И.И. Вацетис решил пожаловаться на действия Л.Д. Троцкого в Москву, называя их вредными для дела революции. Л.Д. Троцкий в свою очередь обвинял И.И. Вацетиса во всевозможных грехах и неспособности руководить вверенными ему войсками. Началась обычная в то время служебная перепалка, в которой каждый старался доказать свою правоту и обвинить в некомпетентности другого.
В этом споре В.И. Ленин встал на сторону кадрового военного И.И. Вацетиса. На Восточный фронт были направлены резервы, оружие, боеприпасы, продовольствие. В районе Казани была образована 5-я армия, командующим которой стал бывший полковник латышской дивизии П.А. Славен.
В корне менялся и сам образ действий войск. По приказу И.И. Вацетиса все они были выгружены из эшелонов и переведены в казармы. За счет мобилизации местных людских и, прежде всего, офицерских ресурсов началось формирование однородных частей и соединений, между которыми равномерно распределялось все имевшееся тяжелое вооружение.
Параллельно началась организация войскового тыла. Эшелонный период Гражданской войны подошел к концу, но партизанщина в Красной армии сохранилась еще надолго.
У большевиков остался один выход — на происки контрреволюционных террористов ответить массовым и всеохватывающим красным террором. Пусть каждый недруг Советской власти боится не только за свою жизнь, но и за жизнь родных, близких и даже знакомых ему людей.
Газета «Правда» от 5 сентября 1918 годаВсе члены партии привлекаются в отряды особого назначения, поголовно обучаются владению оружием. Кроме того необходимо обучение владению квалифицированными родами оружия (броневое дело, пулеметы, аэропланы и т. д.), а также усвоение начал военной науки.
Из резолюции VIII Всероссийской конференции РКП (б)от 4 декабря 1919 годаВ начале июля 1918 года М.В. Фрунзе участвовал в работе V Всероссийского Съезда Советов, проходившего в Москве. В числе других съезд принимает решение о переходе от добровольческого принципа комплектования Красной армии к всеобщей мобилизации, о введении обязательного военного обучения для всех рабочих. Опыт М.В. Фрунзе в том деле оказался передовым и был востребован.
Положение Советской Республики осложнялось тем, что весной 1918 года в России разразился тяжелый продовольственный и хозяйственный кризис. Население городов голодало. Из-за отсутствия сырья, топлива и значительной части инженерно- технического состава промышленные предприятия закрывались. Не хватало продовольствия для армии. В этих условиях ВЦИК Совнаркома издали директиву о продовольственной диктатуре. «На насилие владельцев хлеба над голодающей беднотой ответить насилием над владельцами хлеба», — призвали большевики.
В соответствии с решением советского правительства весь хлеб в стране должен был быть взят на учет, и, за исключением прожиточного минимума, сдаваться в закрома государства, которое намеревалось распределить его среди наиболее нуждающихся. По селам пошли продовольственные отряды, которые бесцеремонно врывались в крестьянские дома, забирали все продукты, а попутно и многое другое, зачастую не оставляя хозяину даже семенного фонда. Сопротивляющихся немедленно арестовывали, объявляли врагами революции и угоняли в концлагеря. Их имущество конфисковывалось, семьи обрекались на голодную смерть.
Безусловно, данная политика не могла приветствоваться большинством сельского населения, основу которого составляли мелкие личные хозяйства. Отнять у крестьянина что-либо — означало обидеть его надолго и всерьез. Это сразу же использовали силы, враждебные советской власти. Впереди продовольственных отрядов ползли слухи о чинимых ими бесчинствах, разорение очередного хозяйства и арест каждого нового крестьянина немедленно обрастал клубком легенд. В разных районах страны начались антисоветские восстания.
Особенно опасным врагом советской власти стал террорист- революционер с большим стажем Борис Савенков, которому удалось сплотить под своими знаменами значительные силы людей, недовольных советской властью. И хотя большевикам удалось подавить ряд контрреволюционных точек и разгромить их главный штаб в Москве, сам Савенков оставался на свободе.