Доказательная база у следствия практически отсутствовала и чтобы её создать, прибегли к испытанному средству – стали выбивать из арестованных признательные показания при помощи пыток. Даже западные правозащитники, которых нельзя заподозрить в симпатиях к коммунистам, были вынуждены выступить с протестами против этого, как они его назвали, «пыточного» дела! Физическому насилию – не говоря уж о моральном давлении – были подвергнуты в той или иной степени практически все арестованные. Особенно жестоко истязали Игоря Данилова и Олега Алексеева, которые при аресте оказали вооруженное сопротивление спецназу, бравшему штурмом их квартиру. Алексеев мужественно держался до момента, когда ему устроили очную ставку с его невестой – семнадцатилетней Ниной Польской. Измученная девушка, которую полицейские подонки грозили «изнасиловать шваброй»(!?), умоляла его покориться, и он подписал оговаривающие его и товарищей показания, после чего попытался покончить с собой, но не погиб, а лишь получил тяжёлую травму. С Игорем Даниловым творили что-то невообразимое: избивали, подвешивали на дыбе, били головой об стену, прыгали на нём, оставляли раздетого в холодной камере… В результате у него было сломано 7 рёбер, осколками их повреждено легкое, начался тяжелейший гнойный плеврит, от которого он едва не умер (не говоря уж о выбитых зубах, травмах головы, изуродованных руках и т.д.). Достойно вели себя, несмотря на физическое и моральное давление, почти все остальные товарищи.
Осенью 2003 г. в Одессе начался суд при чрезвычайно драматических обстоятельствах: тяжело заболел юный Серёжа Бердюгин (в результате травм, полученных во время следствия, у него развился скоротечный рак). На первое заседание суда несчастного внесли на руках… Последние недели жизни он провёл в больнице, прикованный наручниками к кровати и с полицейским охранником у изголовья. Серёжа умер 1 ноября 2003 г. По инициативе украинских коммунистов ему были устроены грандиозные похороны, на заседании Верховной Рады была объявлена минута молчания.
Суд между тем продолжался. Судья Тополев практически не скрывал своей ангажированности. Обвинительный уклон процесса был очевиден: все протесты и ходатайства подсудимых неизменно отклонялись, заключённые были по-прежнему лишены возможности общаться с окружающим миром. Права на переписку (всего одно письмо в месяц!) им удалось добиться лишь путём длительной голодовки И. Романова и А. Смирнова. В деле И. Данилова имелось официальное медицинское заключение о травмах, полученных им в результате пыток, однако суд его нагло проигнорировал.
Первоначально суд считал лидерами группы Андрея Яковенко и Анатолия Плево. Но Плево не выдержал испытаний. Запуганный пытками и угрозами на следствии, он оговорил себя и товарищей, позже под влиянием подсылаемых к нему в камеру попов сказался (или стал) набожным и отказался от коммунистических убеждений. Возможно, некие службы напомнили ему о судьбе Бердюгина. Так или иначе, Плево единственный стал активно сотрудничать с судом и дал оговаривающие показания против остальных.
В последние дни суда Данилов и несколько его товарищей, возмущённых открыто заказным характером процесса, объявили голодовку. Это не помешало привести их, ослабевших от голода, в зал суда и… предоставить им последнее слово. Они потребовали дать им время на подготовку, но в этом было отказано. Последнее слово Данилова, состоявшее всего из нескольких фраз, было предельно смелым. «Вы судите нас сегодня, а мы будем судить вас завтра!» - гордо заявил он прислужникам буржуазии…
Приговор был жесток и несправедлив. Он ясно показывал, что суд руководствовался не столько тяжестью предполагаемых «преступлений», сколько степенью «раскаяния» и покорности «преступников». В результате Андрей Яковенко, признанный руководителем «группы», и героический Игорь Данилов получили по 14 лет лишения свободы особого режима, Олег Алексеев – 13, Богдан Зинченко – 12, Александр Герасимов – 11, Илья Романов – 10, Александр Смирнов – 8 лет. А. Плево, новообращённый христианин, публично отрёкшийся от коммунистических идеалов, несмотря на тяжесть предъявлявшихся ему обвинений получил самый небольшой срок – 6 лет, Семёнов и Польская были осуждены условно.
На протяжении всего процесса коммунисты и красная правозащита России, в том числе движение «В защиту политузников-борцов за социализм» (ВДЗП), а также Украины и Приднестровья активно поддерживали одесских политзаключённых. Зал судебных заседаний всегда был полон, и не только жителями Одессы; возле посольства Украины в Москве, представительств в других городах проводились митинги и пикеты в поддержку одесских политзаключенных.
Несмотря на тяжесть пребывания в застенках А. Яковенко, И. Данилов, А. Герасимов, И. Романов, А. Смирнов, находясь уже в местах отбытия наказания, продолжали борьбу с несправедливостью, против буржуазных властей. Их материалы, публиковавшиеся в коммунистической и правозащитной печати, поражают своей смелостью. Илья Романов не побоялся даже – с риском для собственного здоровья, а, может быть, и жизни - выступить с открытым разоблачением конкретных незаконных махинаций «своей» тюремной администрации, что привело к смене зарвавшихся начальников, хотя и стоило ему длительного содержания в штрафном изоляторе. Несколько позднее письма и статьи стал присылать и О. Алексеев, раскаявшийся в своей слабости и прощённый товарищами.
По прошествии шести лет, в конце 2008 года, на свободу вышел А. Плево. Предавший единожды, он подтвердил свои «признательные» показания, в том числе и по якобы имевшему место московскому эпизоду, в котором якобы участвовали некоторые фигуранты Одесского дела. Весной 2009 года стало известно, что готовится новый процесс – в Москве в связи с показанием Плево о якобы имевшем там место случае экспроприации. Этот вопрос поднимался и раньше. В 2003 году из Москвы в Одессу приезжала следственная группа, чтобы допросить ряд «одесских» товарищей (причём дело тоже не обошлось без избиений) в связи с открытым в Москве уголовным делом. По-видимому еще тогда спецслужбы России и Украины в этом вопросе работали в контакте… По закону, «московский эпизод» должен был рассматриваться именно как один из эпизодов в ходе суда в Одессе, тогда бы он (даже если бы посчитался доказанным) не мог значительно повлиять на определённые приговором сроки. Теперь же он превратился в отдельное дело, рассматривавшееся уже в Москве в 2009-2010 гг. В результате Данилов получил по «московскому делу» 13 лет заключения, Смирнов – 9 лет, Плево, единственный давший признательные и оговаривающие показания и единственный же подтвердивший свое участие в этом эпизоде, получил условный срок… Комментарии, по-видимому, излишни.
Важно отметить, что и на московском процессе политический характер дела был очевиден. В обвинении и приговоре фигурировало в качестве конечной цели группы создание «Причерноморской Советской Социалистической республики» и финансовое обеспечение этой задачи (корыстный мотив «преступления» был полностью исключён). Очевидно и то, что, как и в Одессе, исход московского процесса был предрешён заранее. Судья на важнейшие аргументы защиты просто не обращала внимания, заключительную речь адвоката Данилова в буквальном смысле проспала (с закрытыми глазами) – зачем её слушать, раз готовый приговор лежит в папке! Доходило и до курьёзов. Например, в качестве вещественного доказательства в московском деле фигурирует гильза от пули, из Одессы присылают пистолет, изъятый в 2002 году у кого-то из членов группы, – якобы тот самый, из которого московская пуля была выпущена. Но вот незадача: диаметр гильзы больше диаметра ствола! Защита предлагает провести следственный эксперимент – влезет ли большая гильза в узкий ствол, но судья заявляет, что в таком эксперименте нет необходимости: стреляли из этого пистолета, и точка!
В последнем слове Игорь произнес главное, сказав, что для него не было в жизни большей трагедии, чем крушение Советского Союза.
Пока тянулся московский суд, для Смирнова практически истёк срок приговора по «Одесскому делу»: в конце 2010 года он должен был выйти на свободу и уже предвкушал скорую встречу с родными – матерью, братьями и сестрой… Новый приговор лишил его этой возможности.
Однако и этим драконовским приговором дело не кончилось: ведь Плево наговорил на целое дело не только в отношении Данилова и Смирнова. По его доносу обвиняемыми по «московскому делу» стали и А. Яковенко и О. Алексеев. Новое судебное разбирательство на Украине длилось более полутора лет, хотя его результат был предрешен заранее. Андрею и Олегу, которые заявляли о своей непричастности к вменяемому эпизоду, также вынесли большие сроки – 14,5 и 13,5 лет заключения соответственно.