Кроме кораблей, непосредственно подчиненных генералу Деникину, Донское правительство создало под начальством контр-адмирала И.А. Кононова свое морское управление, образовавшее флотилию, состоявшую из речного отряда (контр-адмирал С.С. Фабрицкий), Азовского отряда (капитан 1-го ранга В.И. Собецкий) и морских железнодорожных батарей. Пользуясь хорошими отношениями атамана Краснова с немцами, орудия для вооружения некоторых судов и железнодорожных батарей были сняты с находившихся в Севастополе броненосцев. Корабли подняли донской сине-красно-желтый флаг. Образованный 1 марта 1919 года в Таганроге Азовский отряд состоял из флагманского судна «Пернач» (бывшая яхта «Колхида»), двух канонерских лодок типа «Эльпидифор» «К-10» («Ваня») и «К-12» («Амалия»), вооруженного буксира «Атаман Каледин» (бывший «Горгиния»), «Ледокола донских гирл» и трех вооруженных одним 6″ орудием барж-«болиндеров».
В мае 1919 года, после объединения генералом Деникиным Верховного командования Вооруженных сил Юга России, корабли Донской флотилии вошли в состав Черноморского флота, подняли Андреевские флаги и «Колхиде» вернулось ее старое название.
В первой половине февраля 1919 года грузины, желая воспользоваться слабостью Добровольческой армии и расширить свою территорию, начали военные действия и потеснили находившийся у Адлера отряд генерала Черепова305, но после нескольких дней боев положение было восстановлено.
В середине апреля они возобновили свою попытку более крупными силами и принудили державший фронт 1-й Кавказский офицерский полк отойти за Адлер. 21 апреля из Новороссийска вышел транспорт «Шилка», имея на борту хорошо вооруженный офицерский отряд в 80 человек. Этот отряд состоял ранее в охране ялтинских дворцов, где находились Императрица Мария Федоровна и другие члены Императорской фамилии, которые были эвакуированы английским дредноутом. С помощью прибывшего отряда грузины были снова отброшены за Адлер и в конечном результате граница была установлена по реке Псоу, но для избежания инцидентов между пограничными постами была образована нейтральная зона.
21 апреля, для упрочения положения на Кавказе, из Новороссийска вышел миноносец «Живой», под командой капитана 2-го ранга А.Д. Кисловского. Молодые, неопытные и непривычные к физическому труду кочегары из добровольцев быстро устали, миноносец шел малым ходом с остановками, и в помощь кочегарам были посланы люди с верхней палубы и все офицеры. На следующее утро «Живой» зашел в Туапсе, где в течение двух дней занимался переборкой некоторых механизмов, после чего миноносец посетил Сочи и Адлер и 15 мая вернулся в Новороссийск.
Все снабжение войск у Адлера и других мелких отрядов, боровшихся с зелеными на побережье, шло через Туапсе, откуда развозилось на места нанимаемыми моторно-парусными шхунами, которые попутно брали пассажиров. Позднее для этой цели был назначен небольшой транспорт «Осторожный» и для использования железнодорожных мастерских Туапсе туда были переведены четыре бронекатера с их базой «Ингул», которые в июле были отправлены по железной дороге в Царицын и вошли в состав Волжской флотилии под командой капитана 1-го ранга Заева.
Батум в это время был оккупирован англичанами, которые через него держали связь с их силами на Каспийском море. Находившийся в Батуме военный представитель Добровольческой армии получил от англичан разрешение на вывоз боеприпасов из оставшихся складов Кавказской армии. Для этой цели в конце мая был послан транспорт «Ризе» и для его защиты от нападения грузинских быстроходных катеров, которых у них было три, и ввиду сообщения англичан о замеченной их миноносцем большевистской подводной лодке, в качестве конвоира была придана подводная лодка «Тюлень». Но сообщение англичан было ложным, и «Ризе» благополучно доставил в Новороссийск столь нужные Добровольческой армии снаряды.