Против методов Егора Кузьмича возражал и глава российского правительства Виталий Воротников. Но несмотря ни на что, Лигачев рассматривал отчеты Совета министров РСФСР и республиканских министерств.
Воротников вспоминает: «Попикировались мы с Егором Кузьмичом достаточно… Это, собственно, было начало активизации деятельности Лигачева. Он стал напористо «пробиваться» вперед, используя «повышение роли секретариата». В чем затем перестарался. Это принесло ему немало проблем и конфликтов, в том числе с Рыжковым».
Лигачев был предан Горбачеву, но не человеку, а должности. Он искренне, а не из-под палки служил генеральному секретарю, но только до той поры, пока считал, что Горбачев ведет правильную линию.
Егор Кузьмич, по-видимому, так распределил обязанности между собой и Горбачевым. Генеральный секретарь разрабатывает общую стратегию, представительствует, занимается глобальной политикой, международными делами, идеологией, а он, Лигачев, ведет все текущие дела. И в частности, расставляет кадры и контролирует их работу.
Лигачев подбирал Горбачеву новую команду, понемногу убирая стариков, сидевших в секретарских креслах десятками лет. Он вызывал к себе на разговор первых секретарей обкомов, министров, а выходили они из его кабинета персональными пенсионерами союзного значения.
Первые секретари при Брежневе привыкли к почти полной самостоятельности. Ни генеральный секретарь, ни его помощники глубоко в областные дела не залезали. Если первый секретарь не допускал никаких скандалов и провалов, он мог годами оставаться полным хозяином у себя в области. Лигачев нарушил эту практику, он передвигал первых секретарей, которые стали сильно от него зависеть.
Лигачев, придя в ЦК, принял решение не брать на работу в аппарат людей, которые прежде не были на освобожденной партийной работе. Специалистам путь в ЦК был закрыт. Зато в аппарат хлынули профессиональные партийные секретари, целиком обязанные переводом в Москву Лигачеву.
Опытный аппаратчик, Лигачев хорошо овладел всеми механизмами власти, знал, как быстро провести нужное решение, добившись у генерального резолюции «Разослать по политбюро, подготовить проект постановления».
И он в полной мере использовал роль человека, который каждую неделю вел заседания секретариата ЦК. Он прибрал к рукам так много власти, что уже пытался руководить другими членами политбюро, проверял их работу, заставлял их перед ним отчитываться, безапелляционным тоном делал им замечания и щедро раздавал указания. Егор Кузьмич никогда не сомневался в своей правоте. Больше всех его проверки и накачки раздражали главу правительства Николая Рыжкова.
При Хрущеве секретариат по очереди вели «старшие» секретари — то есть возведенные в ранг членов политбюро.
Брежнев, отвергнув поползновения Николая Подгорного получить формальный ранг второго секретаря, поручал вести секретариаты двоим — Суслову и Кириленко, Суслову и Черненко, Черненко и Андропову.
Брежнев боялся усиления второго секретаря, поскольку человек, ведущий секретариаты и располагающий сиреневой печатью ЦК КПСС номер 2, становился важнейшей фигурой для работников центрального аппарата и местных партийных секретарей: он назначал и снимал их, отправлял в заграничные командировки и на учебу, то есть он сажал «уездных князей» на «кормление». Завися от благорасположения второго человека, партсекретари старались демонстрировать ему лояльность.
Горбачев вначале передал Лигачеву все полномочия второго секретаря, поручая ему делать то, чем не хотел заниматься сам: проводить кадровую чистку, закручивать гайки, осуществлять повседневный контроль. Потом забеспокоился, видя, что власти у Егора Кузьмича слишком много.
Сам Лигачев вспоминает: «В приемной моего кабинета с утра до вечера были люди… Не обходили меня и первые секретари обкомов, крайкомов партии. Приезжая в Москву, они обязательно поднимались в кабинет номер 2, и я их принимал в любое время… Кто-то, видимо, принялся, внушать Горбачеву мысль о том, что Лигачев слишком много берет на себя, что он «обрастает» слишком сильными связями в партии, среди членов ЦК. В печати стали поговаривать о «заговоре» Лигачева в ЦК».
И действительно: всякий раз, когда генеральный секретарь уезжал из Москвы — по делам или в отпуск, начинались разговоры о заговоре со стороны Лигачева.
Заговора как такового, конечно, не было, но Лигачев, оставшись на хозяйстве, вел себя решительно и напористо, пытаясь командовать всей страной и навязывая всем свое мнение, которое постепенно стало расходиться с позицией Горбачева.