Відповідно до іншої версії Трофімова звільнили саме за те, що він спробував розібратися в суті запиту Щекочихіна. Розповідають, що, прочитавши запит, Трофімов викликав до себе одного з замів і наказав йому підготувати папери на звільнення всіх згаданих в ньому співробітників. А в результаті звільнили самого Трофімова, скориставшись скандалом, викликаним арештом двох його підлеглих. Вони були арештовані МУРом і Головним управлінням з незаконного обігу наркотиків за торгівлю кокаїном. Трофімов був звільнений через два дні після того, як ЗМІ повідомили про затримку наркодільців зі службовими посвідченнями офіцерів московського УФСБ.
Варто підкреслити, що тема залучення конкретних співробітників (і ФСБ в цілому) у терористичну діяльність, що списується на чеченців, не піднімалася ні в запиті Щекочихіна, ні у відповідях офіційних осіб. На суді ніхто зі співробітників силових відомств, обвинувачених відповідно до заяви Колесникова в цілому більше ніж в десятьох вбивствах, знайдений винним не був. 31 січня 1997 року Лазовський і Харісов постали перед Тверським судом, що тривав лише три дні. Підсудних обвинуватили в збереженні зброї, наркотиків і підробці документів ФАПСИ і МО. Про теракти і замовлені вбивства ніхто з прокурорів і суддів не заїкнувся. Адвокати справедливо доводили, що підробки документів не було, тому що підсудні носили справжні документи співробітників спецслужб і силових відомств, — і пункт про підробку документів з обвинувачення довелося виключити. У кримінальній справі взагалі не було даних про використання підсудними фальшивок (що саме по собі стало вагомим аргументом на користь злиття структур Барсукова-Ковальова-Лазовського). Збереження і перевезення наркотиків також зникли з обвинувачення — інакше Лазовського і Харісова довелося б судити за наркотики, а це серйозна стаття.
Адвокат Лазовського Борис Кожемякін намагався відвести й обвинувачення в зберіганні зброї. Він стверджував, що в момент затримки Лазовський і Харісов знаходилися разом зі співробітником УФСБ Юмашкіним, з яким провели значну частину дня, що Лазовський і Харісов виконували завдання спецслужб, і саме для цього вони отримали зброю і «документи прикриття». Однак питання про співробітництво Лазовського і Харісова зі спецслужбами суддю Олену Сташину чомусь не зацікавив, а представники УФСБ з’явитися в суд відмовилися. В результаті підсудні все таки були визнані винними в незаконному збереженні зброї і засуджені безстороннім судом до двох років позбавлення волі і штрафу в 40 млн. карбованців кожний. Вислухавши вирок, Борис Кожемякін заявив, що розраховував на більш м’яке покарання.
Свій термін Лазовський відбував в одній із зон під Тулою разом з подільником-охоронцем Харісовим (що категорично забороняє інструкція). У зоні Лазовський вербував з числа кримінальників у свою групу нових бойовиків, штудіював Біблію і навіть написав трактат про благоустрій Росії. У лютому 1998 року він вийшов, тому що йому зарахували час, проведений під слідством.
Тим часом до літа 1996 року Росією була програна війна в Чечні. Військові дії потрібно було припиняти, а з чеченськими сепаратистами вести політичні переговори. На силу розв’язаний спецслужбами міжнаціональний конфлікт на Північному Кавказі погрожував завершитися мирною угодою. Щоб зірвати мирні переговори, ФСБ провела в Москві серію терактів. Оскільки вибухи без жертв на москвичів належного враження не справили, ФСБ приступила до терактів з жертвами. Звернемо ще раз увагу на те, наскільки вчасно проводяться теракти прихильниками війни і наскільки невигідні вони прихильникам миру в Росії і самим чеченцям.
11 червня 1996 року о десятій годині вечора на Серпуховській лінії московського метро, станція «Тульська», прогримів вибух у напівпорожньому вагоні потяга. Четверо загинули, дванадцять чоловік були госпіталізовані. 11 липня, рівно через місяць, відбувається теракт у тролейбусі 12-го маршруту на Пушкінській площі: шестеро поранених. Наступного дня, 12 липня вибухом знищується тролейбус 48-го маршруту на проспекті Світу. Двадцять вісім чоловік поранені. По Москві завзято поширюється інформація про «чеченський слід» терактів (хоча терористів не піймали і, відповідно, не визначили, чеченці вони чи ні). Мер міста Юрій Лужков прямо на місці вибуху останнього тролейбуса, до проведення попереднього розслідування оголосив, що виселить з Москви всю чеченську діаспору, хоча у мера не було ніяких доказів.
Однак друга хвиля терору, як і перша, не призвела до різких змін суспільної думки. На початку серпня 1996 року бойовики з боями прорвалися в Грозний, а наприкінці серпня секретарем СБ А. Лебедем і новим президентом Чечні Асланом Масхадовим були підписані Хасавюртівські угоди. Прихильники війни в Чечні програли. Терористичні акти в Москві припинилися — до початку нової операції ФСБ по розпаленню чергової чеченської війни.