Тим часом у Москві після вибуху двох житлових будинків далі тривала перевірка житлового фонду. За одну добу столична міліція перевірила 26561 квартиру. Особливої уваги було надано нежитловим приміщенням на перших поверхах будинків, підвалам та напівпідвалам, тобто місцям, які часто використовують під склади. Таких приміщень перевірили 7908. Перевірялися також громадські заклади — 180 готелів, 415 гуртожитків, 548 місць розваг (казино, барів, кафе). Ця робота проводилася в рамках пошуку підозрюваних у причетності до терактів у Москві. У перевірці взяли участь 14,5 тисяч працівників ГУВС та 9,5 тисяч військовослужбовців внутрішніх військ, у тому числі окремої дивізії оперативного призначення (колишня дивізія імені Ф.Е. Дзержинського). Працівники МВС та ГУВС працювали без вихідних по дванадцять годин на добу.
Були знайдені приміщення, заміновані терористами. За офіційною версією слідства (яка, можливо, взагалі не має нічого спільного з дійсністю), їх орендував Ачимез (Мухіт) Шагабанович Гочіяєв (Лайпанов). Справжній Лайпанов народився в Карачаєво-Черкеській республіці (КЧР) і загинув у лютому 1999 року в автомобільній катастрофі в Краснодарському краї. Документи загиблого Лайпанова стали «документами прикриття» справжнього терориста. «Така практика є звичайною схемою легалізації агентів усіх спецслужб світу. Це класика, описана в усіх підручниках. Так, ніби загиблій людині дарують нове життя», — коментував це колишній працівник ГРУ, який усе життя займався розгортанням агентурної мережі за кордоном.
Ще в липні 1999 року Гочіяєв-Лайпанов звернувся до одного з московських агентств з оренди нерухомості, розташованого на вулиці Біговій, і отримав там інформацію про 41 приміщення. 38 приміщень після першого вибуху були перевірені слідчими на наявність там вибухівки.
Встановлений був і молодий напарник «Лайпанова». За твердженням ФСБ, ним був вимушений переселенець з Узбекистану, колишній послушник медресе «Йолдиз» у Татарстані, в Набережних Челнах, росіянин по матері та башкир по батьку, 21-річний Денис Сайтаков. ФСБ вважала, що саме він під час підготовки теракту зняв разом із «Лайпановим» номер у готелі «Алтай» та активно обдзвонював фірми, які здають в оренду вантажівки. І хоча КДБ Татарстану наступного ж дня після теракту на вимогу Москви почав розшукувати підозрюваного, татарстанський КДБ не мав упевненості, що Сайтаков причетний до вибухів. Принаймні заступник голови КДБ Татарстану Ільгіз Мінуллін підкреслив: «Ніхто не може оголошувати Сайтакова терористом, доки його провину не доведено. […] На сьогодні органи безпеки фактів, що вказують на причетність до терористичних актів у Москві […] учнів медресе “Йолдиз”, не мають». КДБ Набережних Челнів теж видав заяву, в якій вказував, що звинувачення жителів Татарстану в сприянні терористам не має підстав і що інформації про причетність жителів республіки до вибухів татарстанський КДБ не має.
Терористи, які готували вересневі вибухи, пішли шляхом найменшого опору. Спочатку вони за «документами прикриття» орендували кілька підвальних та напівпідвальних приміщень, у тому числі на вулиці Гур’янова та на Каширському шосе. Потім завезли туди вибухівку, обклавши ящики з гексогеном харчовими продуктами (мiшками з цукром та чаєм) і упаковками з сантехнікою (так було на вулиці Гур’янова). Об’єкти диверсій було обрано ідеально. Ймовірність зустрічі з міліцією біля будинків у нереспектабельних «спальних» районах зазвичай була невисока, в під’їздах, як правило, не було консьєржок. Як вважав Старинов, «розташування цих будинків та обстановка навколо них» відповідала «двом найнеобхіднішим для терористів-підривників умовам — це вразливість та доступність». Терористи заклали стільки вибухівки, скільки було необхідно для повного зруйнування об’єктів. Диверсант Старинов припустив, що вибухи можна було здійснити силами трьох чоловік. Схоже, що терористи мали прекрасну підготовку, причому не лише диверсійну, а й розвідувальну: вміли уникати спостереження, жити під «легендою»… Навчитися всьому цьому неможливо навіть за рік, пройшовши курс підготовки в найкращому спеццентрі. Москвичі стали жертвою терористів-професіоналів. А такі на російській території працювали лише в системі ФСБ та ГРУ.
Петра Прохазкова, чеська журналістка, яка брала інтерв’ю в Хаттаба саме в дні вибухів, запам’ятала приголомшливу реакцію Хаттаба на повідомлення про теракти в Москві. Він змінився на обличчі, і переляк цей був непідробний. Це був щирий переляк людини, яка зрозуміла, що тепер на неї спишуть усе. Хаттаб, як одностайно твердять люди, які його знають, не актор, він не зміг би зобразити подив і страх. Чеченцям було невигідно здійснювати теракти. Громадська думка була на їхньому боці. Громадська думка, як російська, так і міжнародна, була цінніша за дві-три сотні підірваних життів. Саме тому чеченці не могли стояти за терактами у вересні 1999 року. Ось що сказав із цього приводу міністр закордонних справ в уряді Аслана Масхадова Ільяс Ахмадов: