Одной из дискуссионных стала проблема организации центральных органов управления флотом. Должен ли отечественный военный флот возглавляться особым центральным государственным учреждением на правах министерства или наркомата? Или им должно руководить подразделение единого министерства (наркомата) обороны? А если так, то насколько широкие полномочия должен иметь флотский руководящий орган в составе единого органа руководства вооруженными силами? В этот спор вмешивались представители сухопутной армии, отстаивавшие собственные теоретические взгляды на военную организацию и свои ведомственные интересы.
Возможностей для вмешательства в политику у флота всегда было объективно меньше, чем у армии, поскольку для вооруженного выступления внутри страны пригоднее сухопутные войска. Лишь во время короткого периода 1905–1921 гг. политическая роль флота оказывается заметной невооруженным глазом. Для этого было несколько причин, среди которых и расположение столицы в непосредственной близости от Кронштадта, главной базы Балтийского флота, и более высокая степень политической развитости матросов по сравнению с солдатами сухопутной армии.
Военная история выступает обычно как история боевых действий и военной техники. Рассказ о боях и сражениях, о деятельности полководцев, о творческом поиске конструкторов, как правило, весьма увлекателен. Не только любитель военной истории, но и специалист, который может свободно рассуждать о действиях войск, тактико-технических характеристиках кораблей, танков или самолетов, скорее всего задумается, если его спросят об устройстве штабных служб и учреждений военной администрации. Не подлежит сомнению, что основы победы или поражения в войне закладываются во время мира, под повседневным руководством тех учреждений, о которых так мало знают и редко вспоминают. В то же время явно недостаточно внимания уделяется изучению устройства и функционирования структур, осуществлявших управление войсками и флотами как в мирное, так и в военное время. Руководящие органы вооруженных сил оказывают воздействие на высшее руководство страны, явно или скрыто подталкивая его к проведению определенной внешней или внутренней политики. Борьба за власть и влияние различных политических группировок и отдельных лидеров также отражается на структуре органов, руководящих вооруженными силами. Это обстоятельство делает особенно важным рассмотрение особенностей высших органов военного и военно-морского управления в различные эпохи.
Положение военных учреждений среди других властных структур зависит от многих обстоятельств, таких как геополитические факторы, характер господствующего политического режима, национальные традиции и т. п. Особенно интересно рассмотреть вопрос о политической роли флота в период революционного перехода от одного социально-политического строя к другому. Здесь встает вопрос о применимости единых подходов к государственному аппарату различных по своему социально-политическому строю стран. Где проходит граница между общими принципами строительства госаппарата, характерными для любой эпохи, для любого строя, и особенными чертами, присущими только определенному общественному строю? Российская империя и Советская Россия были основаны на противоположных классовых принципах, проводили совершенно разную социальную политику, в то же время геополитическое положение страны оставалось неизменным.
Первые два десятилетия ХХ в. принесли на флот массу технических новшеств, которые, в свою очередь, радикально изменили военно-морскую организацию, тактику, а отчасти и стратегию. Военно-морское дело избавилось от пережитков парусной эпохи и шагнуло далеко вперед. Именно в первые годы ХХ в. радиосвязь превратилась из почти циркового фокуса в реально действующее техническое средство. Раньше руководство боевыми действиями было возможно только с мостика флагманского корабля, теперь же информация могла передаваться по радио на сотни и тысячи миль. Развитие артиллерии привело к созданию приборов управления огнем, которые делали возможной согласованную стрельбу нескольких линейных кораблей, идущих в одном строю. Развитие техники и тактики торпедной стрельбы привело к созданию многотрубного торпедного аппарата и разработке принципов стрельбы по площадям, что потребовало согласованных действий нескольких однотипных эсминцев в составе дивизиона. Русско-японская война показала, что морской бой на том этапе развития техники принимает форму управляемого сражения стройно организованных эскадр, а не беспорядочной «свалки» одиночных кораблей, как думали многие еще в 90-е гг. XIX в. Подводные лодки, самолеты и дирижабли показали себя в годы Первой мировой войны настолько эффективным оружием, что начали даже поговаривать о моральном устаревании крупных надводных кораблей типа линкоров или крейсеров.