Инквизиционный и безжалостный характер методов следствия в ведомстве Ушакова отмечают практически все историки, занимавшиеся этим периодом жизни Российской империи.
Сведения от обвиняемых получали через физические истязания. В повседневной практике Тайной канцелярии пытки были настолько обыденным делом, что у зачерствелых сердец тех, кто заносил показания колодников на бумагу, они не вызывали ни боли, ни сострадания, ни удивления, ни отвращения. Смерть от пыток тоже не возводилась в ранг чрезвычайного происшествия.
У специальной группы палачей в Тайной канцелярии при Ушакове даже был старший палач, и до нас дошло имя этого мрачного человека — его звали Федор Пушников, а должность его в канцелярии именовалась «заплечных дел мастер».
Канцелярия А.И. Ушакова занималась разными делами, требующими ее вмешательства. Например, слежкой за иностранными посланниками в России или делами «изменников». В годы правления Анны Иоанновны «служба госбезопасности» выявила тайные контакты посла Саксонии в России Мориса Линара с племянницей императрицы Анной Леопольдовной, предназначенной царствующей теткой в свои наследницы. Тогда выяснилось, что речь шла не о шпионаже или выведывании немцем российских государственных секретов, а о банальной любовной интриге Анны и Линара. Об этом доложили императрице, которая вообще любила заслушивать доклады Ушакова по делам его сыска и читать прямо в кабинете принесенные им розыскные дела Тайной канцелярии. В результате громкого дела о шпионаже и международного скандала с Саксонией не получилось, племянницу царица только слегка пожурила. Линара быстро попросили покинуть Санкт-Петербург. Поскольку же по нашей традиции наказать кого-то все же требовалось, козлом отпущения сделали дворцового лакея Брылкина, помогавшего влюбленным в их тайных свиданиях и переписке. И вот несчастного Брылкина неоднократно допрашивали в Тайной канцелярии, а затем отправили в ссылку в Казань.
Андрей Иванович Ушаков мог спокойно отчитаться: тайная интрига была раскрыта, угроза государственной безопасности устранена, виновные наказаны. Знакомая картина осторожных действий политического сыска там, где могут быть задеты интересы персон из верхних эшелонов власти, и при этом же беспощадность к затертым в жернова политического сыска относительно бесправным «простым людям».
Россияне, которые попадали под подозрение в сношениях с иностранными дипломатами и разведчиками, доставлялись также в Тайную канцелярию. Так, в 1734 году лично Ушаков с большой группой своих подчиненных ездил в Смоленск с секретной миссией: арестовать смоленского губернатора князя Черкасского за его тайные сношения с поляками и пруссаками. Ушаков объявил Черкасскому, что направляется с секретной царской миссией в Польшу, а потом вероломно ночью после пирушки в губернаторской резиденции арестовал Черкасского с его приближенными, доставив их в Петербург для допросов в своей канцелярии. На суде доказать измену Черкасского в полном объеме не удалось, и его отправили вместо плахи в сибирскую ссылку.
Сибирский вице-губернатор Алексей Жолобов был обвинен в измене и казнен после пыток в Тайной канцелярии. Жолобова сгубила критика некоторых начинаний императрицы Анны, о которых в Петербург из Сибири сообщили доносчики, а также близкая дружба с бывшими «верховни- ками», оспаривавшими в 1730 году безграничность власти царицы в государстве. На следствии к нему, как и ко многим другим обвиняемым из высшей российской элиты тех лет (правитель Восточной Сибири в эту элиту входил), в Тайной канцелярии применили оригинальный «метод»: обвиняя одновременно в замысле государственной измены и в коррупции для личного обогащения.
Еще в мае 1733 года бригадира Сухарева губернская канцелярия посылает в Иркутск для следствия о злоупотреблениях вице-губернатора Жолобова. На эту должность последний был назначен в 1731 году, и почти сразу же в Тобольск и Москву стали поступать на него жалобы. Сенат решает сменить Жолобова К. Сытиным, который по приезде в Иркутск умер. Теперь в борьбу за власть в Иркутске вступили две партии. Враги Жолобова подьячий Татаринов, казачий атаман Лисовский и епископ Иннокентий убедили иркутян просить губернатора назначить вице-губернатором малолетнего сына Сытина под опекой полковника И.Д. Бухгольца. Но Жолобов путем интриг и, опираясь на иркутское купечество, добился для себя нового указа о назначении вице-губернатором, после чего стал мстить своим недругам.