«Новик» и «Аскольд» возвратились благополучно.
Но какое это было возвращение! Десятки тысяч людей, усеявших борта судов, высыпавших на брустверы батарей, толпившихся на набережных, жадно следили за каждым движением маленького крейсера, который, бойко разворачиваясь в узкостях, входил в гавань...
Это было больше, чем какая-нибудь победа, случайная удача в бою, — это было завоевание. Отныне адмирал мог смело говорить: «Моя эскадра!» Отныне все эти люди принадлежали ему душой и телом.
Еще не раз с эскадрой выходил в море «Новик», показывая выучку экипажа, готовность к бою. В середине марта, во время одного из выходов эскадры, из-за неумелого маневрирования столкнулись два эскадренных броненосца «Севастополь» и «Пересвет». Макаров решил заменить командира «Севастополя», пригласил к себе Эссена.
— Принимайте «Севастополь», — кратко приказал он.
Эссен опешил. Хотя броненосец — это повышение, но он тихоходен.
— Ваше превосходительство, «Новик» — мой родной крейсер, лихое судно и экипаж сплавался...
Макаров, поглаживая бороду, усмехнулся:
— Вот-вот, для службы на «Севастополе» вы будете нужны. Вашу хватку я вижу.
Вступив в командование, Эссен через неделю-дру-гую увидел плоды своих усилий. Экипаж броненосца с душой принял нового командира. К сожалению, 31 марта, в день гибели Макарова, «Севастополь» и другие броненосцы из-за сильного прижимного ветра долго не смогли отойти от стенки, и Макаров приказал броненосцу оставаться в бухте. Непродолжительное общение с вице-адмиралом С. Макаровым наложило отпечаток на всю дальнейшую службу Н. Эссена, воспринявшего методы ведения боевых действий своего флагмана.
Новый командующий эскадрой, контр-адмирал В. Витгефт, вначале поднял свой флаг на «Севастополе». Вскоре Эссен настаивает на активных действиях, вплоть до прорыва эскадры во Владивосток, но осторожный флагман противится и в конце концов из-за разногласий с флаг-капитаном переносит свой флаг на «Цесаревича».
И все-таки от наместника поступает указание прорываться во Владивосток. Во время этой безуспешной попытки 10 июня, при возвращении, «Севастополь» подорвался на вражеской мине и получил большую пробоину в носовой части. Спустя полтора месяца броненосец под командой уже капитана 1-го ранга Эссена снова вышел в море. 28 июля Витгефт вторично повел эскадру для прорыва во Владивосток. При выходе эскадры флагман поднял сигнал: «Приготовиться к бою. Государь император повелел идти во Владивосток». Вой с превосходящим противником продолжался до темноты, окончился потерей нескольких кораблей, гибелью Витгефта, прорывом части эскадры в нейтральные порты Китая.
«Севастополю» досталось, он шел почти концевым в строю. Из-за повреждений ход упал до 8 узлов, и броненосец вернулся в Порт-Артур. После ремонта «Севастополь» 10 августа снова подорвался на мине и вышел из строя на два месяца. Теперь японцы обстреливали броненосец с окружающих высот. Часть команды и орудий свезли на берег для усиления обороны Порт-Артура. В конце ноября Эссен добился разрешения у нового флагмана, контр-адмирала Р. Вирена, вывести «Севастополь» на внешний рейд, в бухту Белый Волк. Организовав надежную противоминную оборону, броненосец своим огнем отбивал атаки неприятеля на Порт-Артур. Японские миноносцы в течение декабря произвели шесть безуспешных ночных атак, выпустив 180 торпед. Но все же из-за близких разрывов в обшивке появилась течь, и броненосец принял 2500 тонн воды.
По броненосцу вели огонь и японские крейсера, и один из снарядов практически вывел «Севастополь» из строя, и он превратился в плавучую батарею. Н. Эссена назначили начальником Ляоташанского отдела обороны с подчинением ему сухопутных частей и береговой обороны. Между тем дело шло к капитуляции. От Вирена в ночь на 20 декабря поступило распоряжение выполнить секретный приказ об уничтожении всех кораблей эскадры. По условиям капитуляции надлежало все корабли без взрывов затопить в бухте. Эссен, единственный из всех командиров, сумел отбуксировать «Севастополь» для затопления на глубокое место, что не позволило занявшим Порт-Артур японцам использовать его в своих целях.
Капитан 1-го ранга Н. Эссен последним покинул борт погружавшегося в воду «Севастополя». После плена в марте 1905 года Эссен вместе с другими офицерами возвращается на родину. За боевые заслуги Эссен был награжден орденом Святого Георгия IV степени и золотым оружием с надписью «За храбрость». Он занимает должность заведующего стратегической частью военно-морского ученого отдела Главного морского штаба, командира 20-го флотского экипажа, с марта 1906 года — командир строящегося в Англии броненосного крейсера «Рюрик».
Но вскоре Эссена отозвали, произвели в контр-адмиралы, и он возглавил отряд минных крейсеров, построенных на добровольные пожертвования для Балтийского флота. По сути, на Балтике в то время не было действенного флота. В разгромленных Тихоокеанских эскадрах, отправленных с Балтики, ушли на дно лучшие корабли Балтийского флота. Именно Н. Эссену выпало заняться восстановлением боеспособного флота. Маневры 1908 года выявили низкую боеспособность устаревших кораблей флота. Кроме того, все отряды на Балтике были разобщены, и в конце кампании Н. Эссен назначается начальником Соединенных отрядов, ядра будущего флота. Начинается строительство линейных кораблей, основы ударной силы. Но Эссен не забывает уроков Порт-Артура и обращает особое внимание на подготовку минных заградителей для борьбы с минами специальных сил траления. Вскоре Н. Эссен был произведен в вице-адмиралы.
В 1909 году Эссен — начальник морских сил Балтийского моря, с 1911 года — командующий флотом Балтийского моря. Он добился коренной перестройки деятельности всех учреждений, поставив их на службу потребностям действующего флота. Показал себя прямым последователем идей С.О. Макарова, руководил разработкой и принятием в 1912 году плана действия флота на случай войны, созданием минно-артиллерийских позиций для обороны петербургского направления.
«За это время деятельность нашего Балтийского флота неразрывно связана с именем Н.О. Эссена, — сообщал «Морской сборник», — и она проходила незаметно для нашего общества, которое совершенно не знало, что делается на наших многочисленных кораблях. За этот период Эссен из начальника отряда минных крейсеров сделался начальником морских сил Балтийского моря и добился подчинения себе всех портовых учреждений, совершив этим самым крупную ломку в организации наших морских сил и проведя идею, согласно которой все береговые учреждения должны служить и существовать для флота, а не наоборот. В этом деле он является прямым последователем идей адмирала С.О. Макарова».
Командуя Балтийским флотом, еще в 1912 году вице-адмирал Эссен предвидел главенствующую роль флота в будущей войне и в связи с этим обратился в Государственную Думу с письмом, в котором указывал, «что всякое отклонение вопроса о создании флота убьет дух личного состава и тогда не создать России флота, каких бы трудов и денег на это не жертвовали... Линейный флот, укрепленная база и сильная подвижная минная оборона — вот три фактора, без которых немыслимо думать о какой-либо обороне Балтийского побережья».
В 1913 году Николай Оттович был удостоен звания полного адмирала. Он упорно и плодотворно трудился над разработкой плана действий Балтийского флота в войне и успешно руководил его осуществлением в начале Первой мировой. «Война решается боем, — объявлял он накануне войны с Германией в своем приказе по Балтийскому флоту 19 июля 1914 года. — Пусть каждый из вас напряжет все свои силы, духовные и телесные, приложит все свои знания, опыт и умение в день боя, чтобы наши снаряды и мины несли бы гибель и разрушение в неприятельские боевые строи и корабли».