Всі ці роки з фонду крались гроші, що для Росії звичайно. Але незвичайні були розміри розкрадань. За самими скромними підрахунками мова йшла про 200 мільйонів доларів. Справу розслідували кращі сили генеральної прокуратури на чолі зі слідчим з особливо важливих справ Даниловим. Йому допомагали ще чотири «важняка» і понад 100 оперативників (всього 180 чоловік). Але вони так і не змогли зрозуміти, куди подівались мільйони, викрадені в інвалідів-«афганців». Самому Радчикову в провину ставилася крадіжка тільки 2,5 мільйонів.
Через кілька днів після арешту Радчикова його заступник по фонду Валерій Вощевоз, що курирував усі фінансові потоки фонду, а під час президентської кампанії 1996 року був довіреною особою Бориса Єльцина, був спішно відправлений повноважним представником президента в Амурську область. Суд над Радчиковим і двома його подільниками — Михайлом Смуровим і Андрієм Анохіним — тривав десять місяців. 17 січня 2000 року державний обвинувач поставив вимогу дати підсудним відповідно 13, 15 і 10 років позбавлення волі.
Радчиков обвинувачувався в тому, що влітку 1996 року задумав вбити свого конкурента по «афганському» руху — голову РФИВА Сергія Трахирова — і передав для цього своєму сусідові по будинку ветерану Афганістану Андрію Анохіну пістолет і не менш 50 тисяч доларів як винагороду. Анохін же схилив до співучасті в убивстві за 10 тисяч доларів Михайла Смурова.
Вбити Трахирова було не просто. Його всюди супроводжували охоронці з загону «Вітязь», що знаходиться в підпорядкуванні у С. І. Лисюка, що тісно співпрацювали з ФСБ. «Герой Росії» Сергій Іванович Лисюк, творець та перший командир загону внутрішніх військ спеціального призначення МВС РФ «Вітязь», ще старшим лейтенантом був завербований до агентурного апарату Особливого відділу КДБ. Останнім співробітником спецслужби, у якого Лисюк перебував на зв’язку, був начальник відділу військової контррозвідки полковник Володимир Євгенович Уласов, що виключив Лисюка з агентурного апарату ФСБ (щоб у того не з’явився новий куратор) і зробив його так званим архівним агентом. «Героя Росії» Лисюк одержав за командування загоном «Вітязь» при захисті «Останкіно» у 1993 році. Саме він віддав наказ відкрити вогонь по путчистах.
Уласов був одним із заступників Лисюка в очолюваній останнім комерційній фірмі, що по оперативним даним тренувала найманих вбивць, у тому числі членів угруповання Лазовського.
Отже, змовники вирішили підірвати Трахирова на Котляковському цвинтарі, на поминках за вбитим в 1994 році першим головою РФИВА Михайлом Лиходієм. Дивно те, що за кілька днів до вибуху в Трахирова змінили охорону. Нова охорона в момент вибуху загинула. Старі охоронці з «Вітязя» залишились живими. Можна припустити, що про майбутній замах Лисюк міг знати від Власова чи інших людей.
18 січня завершилися судові слухання в справі про вибух. Підсудним було надано останнє слово. Усі троє заявили про свою «повну непричетність» до теракту і попросили суд визнати їх невинними. Адвокат Радчикова П. Юшин заявив, що справа сфабрикована. 21 січня Московський окружний військовий суд під головуванням полковника юстиції Володимира Сердюкова виправдав підсудних за «недоведеністю участі в зробленому злочині».
Аргументи слідства в справі про вибух на Котляковському цвинтарі суд вважав непереконливими. Підставою для виправдувального вироку стали результати судової експертизи залишків вибухового пристрою, що виявили істотні розбіжності з даними експертизи, проведеної в ході слідства. Крім того, знайома одного з обвинувачуваних, Михайла Смурова, на суді зненацька заявила, що в день вибуху Смуров був вдома і не міг пустити в хід вибуховий пристрій, що йому інкримінувалося слідством.
Валерій Радчиков був також виправданий у справі про розкрадання з фонду 2,5 мільйонів доларів. Всі троє були звільнені з-під варти в залі суду. 25 липня 2000 року генпрокуратура програла у Верховному суді клопотання про скасування виправдувального вироку. Радчиков припускав винести слухання в Європейський суд. Однак 31 січня 2001 року, приблизно в 8 годин ранку, він загинув в автокатастрофі на 39-му кілометрі Мінського шосе, коли повертався в Москву на машині марки «Москвич-2141». В той же день агентство РІА «Новини» передало, що, на думку правоохоронних органів, його загибель може виявитися не просто нещасливим випадком.