С утра 16 апреля французские линейные корабли «Жан Бар», «Франс» и «Вернио», с целью задержать продвижение к городу красных частей и, может быть, больше для психического воздействия, начали обстрел Корабельной стороны, района Английского кладбища, Малахова кургана, и снаряды частично падали в пригородных кварталах. Систематический обстрел продолжался и ночью и был остановлен в 10 часов следующего утра, когда прибыли парламентеры, уполномоченные командованием 2-й украинской Красной армии. Адмирал Амет, который, надо отметить, как старший на рейде, действовал от имени всех союзников, заявил: 1) к 30 апреля союзные войска будут эвакуированы из города; 2) подводные лодки, которые находятся в порту, будут потоплены; 3) все миноносцы и боевые корабли будут приведены в негодность путем взрывов цилиндров машин.
Желая спасти корабли, начальник советской делегации спросил, нельзя ли этого избежать, если украинское советское правительство даст гарантию, что корабли не будут употреблены для действий против союзников. На это предложение адмирал ответил, что советское правительство никем не признано и никаких обещаний и гарантий от него он не примет. В конечном результате было заключено перемирие. Вместе с тем на французских кораблях произошли революционные выступления матросов, и 20-го в городе была большая манифестация французских солдат и матросов, к которой присоединились и гражданские лица.
Приведение в негодность кораблей взяли на себя англичане с линейного корабля «Емперор оф Индия». Уже за два дня до ухода «Кагула», по распоряжению союзного командования, буксиры вывели с базы 12 подводных лодок, на которых не было команд, и поставили на одну бочку в Северной бухте. В окружении адмирала Саблина предполагали, что это было сделано во избежание захвата лодок красными, в случае их внезапного вторжения в город, и для облегчения дальнейшего увода лодок союзными судами. Но если бы Саблин знал, что готовят англо-французы, он, безусловно, принял бы меры для спасения хотя бы новых лодок. 26 апреля подводные лодки «Орлан», «Гагара», «Кит», «Кашалот», «Нарвал», «АГ-21», «Краб», «Скат», «Судак», «Лосось» и «Налим» были выведены на внешний рейд и потоплены подрывными патронами на большой глубине, тогда как приписанный к порту в 1917 году «Карп» был затоплен в Северной бухте.
Подрывные команды английских матросов взорвали крышки цилиндров высокого давления и иногда упорные подшипники на шести старых линейных кораблях, крейсере «Память Меркурия», эскадренных миноносцах «Быстрый», «Жуткий», «Заветный» и даже на старых номерных миноносцах и служившем казармой транспорте «Березань». Лишь штабной корабль «Георгий Победоносец» почему-то избежал этой участи.
Французы занялись приведением в негодность орудий береговых батарей и разгромили базу гидроавиации, уничтожив все самолеты. Оставшиеся в их распоряжении десять летчиков с капитаном 2-го ранга Крыгиным303 во главе, которые по заданию французского начальника войск вылетали на разведки, получили разрешение погрузиться на транспорт «Почин», на котором был поднят греческий флаг, ушедший в Пирей с беженцами-греками. Французы грузили на транспорты войска и их материальную часть, но, кроме того, брали что им нравилось из складов порта. Поставленный ранее в Северной бухте крейсер-яхта «Алмаз» был ими уведен в Константинополь. В это время пришел из Новороссийска пароход «Святой Николай», которому адмирал Саблин поручил попытаться взять в Севастополе снаряды, но адмирал Амет запретил ему что-либо грузить и на время пребывания парохода в Севастополе приказал спустить русский флаг.
Наконец «Мирабо» смог выйти из дока и на буксире линейного корабля «Жюстис» ушел в Константинополь, оставив по недостатку времени снятые с него тяжести. Уже при генерале Врангеле, когда всеми способами стремились получить валюту для покупки за границей угля, более тысячи тонн его броневых плит были погружены на пароход и проданы в Италии.
28 апреля была закончена эвакуация французских войск, и во второй половине следующего дня красные войска торжественно вступили в город, но «Жан Бар», последний из французских кораблей, вышел из бухты лишь 1 мая.
Пришедшие на буксире в Новороссийск корабли требовали серьезного ремонта. За время беспрерывных походов во время войны и более чем года стоянки в Севастополе без присмотра механизмы и главным образом котлы пришли в плачевное состояние. Все было покрыто ржавчиной и грязью, вся утварь, инструмент, весла и паруса со шлюпок, сигнальные флаги и даже мелкое электрическое оборудование было растащено, а обивка мебели срезана. Но Новороссийск, хотя и большой коммерческий порт, не имел ремонтных мастерских, и лишь в конце 1917 года в Новороссийск было эвакуировано отделение Ревельского судостроительного завода, но у него почти не было необходимых материалов и квалифицированных рабочих. Дока в Новороссийске не было, и лишь в июне, после занятия Мариуполя добровольцами, буксир «Черномор» привел оттуда секцию плавучего дока, которая могла поднять суда до подводных лодок включительно, но была мала для нефтяных миноносцев. Самое незначительное количество запасов флота, к тому же погруженных без всякой системы, удалось вывезти из Севастополя. По этим причинам ремонт кораблей должен был производиться своими, вначале малочисленными и неопытными командами и офицерами инженерами-механиками. Постепенно удалось пополнить команды, главным образом за счет охотников флота, в большинстве учащихся из приморских городов, а также кубанских казаков. Специалистов матросов старого флота почти не было, за исключением эскадренного миноносца «Поспешный», на который старался их привлечь командир миноносца капитан 2-го ранга Н.Р. Гутан. Новобранцев надо было обучать всем премудростям морской службы, что было сравнительно нетрудно сделать с интеллигентно развитыми охотниками флота. На транспорте «Рион» были организованы школы сигнальщиков и радиотелеграфистов, а на большой барже № 69 образован флотский экипаж. Большинство бывших на кораблях сухопутных офицеров было списано. Затопленное в порту посыльное судно «Летчик» (бывший № 256) было поднято и затем поставлено в док.