Численні реорганізації не слід вважати випадковими. Переформовуючи різні «департаменти» та «управління», ФСБ банально ховала сліди. Розібратися в тому, хто за що відповідальний, хто чим керує, хто віддає накази і хто в чиєму підпорядкуванні, — при такій частоті перетворень сторонній людині було неможливо. Спеціально створювалися складні та плутані назви, схожі одна на одну. Все це робилося ще й для того, аби збити зі сліду журналістів. А насправді всі люди залишалися на своїх місцях, і офіцери держбезпеки як сиділи в своїх кабінетах на 7-му та 9-му поверхах Великої Луб’янки, 1, де ще за часів Сталіна працював Судоплатов, так і сидять. Нічого не змінилося. Новий департамент очолив віце-адмірал Герман Олексійович Угрюмов, що помер у своєму робочому кабінеті в Чечні, в Ханкалі, 31 травня 2001 року. Відразу по його смерті з’явилася інформація про те, що Угрюмов наклав на себе руки. Повідомлялося, що о 13.00 до кабінету Угрюмова увійшов чоловік у цивільному. Він залишив кабінет за півгодини, а ще за 15-20 хвилин віце-адмірал застрелився.
Якщо колишнім співробітникам 5-го Управління КДБ була доручена боротьба з тероризмом та захист конституційного ладу демократичної Росії, можна бути впевненим у тому, що Управління «К» нічим, окрім організації терактів та боротьби з демократією, не займалося. Як сказав свого часу Собчак, ідеться про людей, для яких слова «законність» та «демократія» не мають сенсу. «Для них існують лише накази, а закони й права є для них перешкодою». Чи означає це, що, крім таємного відділу «К-20», про який згадує майор Кондратьєв, існували ще принаймні 19 спецгруп?
Дивно, але самі чекісти вважали теракти роботою ФСБ. Журналіст «Московської правди» Ерік Котляр у статті 10 лютого 2000 року розповів про один епізод:
«Торік восени мені довелося зустрітися з працівником суперсекретної служби. […] І ось що він розповів: “Того вечора я приїхав пізно. Вдома нікого не було. Дочка, дружина й теща на дачі. Щойно розбив яєчню на сковорідку, як за вікном пролунав гучний вибух. Склопакети просто влетіли в кімнати з хмарами кіптяви й пилюки! Вибіг на сходи, там сусіди в паніці. Чомусь викликають ліфт. Я їм кричу: «Спускайтеся сходами, ліфт може зірватися!» […] Вибіг надвір, а від середини будинку навпроти майже нічого не залишилося! […] Наступного дня де в чому розібрався й твердо вирішив: сім’ю вивезу з Росії, жити тут небезпечно, а дочка у мене одна!”
— Але ж це чеченці влаштували вибухи в Москві…
— Які там в … чеченці, — рубнув він рукою».
Котляр дійшов висновку, що його приятель щось знає. Вже 10 вересня губернатор Алтайського краю Олександр Суриков заявив, що «вибухи в Москві пов’язані з відголосками з Дагестану», але що люди, зацікавлені в терактах, перебувають у Росії та в Москві. Суриков запропонував зібрати позачергове засідання Ради Федерації для обговорення питання про запровадження в країні надзвичайного стану. У ніч на 13 вересня газета «Московский комсомолец» підготувала до друку статтю під назвою «Таємна версія вибуху», де було зроблено спробу проаналізувати те, що сталося: «Безпосередньо в підготовці теракту чеченські бойовики участі не брали. Судячи з картини вибуху, бомбу закладали фахівці, що пройшли підготовку в російських секретних відомствах. Справа в тому, що всі попередні теракти, котрі, як заведено думати, мають, чеченський слід, здійснювалися за одним і тим самим сценарієм: поблизу будинку вибухав автомобіль з начинкою. Така машина зазвичай паркується перед гаданим об’єктом вибуху всього за кілька годин. Детонатор обладнується годинниковим механізмом. Навіть у разі виявлення пересувної міни в розміновувачів залишаються лічені хвилини, щоб її знешкодити (як це сталося минулої неділі біля будинку військового госпіталю в Буйнакську). […] Така любов до замінованих машин пояснюється дуже просто. Вибухівка сьогодні досить дорога, а терористи за кожен кілограм тротилу чи іншої речовини платять готівкою. І мінування об’єкта хоча б за добу до “години ікс” загрожує провалом — занадто великий ризик того, що бомбу виявлять. […] А картина вибуху на вулиці Гур’янова дозволяє припустити, що його готували люди, які не звикли заощаджувати, — тобто працівники спецслужб. […] Експерти встановили, що основний заряд у будинку на Гур’янова закладено в орендованому приміщенні — магазині на 1-му поверсі. Причому вибухівка потрапила туди задовго до вибуху. Очевидно, злочинці не зважали на витрати — в разі виявлення вибухівки аналогічну акцію просто перенесли б до іншого району столиці. Така тактика подібна до використання конспіративних квартир, що їх так полюбляють спецслужби всього світу. В разі провалу однієї з них операція відбувається в іншому районі. Фахівці, здатні здійснити такий теракт, за часів СРСР служили як у КДБ, так і в 2-му Головному управлінні генштабу (більш відомому як ГРУ)».