Н а смену проекту корабля «Союз-П» пришел уже полноценный боевой космический корабль, получивший обозначение «Союз-ППК». Данный вариант «Союза» конструкторы решили оснастить батарей из 8 небольших ракет класса «космос-космос», все ракеты поместили в носовой части корабля. Данная концепция предполагала уничтожение космических аппаратов вероятного противника без проведения разведки. Корабль не сильно отличался от гражданских версий «Союза» по размерам, его длина составляла 6,5 метров, диаметр — 2,7 метра, а обитаемый объем корабля рассчитывался на двух космонавтов и составлял 13 кубических метров. Полная масса космического перехватчика оценивалась в 6,7 тонны.
Одновременно с работой по созданию перехватчика «Союз-ППК» в Куйбышеве велись работы по созданию орбитального разведчика, который получил название Высотный исследователь. Данный корабль был известен также под обозначением 7К-ВИ и разрабатывался в рамках проекта с кодовым обозначением «Звезда». Основой по-прежнему был гражданский «Союз» 7К-ОК, но начинка корабля была совершенно другой. Военный корабль 7К-ВИ должен был осуществлять визуальное наблюдение за спутниками противника, вести фоторазведку, а в случае необходимости — поразить космические аппараты противника. Одновременно с этим велись работы и по созданию военного корабля «Союз-Р» в варианте разведчика.
Уже в 1965 году проекты 7К-П и 7К-ППК было решено закрыть. Причиной стало то, что в ОКБ-52, которое возглавлял выдающийся советский конструктор Владимир Челомей, параллельно работали над созданием полностью автоматического истребителя спутников ИС, концепция которого больше устраивала Минобороны. После этого основной темой куйбышевского филиала №3 ОКБ-1 стал проект космического корабля разведчика 7К-Р. Планировалось, что «Союз-Р» станет полноценной небольшой по размерам орбитальной станцией, на которой будет установлен комплекс аппаратуры для ведения радиоразведки, а также фоторазведки. Прототипом для корабля снова служила базовая модель «Союза», в первую очередь его приборно-агрегатный отсек, а вот вместо спускаемого и бытового отсеков планировалось установить орбитальный отсек, с установленной аппаратурой целевого назначения. Но и эту идею советским конструкторам реализовать не удалось. Проект разведывательного космического корабля «Союз-Р» проиграл конкурентную борьбу разведывательной станции «Алмаз», которая была выбрана конкурсной комиссией и поддержана представителями Научно-технического совета Минобороны СССР. При этом все наработки завода «Прогресс» в Куйбышеве по проекту «Союз-Р» были переданы в ОКБ-52 для дальнейшей работы по проекту «Алмаз».
«Союз 7К-ВИ» и программа «Звезда»
Дольше всех из военных вариантов использования корабля «Союз» просуществовал проект высотного исследователя 7К-ВИ. Работы по программе «Звезда» были инициированы 24 августа 1965 года. Ускорить работу над созданием военных орбитальных систем различного назначения советское руководство заставил полет американского космического корабля Gemini-4, состоявшийся в июне того же года. Полет американцев насторожил политическое и военное руководство СССР, так как помимо научно-технической программы экипаж корабля Gemini-4 совершил ряд экспериментов в интересах Пентагона. Среди прочего экипаж наблюдал пуски баллистических ракет, сфотографировал поверхность Земли на ночной и дневной сторонах, а также на практике отработал процесс сближения с космическим объектом, в качестве которого выступила вторая ступень американской ракеты Titan II. По сути, это была имитация осмотра спутников вероятного противника.
На первом этапе работ по программе «Звезда», военный аппарат 7К-ВИ мало чем отличался от гражданского пилотируемого корабля 7К-ОК. Корабль также состоял из трех отсеков, которые были установлены друг за другом в той же последовательности. Однако в 1966 году ведущий конструктор завода «Прогресс» Дмитрий Козлов принял решение полностью переработать проект. Новый вариант военного исследователя предполагал смену компоновки, спускаемый аппарат и орбитальный отсек должны были поменяться местами. После изменений капсула с космонавтами размещалась сверху. Под креслами космонавтов имелся люк, ведущий вниз в орбитальный отсек цилиндрической формы, сам отсек увеличился в размерах. Экипаж корабля должен был состоять из двух человек, максимальная масса — 6,6 тонны.