У якості вибухової речовини під час вересневих вибухів використовувався гексоген, який у Росії виробляли на закритих військових підприємствах. «Гексоген ретельно охороняється, а його використання ретельно контролюється», — підтвердили у вересні 1999 року на російському науково-виробничому підприємстві «Регіон», де працювали з гексогеном. Там були переконані, що “витік” гексогена з так званих номерних оборонних заводів практично неможливий.
Оскільки гексоген терористи використовували у великих кількостях, неважко було встановити, хто саме закупив чи отримав гексоген, тим більше фахівці завжди могли визначити, де саме виготовлена та чи інша партія. Вкрасти десятки тонн гексогена непомітно було неможливо. Тисячі тонн суміші ТГ (тротил-гексоген) зберігалися на військових складах та складах збройових заводів для наступного використання в боєголовках ракет, мінах і торпедах, снарядах. Але гексоген, добутий з готових боєприпасів, мав специфічний вигляд, і в великих кількостях добувати його важко й ризиковано. Наведемо кілька прикладів. 8 жовтня 1999 року одне з інформаційних агентств повідомило, що Головна військова прокуратура порушила справу проти ряду посадових осіб центрального апарату військ протиповітряної оборони (ППО). За повідомленням головного військового прокурора Ю.Дьоміна, використовуючи своє службове становище, шляхом підробки та фальсифікації звітних документів, протягом декількох років високопоставлені військові викрадали запасне майно для різноманітних зенітно-ракетних комплексів, яке потім реалізовували комерційним фірмам та приватним підприємцям. Лише за деякими епізодами злочинної діяльності цієї групи державі було завдано збитків на загальну суму понад два мільйони доларів. Можна легко уявити, які саме «комерційні структури та приватні підприємці» купували крадені запчастини для зенітно-ракетних комплексів. І цілком очевидно, що без участі ФСБ та ГРУ кілька років розкрадати засоби ППО було неможливо.
28 вересня 1999 року працівники Рязанського управління по боротьбі з організованою злочинністю (УБОЗ) заарештували начальника майстерні з ремонту автомобільної техніки складу авіаційних засобів ураження 35-річного прапорщика В’ячеслава Корнєва, який служив на військовому аеродромі в Дягілеві, де базувалися бомбардувальники. Під час затримання при ньому було виявлено 11 кг тротилу. Корнєв зізнався, що тротил викрадено з військового складу, і що група співробітників, до якої належав Корнєв, добувала його з фугасних бомб ФАБ-300, що зберігалися на складі під відкритим небом.
Того ж дня військовий суд Рязанського гарнізону оголосив вирок начальнику польового витратного складу Рязанського інституту ПДВ прапорщику А. Ашаріну, що вкрав понад три кілограми тротилу та намагався збути його за три тисячі доларів. Хоча відповідна стаття КК РФ передбачала покарання терміном від 3-х до 7-ми років, військовослужбовця оштрафували на 20 тисяч рублів.
Отже, красти тротил-гексоген дрібними порціями було складно. Вивозити великими — легко, але маючи на це відповідні дозволи, а отже — неодмінно залишаючи сліди. Ці сліди могли привести в ФСБ. Багато представників російського військово-промислового комплексу стверджували після вибухів, що така кількість вибухових речовин могла бути викрадена лише за участі високих посадовців. 15 вересня начальник Головного управління по боротьбі з організованою злочинністю (ГУБОЗ) МВС Володимир Козлов підтвердив, що при підриві будинку на вулиці Гур’янова використовувалася не піротехнічна суміш кустарного виробництва, а промислова вибухівка.
Щоб збити зі сліду всюдисущих журналістів та сумлінних працівників карного розшуку, ФСБ підкинула в ЗМІ повідомлення про гексоген як «відволікаючу версію»: мовляв, насправді вибуховою речовиною була аміачна селітра. Справа в тому, що аміачна селітра що є добривом, могла закуповуватися, перевозитися та зберігатися відкрито. Вона мала хороший фугасний ефект і при додаванні до неї гексогена, тротилу чи алюмінієвої пудри ставала потужною вибухівкою. Щоправда, детонатор до неї потрібен був складний, не кожен терорист із таким детонатором уміє працювати.
Чому ж спочатку було оголошено про гексоген? А тому, що підривали будинки одні працівники ФСБ, експертизу вибухівки (разом із карним розшуком) проводили інші, а пропагандистське (чи, як зараз кажуть, піарне) висвітлення терактів здійснювали треті. Перша група успішно (за винятком Рязані) здійснила теракти. Друга легко визначила, що підривали гексогеном. А третя схаменулася, що гексоген роблять у Росії на закритих військових підприємствах, тому встановити, хто саме й коли купив той гексоген, яким підірвали будинки, дуже легко. Тут почалася паніка. За три дні вивезли всі речові докази (підірвані будинки), терміново закинули в ЗМІ версію про аміачну селітру. 16 березня 2000 року перший заступник начальника другого департаменту (по захисту конституційного ладу та по боротьбі з тероризмом — Управління «К») та Оперативно-розшукового управління ФСБ Олександр Дмитрович Шагако заявив на прес-конференції, що вибухову речовину, яка використовувалася в абсолютно всіх вибухах у Росії, визначено, і ця речовина — селітра: «Мені хочеться зазначити, що в результаті проведених криміналістичних досліджень фахівцями ФСБ Росії отримані підтвердження того, що склад вибухових речовин, застосованих у Москві, та склад вибухових речовин, виявлених у підвальному приміщенні будинку по вулиці Борисовські ставки в Москві, а також склад вибухових речовин, виявлених у місті Буйнакську 4 вересня в автомобілі ЗІЛ-130, який не вибухнув, вони ідентичні, тобто до складу всіх цих речовин входить аміачна селітра, алюмінієва пудра, в окремих випадках є добавки гексогена та в окремих випадках є добавки тротилу».