Можливо, заява президента Аушева і скандальних публікацій про перебування Бараєва в Москві стали останньою краплею на користь аргументації прихильників ліквідації Бараєва. Подробиці його загибелі дотепер нез’ясовані. Ймовірно, його вбили у період між 22 і 24 червня 2001 року в його рідному селищі Алханкали в ході операції, що проводилася, за одними данними, об’єднаним загоном МВС і ФСБ, за іншими — спецзагоном ГРУ, сформованим з осіб чеченської національності. А за інформацією депутата Держдуми від Чечні генерала МВС Асланбека Аслаханова, Бараєва вбили кровники, тобто ті, чиїх родичів убив Бараєв.
Свідчення живого Бараєва не були вигідні ряду високопоставлених чиновників, співробітників спецслужб і військових. Тому живий Бараєв, який міг багато на що пролити світло, нікому не був потрібний. А на мертвого Бараєва можна буде списувати і списувати…
Якщо Бараєв був найвідомішим викрадачем, то журналіст радіостанції «Свобода» Андрій Бабицький був найнеорденарніший викраденим. Незважаючи на очевидну відмінність справи Бабицького від інших випадків викрадення людей, вона стала новим доказом причетності російських спецслужб до викрадень.
Після початку другої чеченської війни військові в Моздоці не дали Бабицькому акредитації. Вимога наявності відомчої акредитації була незаконною, тому що в Чечні не ввели надзвичайний стан і не визначили зона «антитерористичної» операції. Відповідно до постанови Конституційного суду РФ неопубліковані акти російськогоуряду, чи уряду військових відомств, якщо вони стосуються прав і свобод громадян, вважалися недійсними. Ґрунтуючись на такому розумінні російських законів, кореспондент радіо «Свобода», громадянин росії Андрій Бабицький поїхав у Чечню всупереч відомчій забороні. Наприкінці грудня 1999 року він на кілька днів повернувся з Грозного в Москву і привіз відеокадри, які потім показали в програмі НТВ «Підсумки». 27 грудня повернувся в Грозний, а 15 січня 2000 року знову зібрався в Москву.
16 січня на виїзді з Грозного, біля Урус-Мартановского перехрестя траси Ріст-Баку, Бабицького і його провідника-чеченця затримав блокпост пензенського ОМОНу. У постанові слідчого генпрокуратури повідомлялося, що саме співробітник УФСБ проводив огляд Бабицького і вилучення його речей. Таким чином, було документально підтверджено, що Бабицького затримувало УФСБ. Потім його передали в чеченський ОМОН Б. Гантамирова, де його особисто бив один з гантамировских командирів — Брухт-Алі, після чого передав Бабицького начальнику Керівництва ФСБ Фоміну в Урус-Мартан.
Формально Бабицького заарештували за указом про бродяжництво і «для встановлення особи» відправили у фільтраційний табір у Чернокозово. Там Бабицького знову били, тортурами змушували годинами співати. На відеоплівці, показаній 5 лютого, чітко видно сліди побоїв. Всупереч Кримінально-процесуальному кодексу в Чернокозове не склали протокол затримання Бабицького. Йому не надали право на побачення з родичами і на зустріч з адвокатом (згідно 96-й статті, частині 6-й УПК). На запити адвокатів, у тому числі відомого адвоката Генрі Рєзника, генеральна прокуратура Росії не відповідала. Не було відповіді й на запит по Бабицькому депутата Думи Сергія Юшенкова.
Колеги почали шукати Бабицького 20 січня. Але, оскільки російська влада заперечувала його затримання, тиждень не було ясності. 27 січня влада оголосила, що Бабицького арештовано, і він має статус підозрюваного, затриманий на 10 днів (які минули 26 січня). Прокуратура інкремінувала Бабицькому 208-му статтю КК РФ (Організація незаконного збройного формування чи участь у ньому). «Якщо твій друг у наших, а я думаю, що це саме так, то все, кранти, його ти більше не побачиш. І ніхто не побачить. Уже пробач за відвертість», — сказав кореспонденту «Комсомольської правди» Олександрові Євтушенко старий знайомий, офіцер ФСБ.
2 лютого в Чернокозове для Бабицького прийняли передачу. Однак зустрітися з ним слідчий Юрій Чернявский не дозволив, натякнувши, що Бабицького через чотири дні звільнять. Звільнення журналіста вимагали радіо «Свобода», Рада Європи, держдепартамент США, Союз журналістів, правозахисники (у тому числі вдова А. Д. Сахарова Олена Боннер). Міністр закордонних справ Ігор Іванов на переговорах з держсекретарем США Олбрайт оголосив, що справа знаходиться «під контролем» президента Путіна.