За те пять лет, что Владыка возглавлял Петербургскую кафедру, были возрождены к жизни многие десятки храмов и построены новые. А сколько труда вложил он в дело возвращения Церкви её знаменитых святынь! Одна лишь битва за Казанский собор, в котором располагался музей атеизма (категорически отказывавшийся переезжать), чего стоит...
Отдельного упоминания заслуживает Александро-Невская Лавра. Именно митрополита Иоанна надлежит нам благодарить за то, что эта святыня возвращена православным. Возвращена вопреки всему: неприязни городских властей, козням недоброжелателей, организационным препятствиям и денежным сложностям. К сожалению, сам Владыка не дожил до этого светлого момента...
В последний год жизни митрополит Иоанн всё чаще и чаще стал задумываться о приближающейся смерти. «Ночь прошла беспокойно, — записывал он в дневнике 23 января 1995 года — Появились сердечные хрипы, и я просыпался, принимал лекарства и снова засыпал. Да, немощи мои всё усиливаются. Это вестники неба, которые говорят: “Странствие земное завершается, готовься к исходу”». И 30 мая 1995 года: « Я как-то заметно слабею. Сердечко устало. Появляются приступы даже днём. Зовёт Господь к исправлению и к исходу, а я всё нерадиво живу. Доколе же, Господи, я буду противиться Твоему зову? Настави и укрепи…».
Кончина митрополита Иоанна 2 ноября 1995 года стала потрясением для многих и многих, в первую очередь для тех, кто, следуя его отеческому зову, вернулся в лоно святой нашей матери — Русской Православной Церкви — из тьмы невежества и атеизма, язычества и богоборчества. Ибо слово его было с властью. Через молитвы святителя Господь и просвещал, и исцелял, и даже откладывал время смерти. После кончины архипастыря люди не перестают свидетельствовать о благодатной помощи Божией через молитвы владыки Иоанна.
Впрочем, первые свидетельства о связанных с ним чудесах начали поступать ещё при жизни петербургского старца. Летом 1971 года Валентина Сергеевна Дюнина, бессменный врач митрополита Иоанна и одновременно его духовная дочь, записывает в своём дневнике: «12 июня. После обеда мы копались в саду. Он заметил засохшую яблонькусаженец. “Почему засохла? Посадили не в том месте?” — спросил Владыка. Я призналась, что купила не столько яблонь, сколько он благословил, а на одну больше. Принялись вроде бы все хорошо, а “лишняя” — вот, засохла... Выслушав меня, Владыка сказал: “Вот тебе вещественное доказательство, что значит не слушать отца!” Я спросила разрешения выдернуть засохшее деревце, но он не благословил. Сам перекрестил яблоньку и строго велел поливать её утром и вечером...»
Следующая запись в дневнике – через неделю, 20 июня: «Удивительно! Сегодня пошли поливать огурцы, и что же? Яблонька, которая за мой грех засохла, распускает почки! Я глазам своим не поверила: после Владыкиного благословения она проросла! Вечером сообщила ему об этом, он ответил: “Ну, пусть её растет во славу Божию”. Мы между собой назвали деревце “яблоней непослушания”».
В 1990 году у тридцатилетнего самарца Виктора Алексеевича Соколова врачи определили газовую гангрену горла и сочли его положение безнадёжным. Мать Виктора пребывала в отчаянии. Узнав через знакомых номер телефона петербургской резиденции митрополита, она бросилась ему звонить. В тот момент Владыка собирался на всенощную, но, как мог, успокоил скорбящую мать и пообещал молиться за умирающего, чтобы трое его малолетних детей не остались сиротами.
И вот во время операции у Виктора наступила клиническая смерть: «Я уже шёл тёмным коридором, в конце которого сиял неописуемый свет. И был ко мне голос: “Вставай, у тебя дети”. Я и впрямь попытался встать, но оказалось, что я привязан к столу... После этого чудесного исцеления врачи собрали консилиум. Профессор сказал, что это первый случай в его практике. Каждый из хирургов осматривал мои швы на горле и только головой качал. Это воистину было чудо!».
А вот свидетельство двух петербуржцев, мужа и жены, Павла и Ирины. 3 апреля 1993 года Павел счёл необходимым сообщить его митрополиту в личном письме:
« В этом году со мной произошло настоящее чудо. В день памяти отца Иоанна Кронштадтского мы с женой были на всенощной в храме Иоанновского монастыря на Карповке. Там и Вы, Владыка, служили и производили елеопомазание молящихся. Было удивительно благостно и духоподъёмно.
Год назад, после болезни, у меня отнялась левая нога, и я ходил, сильно хромая. В тот вечер, после службы, находясь на духовном подъёме (не знаю, как выразить словами это блаженное состояние), я решил немного пройтись пешком вместе с женой. Был тихий зимний вечер, шёл легкий снежок, и по дороге мы с женой делились впечатлениями о службе.