Пока в русской армии решалась действительно актуальная проблема — «босеть или не босеть», в Баварии, к границам которой приблизилась армия Кутузова (и стала сосредоточиваться возле городка Браунау, что на пограничной реке Инн), произошла катастрофа австрийской армии. 27 сентября к Кутузову неожиданно явился русский посланник в Баварии барон К. Я. Бюлер. Он сообщил, что французы заняли Мюнхен, откуда ему, как посланнику враждебной Франции державы, пришлось срочно бежать. Это означало, что Наполеон зашел в тыл стоящей под Ульмом армии эрцгерцога Фердинанда (или, точнее, генерала Макка) и если не окружил ее, то наверняка разорвал коммуникации между русской и австрийской армиями. Так это и было. Наполеон неожиданным для противника резким движением своих корпусов 29 сентября занял Мюнхен и, увидав, что Кутузов к городу не подступает, оставил для обороны столицы Баварии корпуса Бернадота и Даву, а также баварскую армию, а сам двинулся к Ульму.
Опасаясь неблагоприятного развития событий, Кутузов предписал Багратиону занять позицию в Браунау и возглавить авангард армии. Отныне так именовалась 1-я колонна. Остальные колонны были на подходе к Браунау, и их стали размещать по окрестным местечкам. 3 октября Кутузов издал приказ о боевом порядке (ордер-де-баталии), согласно которому генерал-майор Багратион командовал бригадой (два полка — Киевский гренадерский и Азовский мушкетерский) правого фланга первой линии, находившейся под общим командованием генерал-лейтенанта Дохтурова. Размещенные по разным деревням полки должны были срочно, по сигналу пушки, занять свои места на поле битвы“. 5 октября Кутузов разослал приказ о тактике ведения предстоящего сражения. В приказе было особо сказано, что боевые действия нужно будет вести батальонными колоннами «как для проходу сквозь линии, так и для лучшего наступления в трудных местах». Был указан и весьма распространенный в европейских армиях способ формирования колонны из середины: «Формирование сие делать на середину баталионов, составляя четвертой и пятой взвод на месте, а протчие, сделав по рядам налево и направо, формируют колонну». Одновременно отмечалось, что «свойственное храбрости российское действие вперед в штыки употребляться будет часто, причем примечать и наблюдать весьма строго: 1-е. Чтоб никто сам собою не отважился кричать победоносное ”Ура!“, пока сие не сказано будет по крайней мере от бригадных генералов. 2-е. Чтоб при натиске неприятеля в штыки люди не разбегивались, а держались во фрунте сколько можно. 3-е. Сколь скоро сказано будет: ”Стой! Равняйся!", тотчас остановились, тут будет доброта каждого баталиона особенно и достоинство его командира, которой предписанные сии осторожности наиболее выполнит». Наконец, особо предписывалось, чтобы в закрытых лесом местах или населенных пунктах, «не ожидая приказу генерала, выслать стрелков и закрыть себя как должно». Речь шла о том, чтобы выслать вперед колонны для уничтожения стрелков противника егерей, без промаха бьющих по удобной для них цели. Чуть позже Кутузов распорядился, чтобы командиры предупреждали солдат от преждевременных («напрасных») выстрелов боевыми патронами и запрещали стрелять без команды18.
Никаких сообщений из Ульма, кроме странного, полного неясности письма эрцгерцога от 28 сентября о готовности его армии встретить приближающегося противника, не приходило. Между тем своими маневрами Наполеон совершенно запутал Главный штаб австрийцев, отсек от Ульма их отдельные, выдвинутые по разным дорогам отряды, часть из них разбил, а часть обратил в бегство. 1 октября он с превосходящими силами появился под Ульмом и обложил австрийцев со всех сторон. Военные историки единодушны: генерал Макк оказался очень плохим полководцем. Во-первых, он не дождался Кутузова и вторгся в Баварию, причем далеко оторвался от австро-баварской границы, растянув на сотни верст свои коммуникационные линии. В момент вторжения Наполеона Кутузов находился от него в 700 верстах, русские колонны шли друг за другом с большими разрывами, так что скорого прибытия русской армии Макк ожидать не мог. Во-вторых, он вцепился в Ульм, прельстившись тамошней сильной позицией, но упустил из виду один из своих флангов вдоль Дуная, по которому и ударил Наполеон. В-третьих, Макк допустил ошибку, когда решился вырваться из Ульма в сторону Богемии, но затем передумал и вернулся обратно в Ульм. Между тем, столкнувшись с дивизией Дюпона, высланной Наполеоном для наблюдения за противником, Макк сумел ее опрокинуть, но вместо того, чтобы усилить давление и вырваться на оперативный простор, отчего-то дрогнул. Считается, что он повернул назад, ошибочно приняв дивизию Дюпона за авангард основной армии французов, и не решился ввязаться в бой, упустив тем самым верную победу. После этого позорного возвращения в главном штабе Макка начались бесконечные споры. Эрцгерцог, опасавшийся того, что он — член императорской семьи — попадет в плен к французам, хотел прорываться в Богемию, а Макк предлагал стоять на месте и ждать подхода армии Кутузова. Разногласия так обострились, что эрцгерцог взял часть войск (18 тысяч солдат) и двинулся вместе с ними в Богемию. И он действительно сумел прорваться туда, но с истинно пирровым результатом: из 14 эскадронов Фердинанд привел с собой всего лишь четыре. Основная масса его корпуса была окружена Мюратом и Неем и сдалась на милость победителя. Но и это еще была не катастрофа. Катастрофа произошла 3 октября, когда Макк, несмотря на то, что имел под рукой армию, современную крепость и запас продовольствия, окончательно утратил волю и мужество и, встретившись с Наполеоном, подписал капитуляцию. При этом он попросил императора дать ему неделю — что называется, для очистки совести: вдруг за эти дни к Ульму подойдет Кутузов. Наполеон с радостью согласился на это условие, потому что знал точно, что Кутузов, судя по сосредоточению его войск в Браунау, раньше чем через две недели в Баварию не вступит. 8 октября, так и не дождавшись Кутузова, Макк вышел из Ульма и вместе с 23 800 солдатами и офицерами сложил оружие. Если для австрийцев Ульм стал местом позорной неудачи, то для Наполеона это был триумф — он осуществил ставшую впоследствии классической операцию, включавшую все важнейшие элементы: прекрасную рекогносцировку, четкий шин, удачное развертывание сил, точные и разящие марш-маневры, умение сделать выбор на главных направлениях и задачах, сосредоточить в нужном месте превосходящие противника силы, захватить инициативу, подавить волю противника к сопротивлению и т. д."