Возросшая нагрузка не смущала тем не менее штабс-капитана, и написанное Алексеевым курсовое сочинение «О пользе лагерей», посвященное порядку организации воинских частей во время полевых учений, не только получило высший балл, но, «но заявлению Начальника Академии Генерального штаба, генерала от инфантерии Г.Л. Леера, считалось образцовым и было сдано в музей, как пример краткого, ясного и глубокого исследования». Леер отмстил в этом сочинении подтверждение его собственных взглядов об актуальности усиления практической подготовки офицеров к возможным боевым действиям.
Вторая работа на тему «Основная идея стратегической операции, се постепенное развитие и окончательная установка» оказалась более сложной. Примечательна характеристика будущим Главковерхом особенностей стратегии как науки. Алексеев писал, что при оценке его работы «столкнулись два противоположных мнения, и мнения, касающиеся не реального, а идеи в нашем военном деле. Но ведь идея — не математика, доказать то или иное отвлеченное положение нельзя… Область же нашей науки “стратегии” не поддается каким-либо положительным правилам… Могут быть принципы, но и с теми не все согласны». Сложность защиты, как полагал Алексеев, заключалась отнюдь не в каких-либо «интригах», а в принципиальных разногласиях, возникших у него с новым преподавателем стратегии, генерал-лейтенантом Н.Н. Сухотиным. Последний не во всем поддерживал методику разработки стратегических планов, ранее установленную Леером. Характерно для Алексеева и отсутствие стремления к обострению ситуации, тем более если это чревато последующими осложнениями. «Не считал удобным, — отмечал он, — на защите даже и возражать Сухотину, хотя мог на все замечания дать объяснения. Но… с ним судьба еще может столкнуть меня при проверке и разборе последней работы. Не стоило подвергать себя напрасным неудовольствиям в будущем, так как я но самому уже тону замечаний видел, что для того, чтобы “разносить”, он готов дойти до абсурдов».
Третья, заключительная работа носила ярко выраженный геостратегический и геополитический характер. В течение двух месяцев предстояло разработать план «наступления на Румынию» и «взятия укрепленного лагеря Галац, где сосредоточена румынская армия». Здесь, что отличало впоследствии Алексеева, ему предстояло не просто «разрисовать» направления ударов, но и «сделать топографическое исследование нашей Бессарабии и Румынии, до Бухареста почти». Затем следовало собрать сведения: «сколько каких хлебов сеется и собирается, можно ли рассчитывать на местные средства для прокормления войск или же нужно подвозить из России; если — да, то как это устроить». «Обложившись» топографическими картами, схемами и статистическими таблицами из академической библиотеки, «без пяти минут» выпускник старательно разрабатывал план операций на театре военных действий, который в перспективе оказался вполне реальным и весьма важным для Русской армии.
В результате работа была оценена на 11,63 балла из высших 12-ти. Алексеев попал в «1-й разряд» выпускников, но до золотой медали «не дотянул». Примечательна оценка этого результата самим Михаилом Васильевичем. В письме своей невесте Анне Николаевне Пиродкой он отмечал, что «медаль ни в настоящем, ни в будущем ничего практического дать не может, кроме минутного удовлетворения честолюбия (а это относится к семи смертным грехам, поэтому и говорить об этом не следует)».
Обучение в Академии было закончено с высокими оценками. Алексеев был награжден именной «Милютинской премией» в 1000 рублей, хотя и не получил золотой медали и его фамилия не была занесена на почетные «мраморные доски», украшавшие стены Академии{9}.
Тем не менее высокий результат при прохождении «дополнительного» (третьего) курса Академии давал право на зачисление в списки офицеров Генерального штаба и на самостоятельный выбор «вакансии» для продолжения службы. Кроме того, «за отличные успехи в науках» он был 13 мая 1890 г. произведен в капитаны по Генеральному штабу. Так его биография оказалась тесно связана с этим самым авторитетным в России военно-научным и учебным заведением.
Изменилась и личная жизнь генштабиста. Вскоре после окончания учебы он обвенчался с Анной Николаевной (в год венчания ей было 19, а ее жениху — 33 года). Будучи дочерью батальонного командира Казанского полка, она познакомилась с Михаилом Васильевичем еще в годы его службы ротным командиром. Учась в Академии, он доверительно советовался с ней но самым разным вопросам — от подарков родственникам до выбора места будущей службы. Девушка из военной семьи, она не возражала против того образа жизни, который предпочитал се будущий супруг: «Делу — время, потехам и развлечениям — часы». Однако в семье она стала «главнокомандующим» и, никогда не нарушая служебного режима мужа, «по мере продвижения» Алексеева «по служебной иерархической лестнице умела соответственно поставить и вести свой дом». В январе 1891 г., на Святках, в г. Екатеринославе состоялась их свадьба. А в декабре того же года у переехавших в Петербург Алексеевых родился первенец, Николай. В феврале 1893 г. родилась дочь Клавдия, и в 1899 г. — Вера — будущая хранительница семейного архива, автор книги о своем отце. Непродолжительное свободное от службы время Алексеев проводил в кругу семьи. Вместе с супругой они любили ходить на камерные концерты молодого, только что закончившего Консерваторию, С.В. Рахманинова.