Поэтому нет ничего удивительного, что церковь очень активно реагировала на распространение аристотелевской доктрины, применяя против ученых и научных центров, где она стала распространяться, определенные запреты и ограничения организационного характера. Уже в 1209 г. провинциальный синод французских епископов в Париже накладывает запрет на изучение трудов Аристотеля. Этот запрет понимается очень широко, он касается как приватного чтения, так и публичной пропаганды естественнонаучной доктрины перипатетиков. Едва лишь минуло шесть лет, как в 1215 г. появляется второй запрет аналогичного содержания, распространяющийся также на Парижский университет, в стенах которого начали преподавать аристотелизм. В отличие от предыдущего этот запрет касался также, вернее, даже главным образом основного произведения Стагирита — «Метафизики», содержание которого в данном случае рассматривалось в естественнонаучном аспекте. Этот акт преследовал цель оказать сдерживающее влияние на интерес к науке у светского духовенства. 1231 год с этой точки зрения представляет определенное novum. Римская курия, отдавая себе отчет в том, что, несмотря на предыдущее двукратное порицание, интерес к Аристотелю не уменьшается, а возрастает, повторяет запрет, одновременно допуская возможность изучения трудов Аристотеля при условии, что они будут подвергнуты исследованию и очищены от всякого намека на ошибки, т. е. лишены всех материалистических элементов. Эти запреты, хотя и не сдержали подлинного интереса к аристотелизму, все же в определенной степени ограничили и приглушили официальную и открытую пропаганду его принципов.
Однако церковь прекрасно понимала, что одни лишь административные методы не принесут желаемых результатов. Поэтому, не отказываясь от запретов, она, если можно так выразиться, теоретически подготавливается к новому доктринальному наступлению, собирая и сосредоточивая в своих руках науку того периода, поспешно актуализируя августинизм, готовя людей, способных использовать и приспособить философское наследие Стагирита для догматических целей религии. Безуспешность административных мер привела к тому, что появилась необходимость довольно радикально изменить стратегию, применявшуюся до сих пор церковью в борьбе с распространяющейся материалистической интерпретацией перипатетической доктрины. Эта новая стратегия основывалась уже не на запрещении читать естественнонаучные произведения Стагирита, не на осуждении его философии; она основывалась на усвоении этой философии, ее приспособлении к потребностям церкви, ее восприятии в духе теологии. Таким образом, речь шла о полном очищении аристотелизма от материалистических элементов, об интерпретации перипатетизма в христианском духе, о подчинении науки — теологии, о доказательстве на основе аристотелевской логики, физики и метафизики того, что наука и вера не противоположны, не противоречат друг другу.
С целью ревизии и исправления трудов Стагирита как главной основы зарождавшихся тогда духовных течений, направленных против христианской ортодоксии, Григорий IX создает специальную папскую комиссию, в состав которой на правах членов и организаторов вошли Симон Отийский, Стефан Прованский и Вильгельм Оксерский в качестве ее руководителя.
Комиссия функционировала с апреля 1231 по 1237 г. Несмотря на семилетнюю деятельность, она не оправдала возлагавшихся на нее надежд. Представляется, что ее неудача была обусловлена идеологическими и методологическими причинами. Лица, назначенные в комиссию, начали работу по истолковыванию аристотелизма, так сказать, с конца, т. е. с логики и этики, в то время как папство прежде всего стремилось притупить антицерковиую направленность естественнонаучной доктрины Стагирита, которая все в большей мере становилась стимулом и философской основой новых интеллектуальных течений. Интерес к естественнонаучным проблемам имел прежде всего идеологическую подоплеку, в то время как сам руководитель комиссии Вильгельм Оксерский, находясь, впрочем, под влиянием Алануса из Лилля, видел свою задачу в том, чтобы дополнить теологию новыми, натуралистическими понятиями, а также согласовать правила логического мышления с принципами мышления теологического. Это шло вразрез с главной целью теологии, а именно с необходимостью трактовки в духе христианства перипатетической доктрины, которая имела явно антицерковную направленность, особенно в толковании Аверроэса и в интерпретации Давида Динантского. Итак, комиссия не справилась с доверенным ей делом, и поэтому папство сочло дальнейшее ее существование бесцельным. Так в 1237 г., после семилетней деятельности, она прекратила свое существование. История комиссии убедила римскую курию, что светское духовенство не в состоянии справиться с вышеуказанной задачей. В этой ситуации задачу приспособления аристотелизма к потребностям церкви было решено доверить ученым из ордена доминиканцев.