Тогда же был издан приказ об образовании фронтов. Были образованы: Северный фронт (командующий Дмитрий Павлович Парский), штаб которого размещался в Ярославле; Восточный фронт (командующий Владимир Николаевич Егорьев), штаб которого размещался в Арзамасе; Южный фронт (командующий Павел Павлович Сытин), штаб которого размещался в городе Козлове, и Западный район обороны (командующий Андрей Евгеньевич Снесарев), штаб которого размещался в Москве.
В конце сентября 1918 года ЦК РСДРП(б) было разослано циркулярное письмо ко всем членам партии, в котором они ставились в известность о неудачах на Восточном и Южном фронтах. Одной из главных причин этого было отсутствие должной воинской дисциплины и порядка. В этом письме, подписанном Л.Д. Троцким, в частности, указывалось: «Нужно железной рукой заставить командный состав, высший и низший, выполнять боевые приказы ценой каких угодно средств. Не нужно останавливаться ни перед какими жертвами для достижения тех высоких задач, которые сейчас возложены на Красную армию… Красный террор сейчас обязательнее, чем где бы то ни было и когда бы то ни было…»
Последовали новые кадровые перестановки. И.И. Вацетиса на посту командующего войсками Восточного фронта сменил С.С. Каменев. Войска получили большие людские пополнения, оружие, боеприпасы, продовольствие.
После проведенных организационных мероприятий советские войска на Восточном фронте перешли в наступление. Были освобождены Казань, Симбирск, Хвалынск, Сызрань, Самара, Ижевск, Воткинск, Уфа, Оренбург. Ярославль постепенно из фронтового превращался в тыловой город.
В целом военно-административная деятельность М.В. Фрунзе на посту военного комиссара Ярославского военного округа советскими историками оценивается положительно. В самое трудное для страны время, после коренной ломки старой власти, он смог наладить работу новой власти на местах, начал организацию ведущих ее институтов и направлений деятельности. Все это, безусловно, положительно сказалось на общем устройстве страны.
В процессе своей работы Михаил Васильевич жестко проводил пробольшевистскую политику, насаждая ее требования на местах. Всякое сопротивление новой власти каралось немедленно и жестоко. Эта жестокость, с одной стороны, не позволяла очагам недовольства разрастаться в откровенные восстания, с другой — множила ряды противников советской власти. В такой обстановке большевикам приходилось буквально балансировать на грани нового народного восстания, и М.В. Фрунзе умело выполнял эту роль в одном из самых взрывоопасных регионов России.
18 ноября 1918 года Всероссийское Временное правительство распалось. Совет министров принял всю полноту власти и передал ее мне, адмиралу российского флота Александру Колчаку. Приняв крест этой власти в исключительно трудных условиях гражданской войны и полного расстройства государственной жизни, объявляю: я не пойду ни по пути реакции, ни по гибельному пути партийности.
Из обращения адмирала А.В. Колчака к населению России от 19 ноября 1918 годаК осени 1918 года обстановка в Сибири резко осложнилась. Это было связано с активизацией в этом регионе Белого движения и появлением его нового лидера в лице вице-адмирала А.В. Колчака, который 4 ноября в поезде английского генерала Альфреда Нокса, одетый в гражданское платье, прибыл в Омск и стал военным и морским министром так называемой Уфимской директории. До сих пор достоверно не известно, какие силы стояли за плечами адмирала, хотя о нем и написано немало книг. Полярный исследователь, прекрасный минный офицер (командир минной дивизии Балтийского флота), командующий Черноморским флотом, в начале июня 1917 года он был отстранен от должности Временным правительством и покинул мятежную Россию. Побывал в Англии и США, тесно пообщался с контрреволюционными кругами, осевшими в Харбине, и только после этого появился в Сибири. А.В. Колчаку было поручено объединить все контрреволюционные силы, действовавшие в то время
в Сибири, на Дальнем Востоке и в Маньчжурии, создать из них белогвардейскую армию и двинуть ее против Советской России.
Но сил для решения такой объемной и сложной задачи было явно недостаточно. В октябре 1918 года белочешские войска и части так называемой «народной армии», созданной Комучем, под ударами Красной армии покатились дальше на восток. Город за городом переходил в руки советских войск. 3 октября была освобождена Сызрань, 7 октября — Самара. В первой половине ноября части Красной армии вернули Ижевск и Воткинск. Успешно развивалось наступление на Уфу, Оренбург и Уральск.