В страхе перед самозванцем Годунов несколько раз засылал в его лагерь тайных убийц. Он приказал привезти в Москву из монастыря мать Дмитрия, чтобы узнать у нее правду. 13 апреля Борис скоропостижно скончался в Кремлевском дворце. Ходили слухи, что он отравился. Официально было объявлено, что царь умер от апоплексического удара.
Незадолго до своей смерти Годунов назначил командующим армией воеводу Петра Басманова, который отличился в первой кампании против самозванца. Молодой воевода должен был выступить в роли спасителя династии. Однако, как показали дальнейшие события, Басманов не оправдал возлагаемых на него надежд.
Тем временем Лжедмитрий медленно приближался к Москве, высылая жителям столицы письма. Москва готовилась к встрече «истинного» царя. Федор Годунов, его мать и верные им бояре, «полумертвые от страха, затворились в Кремле», у стен которого выставили усиленную охрану. Предпринимаемые военные меры были направлены прежде всего на то, чтобы обуздать народ. Очевидцы событий тех далеких лет утверждали: «В Москве более страшились жителей, нежели неприятеля или сторонников Дмитрия».
1 июня в Красное Село прибыли посланники Лжедмитрия – Гаврила Пушкин и Наум Плещеев. С их появлением в селе вспыхнуло давно уже назревавшее восстание. Вооруженные красносельцы двинулись в столицу, где к ним присоединились москвичи. Разъяренная толпа, уничтожив стражу, через Китай-город проникла на Красную площадь. Стрельцы, высланные Годуновыми, были перебиты. Гаврила Пушкин с Лобного места прочитал «прелестные грамоты» самозванца, в которых он обещал многие милости всем москвичам – от бояр до черного люда.
Годуновы могли укрыться за надежными стенами Кремля, к чему нередко прибегал Борис, и это спасало ему жизнь. Но среди приближенных царского семейства нашлись изменники, которые в нужный момент открыли крепостные ворота. Выйдя к народу, бояре агитировали его против Федора Борисовича. Богдан Бельский, когда-то опекавший царевича Дмитрия, публично поклялся в том, что лично спас царевича от руки убийцы. Эти слова окончательно рассеяли сомнения толпы, которая ворвалась в Кремль и начала громить дворы состоятельных людей и торговцев, сумевших неплохо нажиться на голоде.
Богдан Бельский водворился в Кремле, чтобы править от имени самозванца. Но Отрепьев опасался этого человека. Поскольку свергнутая царица была сестрой Бельского, Отрепьев не мог поручить ему казнь семейства Бориса Годунова. Поэтому место Бельского вскоре занял присланный Отрепьевым боярин Василий Голицын.
Лжедмитрий не решался въехать в Москву, пока не были устранены все препятствия. Он приказал арестовать патриарха Иова якобы за преданность Годуновым и с позором сослать его в удаленный от столицы монастырь. На самом же деле самозванец опасался, что патриарх, прекрасно знавший его в прошлом, разоблачит его обман.
После низложения патриарха Голицын в сопровождении стрельцов явился на подворье Годуновых и велел задушить Федора Борисовича и его мать. Вместе с трупом Бориса, который был извлечен из Архангельского собора, их похоронили на заброшенном кладбище.
Расчистив себе дорогу, Лжедмитрий въехал в Москву. Произошло это 20 июля. Через несколько дней был раскрыт заговор бояр против него. Выяснилось, что Василий Шуйский распространял среди жителей столицы слухи о том, что новый царь является самозванцем. Лжедмитрий отдал его на суд собора, который состоял из духовенства, бояр и простых людей. Собор приговорил Шуйского к смертной казни, которую Лжедмитрий заменил ссылкой в галицкие пригороды, куда он было и отправился вместе с двумя братьями. Но до места назначения заговорщики доехать не успели, поскольку узнали о милостивом прощении со стороны государя. Шуйские не только вернулись в Москву, но и получили обратно боярство и имения, за что, правда, впоследствии отплатили черной неблагодарностью.
После низложения Иова патриархом в Москве стал архиепископ Рязанский, грек Игнатий. Он и венчал на царство Лжедмитрия 21 июля. Новоиспеченный государь отличался энергичностью, неограниченными способностями и широкими реформаторскими замыслами. Так, князь Хворостинин говорил о нем: «Остротою смысла и учением книжным себе давно искусив».
Лжедмитрий ввел в думу представителей высшего духовенства, учредил новые чины в подражание полякам: мечника, подчашия и подскарбия. Он принял титул императора, увеличил в два раза жалованье служилым людям, запретил записи в наследственное холопство. Лжедмитрий приближал к себе иноземцев, добивался свободного выезда своих подданных для получения образования в Западную Европу. Из всех замыслов самозванца самым грандиозным представлялось создание союза против Турции, в который должны были войти Германия, Франция, Польша, Венеция и Московское государство. На достижение этой цели были направлены дипломатические переговоры, которые Лжедмитрий вел с папой и Польшей.