), являющихся муниципальной собственностью, и при решении иных вопросов местного значения.
Внутриведомственный финансовый контроль в министерствах, комитетах, в других органах исполнительной власти, общественных и религиозных организациях осуществляется руководителями соответствующих образований и специально созданными в данных системах контрольно-ревизионными подразделениями, которые подчиняются, как правило, непосредственно руководителю министерства, комитета, иного органа исполнительной власти или соответствующему органу общественной или религиозной организации. В МВД Российской Федерации, например, финансовый контроль осуществляется руководителями МВД России, МВД, ГУВД и других подразделений непосредственно и через соответствующую финансовую службу. В системе МВД России создана контрольно-ревизионная служба. Общее руководство контрольно-ревизионной работой в системе Министерства внутренних дел России осуществляет Контрольно-ревизионное управление МВД России (КРУ МВД России).