Это было летом 1866 года, когда в Петербурге и по его окрестностям страшно свирепствовала холера. Соломинки помогли ей убить Е. Ф. Он заболел, наш доктор И. П. Б. вылечил его от холеры, но не спас от воспаления в кишках и печени. Через месяц после начала болезни Е. Ф. пришлось очень плохо.
Он умер в сентябре, в дождливый вечер. Он лежал на постели; его густые волосы падали на липкий, зеленоватый лоб, покрытый каплями пота. Тело исхудало страшно, на ребрах осталась одна кожа; на ногах и спине были пролежни. На столике перед ним горели две лампы (он уже жаловался на недостаток света), стояли лекарства, лежали его любимые немецкие книжки да тетрадь с диссертацией. Я сидел в углу комнаты и смотрел на сцену с лихорадочным нетерпением. Как ни любил я моего Е. Ф., как ни был привязан к нему, но, зная, что через четверть часа он умрет, я уже не жалел о нем. Это не была холодность или равнодушие: я уже отпел и похоронил своего больного друга; передо мной лежал просто умирающий человек, а я видел смерть еще в первый раз. Над больным склонился его другой друг, бывший товарищ. Далеко уже теперь он, за Атлантическим океаном, но как теперь помню его бледное, страдающее за больного лицо. Все мои воспоминания об этом человеке касаются только смерти Е. Ф.
Больной лежал почти неподвижно, только губы шептали что-то, изредка произнося слова. Его друг уговаривал его причаститься. Е. Ф. жил атеистом и хотел умереть так, как жил. Послали за священником; он пришел. Это был высокий худощавый человек в широкой рясе, со строгим худым греческим профилем и симпатичным лицом. Он наклонился над кроватью; Е. Ф. отрицательно покачал головой. "Не надо", тихо произнес он. "Уже пора бы", сказал священник. Друг бросился уговаривать больного, говоря, что через четверть часа он умрет. Е. Ф. серьезно слушал сначала, потом на лице его появилась широкая добродушная улыбка. "Какой ты странный, Лева! Всю жизнь был умным человеком, а теперь глупости говоришь. Ну, умру, — ну, что же такое? Пора и на покой; жаль только — диссертацию не кончу". Все это он говорил шепотом; последние слова были слышны только Леве и мне (я подошел к кровати). "Дописал бы ты ее… ох, да ведь ты математик", — как бы вспомнил он. Он замолчал; наступила долгая, томительная тишина.
Священник начал исповедовать. "Уйдите, батюшка, пожалуйста; Лева, попроси батюшку уйти". "Да причастись ты, бога ради, отца-то успокой!" Е. Ф. не отвечал, наконец, он выговорил уже с трудом: "Дайте свечку, темно… уже пора зажигать". Подали свечей. Вдруг больной оживился, поднялся даже, схватил Леву за руку и сказал ему: "А если reine Glaube?.." Он не кончил и упал мертвый на подушку. Я заплакал. Лева зарыдал, как ребенок… Священник как-то странно смутился и поспешно стал снимать с себя епитрахиль. На лице мертвого осталось странное выражение; ни испуга, ни боли душевной, ничего в нем не было: оно было спокойно.
Его похоронили на Волковом кладбище. Отцу написали, что сын умер, как христианин. На могиле поставили маленький памятник, окруженный другими, под которыми лежат люди, умершие таким же странным образом, как Е. Ф. Так же умерли и тургеневские Максим, мельник, Авемир, старушка-помещица. Ни бравурства, ни горести, ни страха не увидите вы на лице умирающего русского человека: в последнюю минуту жизни он будет заботиться о своих делах, о какой-нибудь корове, о том, чтобы заплатить священнику за свою отходную. Верующий был человек — он точно обряд над собой совершит; неверующий умрет в большинстве случаев без сознательного раскаянья, не отступив от того, за что он стоял перед самим собой всю жизнь, что досталось ему после тяжелой борьбы".
В 1872 году у Гаршина впервые начинают проявляться симптомы душевной болезни, окрасившие в столь мрачные тона грустную биографию писателя. Возросшая раздражительность юноши обратила на себя внимание окружающих. Показалось странным также, что он превратил квартиру старшего брата Виктора в лабораторию, где с увлечением занялся химией, гальванопластикой, производил непонятные опыты. Этой своей работе он в разговорах с окружающими придавал иногда какое-то мистическое значение и пытался увлечь своими опытами товарищей.
Педагоги и приятели Гаршина по гимназии также стали замечать его все растущую нервозность. Однако одинокий юноша не встретил участия и заботы. Наоборот, болезненное состояние Гаршина давало некоторым преподавателям лишь повод для издевательств над ним. Особенно неистовствовал поп. Он, например, вызывал Гаршина и допрашивал его по "закону божьему" в течение всего урока, около часа, что считалось в гимназии неслыханным делом. Поп намеренно задавал юноше нелепые вопросы и придирался к нему по всякому поводу. Чем больше юноша возмущался и раздражался, тем веселее и наглее становился поп.