Юрій Лужков поспішно спробував списати і цей вибух на чеченців: «На 100 відсотків це — Чечня». Утомлені від постійних обвинувачень чеченці цього разу вирішили урезонити мера. Голова адміністрації Чечні Ахмад Кадиров виразив обурення тим, що у вибуху бездоказово знову обвинувачують чеченців. Представник Кадирова при російському уряді, що колись був міністром закордонних справ в адміністрації Джохара Дудаєва Шаміль Бено пригрозив демонстрацією чеченців у Москві, а голова Держради Чечні Малик Сайдуллаєв пообіцяв значну премію за інформацію про справжніх організаторів вибуху. Аслан Масхадов також відмежувався від теракту і виразив співчуття росіянам.
5 серпня 2000 року дванадцять чоловік — члени спецгруппи Андрія Олександровича Морєва, що прибули на Петровку, 38 для інструктажу перед черговою операцією, — стали свідками розмови Ісмаілова і Федорова про роботу на Пушкінській площі. Через три дні там дійсно відбувся теракт, а у фотороботах Морєв пізнав двох офіцерів ФСБ. Тільки ця випадковість дозволяє нам сьогодні стверджувати, що за вибухом на Пушкінській площі стояли спецслужби, а не чеченці.
Пройдуть роки. Росія, звичайно ж, буде іншою. У неї буде інше політичне керівництво. І якщо ми ще будемо живі, нас запитають наші діти: чому ви мовчали? Коли вас підривали в Москві, Волгодонську, Буйнакську, Рязані — чому ви мовчали?
Ми не мовчали. Ми обурювалися, кричали, писали… Жителі будинку № 14/16 по вулиці Новосьолов подали в суд на ФСБ. У листі, відправленому в генпрокуратуру Росії, говорилося: «Над нами поставили жахливий експеримент, у якому двомстам сорока ні в чому не винних людей відвели роль статистів. Усім нам нанесли не тільки важку психічну травму, але і непоправну шкоду здоров’ю». Рязанців підтримала адміністрація Рязанської області. Однак далі слів справа не пішла, а колективна заява в прокуратурі загубилося.
18 березня депутати фракції «Яблуко» Сергій Іваненко і Юрій Щекочіхин підготували проект постанови Держдуми про парламентський запит в. о. генерального прокурора Володимирові Устинову «Про факт виявлення в м. Рязані 22 вересня 1999 року вибухової речовини і обставини його розслідування». Іваненко і Щекочіхин пропонували депутатам Держдуми одержати відповіді на наступні питання: «на якій стадії знаходиться кримінальна справа по факту виявлення в Рязані вибухової речовини 22 вересня 1999 р.; чи проводилася експертиза знайденої речовини; хто і коли віддав наказ про проведення навчань, які були мета і задачі навчань; які засоби і речовини — вибухові чи імитуючі їх — використовувалися при проведенні навчань; провести перевірку публікацій «Нової газети» №10 за 2000 м. про те, що на складі зброї і боєприпасів однієї з навчальних частин ВДВ зберігався гексоген, розфасований у мішки з-під цукру».
У проекті запиту говорилося також про те, що керівництво ФСБ протягом двох днів з дня події змінило офіційну позицію. Відповідно до першої версії 22 вересня 1999 р. був успішно відвернений терористичний акт. Відповідно до другого — у Рязані проводилися навчання по перевірці боєздатності правоохоронних органів. «Ряд приведених фактів ставить під сумнів офіційну версію подій, що відбулися в Рязані», — говорилося в запиті. Інформація, пов’язана з навчаннями, закрита. Недоступні матеріали кримінальної справи, порушеної УФСБ по Рязанській області по факту виявлення вибухових речовин. Не названі особи, що заклали імітаційний вибуховий пристрій, а також ті, хто віддав наказ про проведення навчань. «Заява керівництва ФСБ про те, що знайдена в Рязані речовина складалася з цукрового піску, не витримує критики». Зокрема, прилад, використаний для аналізу знайденої речовини, указував на наявність гексогену і був справний, а детонатор вибухового пристрою не був імітатором.
На жаль, більшість членів Думи проголосувало запит не робити. Проти направлення запиту виступила проурядова фракція «Єдність», група «Народний депутат», частина фракції «Регіони Росії» і частина Ліберально-демократичної партії Росії (ЛДПР). «За» запит висловилися «Яблуко», Союз правих сил (СПС), комуністи (КПРФ) і Аграрно-промислова група (АПГ). У результаті прихильники Щекочіхина й Іваненко набрали 103 парламентські голоси (при необхідних 226). Членів російського парламенту правда про вересневі вибухи чомусь не цікавила.
Друга спроба порушити питання на голосуванні, зроблена 31 березня, наблизила Щекочіхина й Іваненко до мети, але перемогою не увінчалася. При голосуванні на пленарному засіданні Думи, незважаючи на підтримку КПРФ, АПГ і «Яблука», а також часткову підтримку фракцій «Батьківщина — уся Росія» (ОВР) і СПС, проект запиту набрав 197 голосів проти 137, при одному утримавшомуся. З фракції «Єдність» «за» не проголосувала жодна людина.