Зачастую все принимаемые меры к усилению корпуса и устранению течи давали эффект только до ближайшего шторма. Вообще, самой большой проблемой для линейных кораблей эпохи парусного флота всех государств, включая Россию, было обеспечение продольной прочности корпуса. Именно из-за этого долгое время было проблематично строительство надежных 100-пушечных линейных кораблей. Наибольших успехов в обеспечении продольной прочности корпуса достигли французские корабельные мастера, но они долгое время как зеницу ока берегли свои теоретические расчеты по этому вопросу. А потому порой даже небольшое волнение на море вызывало прогиб и перегиб кораблей, из-за чего сразу же начиналось расшатывание соединений, нарушение плотности обшивных досок и как следствие этого появлялась течь. Водоотливные средства, состоявшие, как правило, из двух-трех ручных кетенс-помп, тоже при всем старании команды не могли полностью осушить трюм. Поэтому вода в трюме считалась нормальным явлением, следили лишь за ее уровнем, чтобы тот не становился критическим. Ослаблению корпуса способствовала и нагрузка кораблей тяжелой артиллерией. Но иного выхода, увы, тогда просто не существовало.
Историк флота Ф.Ф. Веселаго писал: «При таком состоянии судов, едва флот выходил в море, как при первом свежем ветре на многих судах открывалась сильная течь или важные повреждения, заставлявшие немедленно отправлять эти суда в ближайший порт и отделять для конвоя их другие суда, годные к плаванию. Были случаи, что в свежий ветер суда сразу же получали повреждения, а иногда на пути и разбивались. Но при этом необходимо заметить, что кораблестроение шло весьма деятельно…»
Вследствие большой парусности кораблей и судов для обеспечения лучшей остойчивости они загружались большим количеством балласта. Во времена Петра Великого на российском флоте для этого использовали обыкновенные камни или разорванные огнем орудийные стволы. Позднее стали применять для этой цели чугунные чушки, которые специально отливали на заводах. Образуемые пустоты засыпали песком. Чтобы при качке балласт не приходил в движение, трюм делили брусьями на отсеки. Сверху чугунные чушки засыпали мелким камнем и ставили «бочки большой руки» (60-ведерные) с пресной водой. Пустоты между бочками опять засыпали песком. На «бочки большой руки» устанавливали в два уровня бочки «средней» и «малой руки». Пустоты между верхними бочками заполняли дровами. Как правило, до подволока трюма оставляли около метра свободного пространства для доступа матросов для работ.
Вся эта громоздкая балластная система не была надежной. Часто на качке бочки разбивались, и вода из них вытекала. Образовывались пустоты, и груз начинал смещаться в трюме, создавая опасный кренящий момент, что было смертельно опасно при внезапных шквалах.
Внутри корпуса кораблей делили горизонтальными настилами — палубами-деками. Их могло быть две (двухдечный корабль) или три (трехдечный корабль). О принудительной вентиляции корабельных помещений тогда даже не имели представления. Постоянно проникающая в трюм вода вызывала гниение корпуса и, что самое главное, отравляла воздух внутри корабля, делая его почти невыносимым для дыхания.
Недоброкачественная провизия, испортившаяся в деревянных бочках вода, недостаточно хорошая одежда и неблагоприятные гигиенические условия, общие, впрочем, для всех флотов того времени, способствовали болезням и большой смертности. Порой из-за этого в сильные ветра малочисленные команды были просто не в состоянии выбирать якоря, и поэтому, чтобы вступить под паруса, приходилось попросту рубить топорами якорный канат. Нередки были случаи, когда суда даже на небольшой качке теряли бушприты и мачты. При непрочном такелаже и парусах, некачественно выкованных якорях и ненадежных канатах опасность угрожала судам не только в море, но и на якоре. Следствием этого были частые крушения и гибель судов.
Много лучшего оставляла желать и корабельная артиллерия. Петр I ввел в качестве измерения калибра орудий артиллерийский фунт — чугунное ядро диаметром 2 дюйма (50,8 мм) и весом 115 золотников (490 граммов). Диапазон калибров был достаточно высок от маленьких 1-фунтовых до тяжелых 36-фунтовых пушек. Известно, что в последний раз петровские пушки были использованы во время Русско-шведской войны 1788–1790 годов.